[日本語] English
万見
- PDB-6ux9: Crystal Structure Analysis of PIP4K2A -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ux9
タイトルCrystal Structure Analysis of PIP4K2A
要素Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha
キーワードTRANSFERASE / kinase / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle-mediated cholesterol transport / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / megakaryocyte development / PI5P Regulates TP53 Acetylation ...vesicle-mediated cholesterol transport / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / megakaryocyte development / PI5P Regulates TP53 Acetylation / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / photoreceptor outer segment / photoreceptor inner segment / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / autophagosome / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / lysosome / regulation of autophagy / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core / : / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, N-terminal / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase / Phosphatidylinositol phosphate kinase (PIPK) domain profile. / Phosphatidylinositol phosphate kinases
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UHJ / Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Seo, H.-S. / Dhe-Paganon, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery and Structure-Activity Relationship Study of ( Z )-5-Methylenethiazolidin-4-one Derivatives as Potent and Selective Pan-phosphatidylinositol 5-Phosphate 4-Kinase Inhibitors.
著者: Manz, T.D. / Sivakumaren, S.C. / Ferguson, F.M. / Zhang, T. / Yasgar, A. / Seo, H.S. / Ficarro, S.B. / Card, J.D. / Shim, H. / Miduturu, C.V. / Simeonov, A. / Shen, M. / Marto, J.A. / Dhe- ...著者: Manz, T.D. / Sivakumaren, S.C. / Ferguson, F.M. / Zhang, T. / Yasgar, A. / Seo, H.S. / Ficarro, S.B. / Card, J.D. / Shim, H. / Miduturu, C.V. / Simeonov, A. / Shen, M. / Marto, J.A. / Dhe-Paganon, S. / Hall, M.D. / Cantley, L.C. / Gray, N.S.
履歴
登録2019年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha
B: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,4904
ポリマ－85,7412
非ポリマー7492
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area29590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.230, 88.580, 105.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.910, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 28 through 69 or resid 71...
21(chain B and (resid 28 through 69 or resid 71...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNTYRTYR(chain A and (resid 28 through 69 or resid 71...AA28 - 6917 - 58
12LYSLYSHISHIS(chain A and (resid 28 through 69 or resid 71...AA71 - 15660 - 145
13ILEILEASPASP(chain A and (resid 28 through 69 or resid 71...AA158 - 223147 - 212
14ASNASNLEULEU(chain A and (resid 28 through 69 or resid 71...AA28 - 40517 - 370
15ASNASNLEULEU(chain A and (resid 28 through 69 or resid 71...AA28 - 40517 - 370
16ASNASNLEULEU(chain A and (resid 28 through 69 or resid 71...AA28 - 40517 - 370
17ASNASNLEULEU(chain A and (resid 28 through 69 or resid 71...AA28 - 40517 - 370
18ASNASNLEULEU(chain A and (resid 28 through 69 or resid 71...AA28 - 40517 - 370
19ASNASNLEULEU(chain A and (resid 28 through 69 or resid 71...AA28 - 40517 - 370
21ASNASNTYRTYR(chain B and (resid 28 through 69 or resid 71...BB28 - 6917 - 58
22LYSLYSPROPRO(chain B and (resid 28 through 69 or resid 71...BB71 - 12360 - 112
23ASNASNASNASN(chain B and (resid 28 through 69 or resid 71...BB124113
24ASNASNLEULEU(chain B and (resid 28 through 69 or resid 71...BB28 - 40517 - 370
25ASNASNLEULEU(chain B and (resid 28 through 69 or resid 71...BB28 - 40517 - 370
26ASNASNLEULEU(chain B and (resid 28 through 69 or resid 71...BB28 - 40517 - 370
27ASNASNLEULEU(chain B and (resid 28 through 69 or resid 71...BB28 - 40517 - 370

-
要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha / 1-phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase 2-alpha / Diphosphoinositide kinase 2-alpha / PIP5KIII ...1-phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase 2-alpha / Diphosphoinositide kinase 2-alpha / PIP5KIII / Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type II alpha / PIP4KII-alpha / PtdIns(4)P-5-kinase B isoform / PtdIns(4)P-5-kinase C isoform / PtdIns(5)P-4-kinase isoform 2-alpha


分子量: 42870.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIP4K2A, PIP5K2, PIP5K2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P48426, 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase
#2: 化合物 ChemComp-UHJ / N-[4-(5-{(Z)-[(2E)-2-imino-4-oxo-1,3-thiazolidin-5-ylidene]methyl}pyridin-3-yl)phenyl]methanesulfonamide


分子量: 374.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14N4O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium citrate, pH 6.5 12% PEG 5000 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→45.37 Å / Num. obs: 86013 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 33.766 Å2 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 291606
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.71-1.743.51.21474242520.7031.33697.7
4.64-45.383.4321459343340.0180.03396

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OSP

6osp


解像度: 1.71→45.368 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2036 4197 4.89 %
Rwork0.1771 --
obs0.1784 85905 97.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 143.11 Å2 / Biso mean: 51.9078 Å2 / Biso min: 25.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.71→45.368 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5174 0 78 358 5610
Biso mean--49.39 49.78 -
残基数----628
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1824X-RAY DIFFRACTION6.84TORSIONAL
12B1824X-RAY DIFFRACTION6.84TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.71-1.72940.45981270.4099268698
1.7294-1.74980.44251140.3977273098
1.7498-1.77110.41411250.3769279597
1.7711-1.79350.39031270.3461268398
1.7935-1.81710.33181210.3087270898
1.8171-1.8420.30621500.2903277598
1.842-1.86840.33291410.2788267998
1.8684-1.89620.28431400.2401272198
1.8962-1.92590.26671590.2343272598
1.9259-1.95740.25051400.213266398
1.9574-1.99120.22311360.2012274098
1.9912-2.02740.22481570.1938270898
2.0274-2.06640.22441420.1916275699
2.0664-2.10860.26141600.1933273798
2.1086-2.15440.2161330.1908272398
2.1544-2.20450.24331590.1858277799
2.2045-2.25970.22531260.1781268899
2.2597-2.32080.22331320.1813277198
2.3208-2.38910.23331340.172271198
2.3891-2.46620.17051450.1788279099
2.4662-2.55430.20831470.1828271899
2.5543-2.65660.23411410.182272898
2.6566-2.77750.2381520.1906276198
2.7775-2.92390.22281540.19269898
2.9239-3.1070.25851220.1897271197
3.107-3.34680.18771300.1696272497
3.3468-3.68350.18871460.1678271196
3.6835-4.21620.16481430.1414265296
4.2162-5.31060.15291200.131272496
5.3106-45.36380.16981740.1686271596
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.90440.4325-0.94971.0983-0.34732.2851-0.0679-0.1712-0.05370.0371-0.0323-0.00860.0173-0.14320.11160.35270.00270.00680.2619-0.01740.332911.9943-9.963611.7484
21.9019-0.1684-0.23540.7513-0.58573.2765-0.1040.1796-0.1478-0.0899-0.05040.02420.1019-0.22440.15750.3271-0.00850.0070.2145-0.03040.341415.2626-7.4088-2.4449
35.40362.7619-0.81775.4413-2.01383.8656-0.07620.8901-0.1744-0.4433-0.04230.89650.2465-0.92590.06830.4435-0.0205-0.05120.584-0.13620.43557.5868-3.5389-23.0545
44.6872-1.73210.18595.2261-0.61884.2056-0.12740.18710.2291-0.3121-0.0481-0.2276-0.13090.00440.14910.3286-0.0093-0.01430.2039-0.01850.26220.43640.4585-15.1773
54.2639-0.88460.50454.6229-1.04646.504-0.27010.00020.95710.31550.06920.1385-1.2623-0.42290.0890.62630.0738-0.07830.35850.03130.646212.384713.8329-11.5916
65.1382-1.2089-0.80213.39760.23325.5139-0.13720.4588-0.6756-0.143-0.0469-0.16640.70330.31670.11190.4140.00280.02680.3484-0.04560.386621.0218-7.695-18.6047
76.1591-0.94130.07951.8849-0.40393.5034-0.0629-0.04470.15260.083-0.1101-0.2393-0.19330.35440.05430.3634-0.03320.00670.33130.02430.388115.7482-11.389128.5456
82.7504-0.3904-2.38470.8470.12772.7344-0.07650.0447-0.0903-0.0191-0.04450.06050.1222-0.20290.15230.3786-0.024-0.00460.37410.01630.39065.812-15.828527.5156
98.3472-0.5645-1.10962.34940.96625.02560.1129-0.20570.0196-0.137-0.0735-0.1693-0.08230.2999-0.00360.3795-0.0751-0.02280.42670.00740.360813.4865-8.600538.5906
103.26090.1632-0.53241.3937-0.25443.8435-0.2137-0.5997-0.33850.0621-0.06410.01850.18760.00980.27590.355-0.01320.03050.41230.06520.33253.6567-16.089842.2329
112.4802-0.01850.05093.34370.29784.65520.0303-0.7851-0.2476-0.01030.0273-0.4428-0.21390.33480.16990.2809-0.00410.02190.59740.08230.403913.2709-13.698448.8692
124.3024-1.5115-0.52584.76751.4384.0718-0.1531-1.1056-0.40320.684-0.0557-0.77790.42750.75120.19210.59310.0919-0.03191.08690.27990.648213.7796-18.708365.2575
133.62920.98340.38292.09740.31913.1376-0.2041-0.88580.07580.0822-0.01940.26290.0313-0.31680.16040.45720.01690.02770.81170.06180.3688-1.4299-14.230958.0676
141.701-0.31060.21621.7141.25866.0323-0.1194-0.71710.15480.06050.0791-0.2712-0.87030.51130.0230.5434-0.0356-0.04440.7981-0.06830.353210.0671-1.123760.469
155.23740.2371-1.39123.0322-0.027.1869-0.2639-1.081-0.61660.6319-0.04810.46160.78150.02060.13970.6295-0.01960.05731.03190.28270.5462-1.4311-23.84460.2725
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 28 through 133 )A28 - 133
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 134 through 212 )A134 - 212
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 213 through 248 )A213 - 248
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 249 through 287 )A249 - 287
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 288 through 350 )A288 - 350
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 351 through 405 )A351 - 405
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 28 through 54 )B28 - 54
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 55 through 104 )B55 - 104
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 105 through 133 )B105 - 133
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 134 through 186 )B134 - 186
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 187 through 212 )B187 - 212
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 213 through 248 )B213 - 248
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 249 through 282 )B249 - 282
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 283 through 358 )B283 - 358
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 359 through 405 )B359 - 405

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る