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- PDB-6uxi: Structure of serine hydroxymethyltransferase 8 from Glycine max c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uxi
タイトルStructure of serine hydroxymethyltransferase 8 from Glycine max cultivar Essex complexed with PLP-Glycine
要素Serine hydroxymethyltransferase
キーワードPLANT PROTEIN / TRANSFERASE / folate metabolism / methyltransferase / soybean cyst / nematode infection resistance / cytoplasmic enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleobase biosynthetic process / serine binding / L-serine catabolic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / cobalt ion binding / folic acid metabolic process / mRNA regulatory element binding translation repressor activity ...purine nucleobase biosynthetic process / serine binding / L-serine catabolic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / cobalt ion binding / folic acid metabolic process / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / chloroplast / cellular response to leukemia inhibitory factor / methyltransferase activity / mRNA 5'-UTR binding / pyridoxal phosphate binding / protein homotetramerization / methylation / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / : / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PLG / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Glycine max (ダイズ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Korasick, D.A. / Tanner, J.J. / Beamer, L.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
United States Department of Agriculture (USDA)2019-67012-29653 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Impaired folate binding of serine hydroxymethyltransferase 8 from soybean underlies resistance to the soybean cyst nematode.
著者: Korasick, D.A. / Kandoth, P.K. / Tanner, J.J. / Mitchum, M.G. / Beamer, L.J.
履歴
登録2019年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine hydroxymethyltransferase
B: Serine hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,8516
ポリマ－104,1142
非ポリマー7374
水4,846269
1
A: Serine hydroxymethyltransferase
B: Serine hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子

A: Serine hydroxymethyltransferase
B: Serine hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,70112
ポリマ－208,2284
非ポリマー1,4738
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.567, 124.547, 129.125
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 0 through 65 or resid 67...
21(chain B and ((resid 0 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISGLYGLY(chain A and (resid 0 through 65 or resid 67...AA0 - 652 - 67
12ARGARGGLYGLY(chain A and (resid 0 through 65 or resid 67...AA67 - 14469 - 146
13LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 0 through 65 or resid 67...AA145147
14SERSERPLGPLG(chain A and (resid 0 through 65 or resid 67...AA - C-1 - 7011
15SERSERPLGPLG(chain A and (resid 0 through 65 or resid 67...AA - C-1 - 7011
16SERSERPLGPLG(chain A and (resid 0 through 65 or resid 67...AA - C-1 - 7011
17SERSERPLGPLG(chain A and (resid 0 through 65 or resid 67...AA - C-1 - 7011
21HISHISHISHIS(chain B and ((resid 0 and (name N or name...BB02
22HISHISPLGPLG(chain B and ((resid 0 and (name N or name...BB - E0 - 8012
23HISHISPLGPLG(chain B and ((resid 0 and (name N or name...BB - E0 - 8012
24HISHISPLGPLG(chain B and ((resid 0 and (name N or name...BB - E0 - 8012
25HISHISPLGPLG(chain B and ((resid 0 and (name N or name...BB - E0 - 8012

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要素

#1: タンパク質 Serine hydroxymethyltransferase


分子量: 52057.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: SHMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: K4FZF8, UniProt: A0A0R0IK90*PLUS, glycine hydroxymethyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-PLG / N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] / N-PYRIDOXYL-GLYCINE-5-MONOPHOSPHATE


分子量: 306.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O7P
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.19 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris (pH 8.5), 21% (w/v) PEG MME 2000, 20 mM glycine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.84 Å / Num. obs: 54101 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 353156 / Scaling rejects: 24
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.828 / Num. measured all: 28628 / Num. unique obs: 4371 / CC1/2: 0.311 / Rpim(I) all: 0.767 / Rrim(I) all: 1.986 / Net I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.3データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6UXH

6uxh


解像度: 2.1→47.839 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2234 2665 4.95 %
Rwork0.1843 --
obs0.1862 53842 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 107.42 Å2 / Biso mean: 44.1801 Å2 / Biso min: 17.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→47.839 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7107 0 48 269 7424
Biso mean--42.59 42.21 -
残基数----925
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4276X-RAY DIFFRACTION6.77TORSIONAL
12B4276X-RAY DIFFRACTION6.77TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1-2.13820.34421310.3113261899
2.1382-2.17930.35371150.29972673100
2.1793-2.22380.32841300.29842660100
2.2238-2.27220.40351270.3622257395
2.2722-2.3250.30331280.2713264899
2.325-2.38320.25021280.2342679100
2.3832-2.44760.27881310.21792698100
2.4476-2.51960.26271400.21882657100
2.5196-2.60090.26681640.21372676100
2.6009-2.69390.25411620.20992668100
2.6939-2.80170.25461540.20552674100
2.8017-2.92920.26351720.19542645100
2.9292-3.08360.24521270.18332721100
3.0836-3.27680.2151520.18482694100
3.2768-3.52970.20441450.17262728100
3.5297-3.88480.1731460.1529269299
3.8848-4.44660.181370.13842755100
4.4466-5.60080.14941280.14342799100
5.6008-47.8390.21611480.15612919100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7547-0.19580.25771.87110.34061.00910.0036-0.20690.03270.23130.0131-0.01210.0108-0.0734-0.01110.2115-0.00830.03220.2913-0.01040.2119-14.7478-9.056830.2892
20.76640.2638-0.00841.4870.25221.66180.04660.0069-0.1449-0.0665-0.018-0.03240.1976-0.0305-0.02540.20960.0307-0.01270.22570.0160.2626-13.8746-30.25518.869
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid -1 through 470)A-1 - 470
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 0 through 471)B0 - 471

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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