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- PDB-6uxp: Crystal structure of BAK core domain BH3-groove-dimer in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uxp
タイトルCrystal structure of BAK core domain BH3-groove-dimer in complex with phosphatidylglycerol
要素Bcl-2 homologous antagonist/killer
キーワードAPOPTOSIS / Pore-forming Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / B cell negative selection / BAK complex / BH domain binding / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / response to fungus / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria ...Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / B cell negative selection / BAK complex / BH domain binding / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / response to fungus / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endocrine pancreas development / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / B cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / activation of cysteine-type endopeptidase activity / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / response to UV-C / fibroblast apoptotic process / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / porin activity / pore complex / thymocyte apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / vagina development / positive regulation of proteolysis / B cell homeostasis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to unfolded protein / blood vessel remodeling / Pyroptosis / animal organ regeneration / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / heat shock protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / establishment of localization in cell / response to gamma radiation / apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / response to hydrogen peroxide / response to organic cyclic compound / cellular response to mechanical stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / protein-folding chaperone binding / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / regulation of cell cycle / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / apoptotic process / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like ...Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PG8 / Bcl-2 homologous antagonist/killer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.492 Å
データ登録者Cowan, A.D. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1079706 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1059290 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1113133 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / : 2020
タイトル: BAK core dimers bind lipids and can be bridged by them.
著者: Cowan, A.D. / Smith, N.A. / Sandow, J.J. / Kapp, E.A. / Rustam, Y.H. / Murphy, J.M. / Brouwer, J.M. / Bernardini, J.P. / Roy, M.J. / Wardak, A.Z. / Tan, I.K. / Webb, A.I. / Gulbis, J.M. / ...著者: Cowan, A.D. / Smith, N.A. / Sandow, J.J. / Kapp, E.A. / Rustam, Y.H. / Murphy, J.M. / Brouwer, J.M. / Bernardini, J.P. / Roy, M.J. / Wardak, A.Z. / Tan, I.K. / Webb, A.I. / Gulbis, J.M. / Smith, B.J. / Reid, G.E. / Dewson, G. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
履歴
登録2019年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
B: Bcl-2 homologous antagonist/killer
C: Bcl-2 homologous antagonist/killer
D: Bcl-2 homologous antagonist/killer
E: Bcl-2 homologous antagonist/killer
F: Bcl-2 homologous antagonist/killer
G: Bcl-2 homologous antagonist/killer
H: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,35420
ポリマ-76,0068
非ポリマー4,34912
55831
1
A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
B: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4993
ポリマ-19,0012
非ポリマー4981
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area8490 Å2
手法PISA
2
C: Bcl-2 homologous antagonist/killer
D: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8629
ポリマ-19,0012
非ポリマー1,8617
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area8660 Å2
手法PISA
3
E: Bcl-2 homologous antagonist/killer
F: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9964
ポリマ-19,0012
非ポリマー9952
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area8970 Å2
手法PISA
4
G: Bcl-2 homologous antagonist/killer
H: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9964
ポリマ-19,0012
非ポリマー9952
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area8650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.161, 51.567, 61.472
Angle α, β, γ (deg.)83.860, 86.130, 87.940
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Bcl-2 homologous antagonist/killer / Apoptosis regulator BAK / Bcl-2-like protein 7 / Bcl2-L-7


分子量: 9500.688 Da / 分子数: 8 / 断片: Core/dimerisation domain, residues 68-148 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAK1, BAK, BCL2L7, CDN1 / プラスミド: pGEX-6P-3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q16611
#2: 化合物
ChemComp-PG8 / 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-RAC-(1-GLYCEROL)


分子量: 497.537 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C22H42O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: magnesium chloride, PEG 4000, tris-chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→37.355 Å / Num. obs: 20718 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.578 % / Biso Wilson estimate: 62.132 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 1.078 / Net I/σ(I): 9.14 / Num. measured all: 74136
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.49-2.643.5560.7861.4511705349432920.7310.92494.2
2.64-2.823.6630.5822.2411381320131070.8430.68297.1
2.82-3.053.5870.3853.5710392299828970.9390.45496.6
3.05-3.343.5270.2076.519537276527040.9760.24597.8
3.34-3.733.430.12610.058384249824440.9880.1597.8
3.73-4.33.7370.07816.928213222921980.9940.09198.6
4.3-5.253.6380.06219.916715187218460.9960.07398.6
5.25-7.373.4170.06118.974849145614190.9950.07297.5
7.37-37.3553.650.03729.8929608248110.9980.04498.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.96 Å41.44 Å
Translation2.96 Å41.44 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PHENIX1.14精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6UXQ
解像度: 2.492→37.355 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 2007 9.71 %
Rwork0.1897 18652 -
obs0.1951 20659 96.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 143.5 Å2 / Biso mean: 69.9371 Å2 / Biso min: 37.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.492→37.355 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5032 0 153 31 5216
Biso mean--74.84 55.86 -
残基数----626
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4923-2.55460.37861300.3502125090
2.5546-2.62360.31691310.2909133097
2.6236-2.70080.34821520.2722133997
2.7008-2.78790.32991410.2557133296
2.7879-2.88760.34351450.2559129996
2.8876-3.00310.27431450.2275133597
3.0031-3.13970.25061480.2119133197
3.1397-3.30520.27771430.1878134097
3.3052-3.51210.21751420.1741134298
3.5121-3.7830.24681530.1746134798
3.783-4.16330.22641460.1573135598
4.1633-4.76470.25611390.1616136999
4.7647-5.9990.20711460.1867133498
5.999-37.3550.20241460.1665134998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.15411.0729-0.01354.75972.15964.0588-0.044-0.19170.10930.36330.2243-0.255-0.18280.1679-0.18340.40010.0501-0.12280.46060.23350.7285-19.7826-18.9242-24.3531
24.2621-1.36185.08448.10512.09669.5382-0.55610.52110.40670.48460.3214-0.9699-0.95811.44630.12320.4526-0.0965-0.04020.61340.22230.5964-17.3751-18.5827-18.8482
32.1541.44251.02716.77654.76327.77730.0288-0.2872-0.0871-0.3146-0.4166-0.0564-0.6581-0.59950.36980.29290.0311-0.04980.65340.22620.5155-27.05-18.8714-30.9699
43.30966.60450.08688.8599-0.18091.61010.24040.52110.13370.2728-0.0796-0.44240.3052-0.0567-0.15170.29540.0079-0.0420.53390.17290.5642-24.1052-35.3727-31.4778
51.61331.3454-0.57484.8784-0.70193.8241-0.19980.64160.8375-0.35320.46750.6974-0.1226-0.5961-0.22010.4946-0.02350.02590.56760.34180.90134.5659-2.6006-56.4788
62.9015-4.3311-5.4396.35754.38317.61550.22520.4857-0.6082-0.2635-0.17310.8953-0.1513-0.9967-0.14740.3577-0.0624-0.10660.85660.26881.0522-4.129-11.6701-54.9523
79.2852-1.44113.79723.1418-0.49317.86720.44391.20140.3506-0.502-0.4962-0.01120.11310.52150.11980.4492-0.01890.01930.45650.18370.548710.2869-11.2743-62.1624
88.4348-2.55572.16743.41140.81317.1460.0072-0.63920.164-0.0073-0.3119-0.6619-0.00640.70740.16590.3459-0.0664-0.00120.60410.21750.583321.3993-8.7924-44.5564
95.9008-0.75520.13438.001-1.58163.07310.18810.3499-0.4031-0.54370.05090.09830.0320.0206-0.26680.3133-0.0812-0.0720.50820.20240.668514.7586-12.6686-51.3975
103.7478-0.07520.94787.96774.99624.2513-0.0044-0.2067-0.13280.9290.2165-0.59720.91570.0095-0.21460.38480.0112-0.00860.46880.27260.65298.53-25.5859-36.8384
113.09180.2-5.99128.12781.64046.0392-0.26490.3255-0.5203-0.77040.0170.15840.2902-0.28280.25270.35480.0065-0.070.61670.03840.46883.0726-28.8031-51.9413
121.96040.46030.87449.31436.95888.07520.0726-0.1102-0.5664-0.0651-0.2024-0.11690.1261-0.44230.17140.2774-0.0713-0.00240.60290.19120.8598-2.1883-27.0193-36.7225
138.2299-5.88150.09957.65080.05853.90250.0565-0.38790.54120.04420.0831-0.4585-0.2372-0.1217-0.12990.3525-0.0097-0.01760.47440.24340.63220.9386-10.4587-35.8433
146.69983.96834.9237.5117-0.03768.00760.5511-0.3802-0.86130.4417-0.3563-0.61340.6890.3747-0.18540.56070.11320.07060.57220.2620.5894-27.4053-47.2945-11.6615
152.63342.19582.03884.97355.14398.58790.01950.0840.16050.05630.01040.5370.199-0.7455-0.00520.4338-0.04680.00490.59970.34270.6857-38.7811-39.4031-20.0736
164.77315.55480.50278.0924-1.05846.8846-0.09880.34960.95270.5373-0.3450.32550.29090.63740.48010.42490.09450.08020.49880.19340.5956-30.3016-38.8244-5.8037
179.40467.62263.07948.03445.92518.3783-0.20740.3995-0.0221-0.31560.309-2.03630.22821.23-0.04680.58260.18390.00330.87470.34451.2284-11.7685-36.3608-15.1135
185.46071.28021.40152.47984.63734.0562-0.39610.57330.71350.38210.43490.18790.13211.61760.03270.5003-0.0592-0.10920.76590.31140.6499-19.5396-31.507-10.2183
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'G' and (resid 65 through 124 )G65 - 124
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'G' and (resid 125 through 145 )G125 - 145
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 69 through 100 )H69 - 100
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 101 through 148 )H101 - 148
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 68 through 106 )A68 - 106
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 107 through 146 )A107 - 146
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 71 through 100 )B71 - 100
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 101 through 121 )B101 - 121
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 122 through 145 )B122 - 145
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 69 through 100 )C69 - 100
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 101 through 144 )C101 - 144
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 69 through 100 )D69 - 100
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 101 through 147 )D101 - 147
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 70 through 100 )E70 - 100
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 101 through 145 )E101 - 145
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 69 through 100 )F69 - 100
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 101 through 124 )F101 - 124
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 125 through 148 )F125 - 148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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