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- PDB-6ux8: Structure of monobody 33 MLKL N-terminal domain complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ux8
タイトルStructure of monobody 33 MLKL N-terminal domain complex
要素
  • Mixed lineage kinase domain-like protein
  • Monobody
キーワードTRANSFERASE / Protein interactions / cell death / RIPK3 / programmed necrosis / protein engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


execution phase of necroptosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / necroptotic signaling pathway / TRP channels / RIPK1-mediated regulated necrosis / necroptotic process / protein homotrimerization / Regulation of necroptotic cell death / cell junction / defense response to virus ...execution phase of necroptosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / necroptotic signaling pathway / TRP channels / RIPK1-mediated regulated necrosis / necroptotic process / protein homotrimerization / Regulation of necroptotic cell death / cell junction / defense response to virus / cell surface receptor signaling pathway / protein-containing complex binding / protein kinase binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Mixed lineage kinase domain-like N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mixed lineage kinase domain-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Birkinshaw, R.W. / Petrie, E.J. / Murphy, J.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Identification of MLKL membrane translocation as a checkpoint in necroptotic cell death using Monobodies.
著者: Petrie, E.J. / Birkinshaw, R.W. / Koide, A. / Denbaum, E. / Hildebrand, J.M. / Garnish, S.E. / Davies, K.A. / Sandow, J.J. / Samson, A.L. / Gavin, X. / Fitzgibbon, C. / Young, S.N. / ...著者: Petrie, E.J. / Birkinshaw, R.W. / Koide, A. / Denbaum, E. / Hildebrand, J.M. / Garnish, S.E. / Davies, K.A. / Sandow, J.J. / Samson, A.L. / Gavin, X. / Fitzgibbon, C. / Young, S.N. / Hennessy, P.J. / Smith, P.P.C. / Webb, A.I. / Czabotar, P.E. / Koide, S. / Murphy, J.M.
履歴
登録2019年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mixed lineage kinase domain-like protein
B: Monobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9776
ポリマ－28,7162
非ポリマー2624
水25214
1
A: Mixed lineage kinase domain-like protein
ヘテロ分子

B: Monobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9776
ポリマ－28,7162
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_445-x-1,y-1/2,-z+1/21
Buried area1070 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area12670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.294, 59.418, 68.043
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Mixed lineage kinase domain-like protein / hMLKL


分子量: 18290.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NB16
#2: 抗体 Monobody


分子量: 10425.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 遺伝子: Monobody / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG-MME 550, 0.1 M MES pH 6.5, 0.01 M Zinc acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→68.04 Å / Num. obs: 8590 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.191 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 46234 / Scaling rejects: 1
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 1.506 / Num. measured all: 4761 / Num. unique obs: 937 / CC1/2: 0.477 / Rpim(I) all: 0.745 / Rrim(I) all: 1.688 / Net I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6D0J, 4BTF

6d0j

4btf


解像度: 2.5→44.76 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2961 468 5.48 %
Rwork0.2469 8075 -
obs0.2495 8543 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 181.93 Å2 / Biso mean: 65.1355 Å2 / Biso min: 31.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→44.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1836 0 4 14 1854
Biso mean--61.94 49.88 -
残基数----238
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.860.34961370.34062619275699
2.86-3.610.32531740.286726632837100
3.61-44.760.26821570.20927932950100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8634-1.08354.22283.7565-0.72354.76520.148-0.4220.21450.28360.05180.52280.6664-0.5182-0.13220.3388-0.06210.16060.3610.00980.5808-40.9258-32.324133.9153
28.4496-2.24463.74456.6159-1.75075.3822-0.3530.0309-0.2-0.49680.43720.1475-0.1016-0.05590.00010.4392-0.06360.00430.4249-0.14880.5147-39.9933-33.341223.4068
33.129-1.97283.26895.7091-3.01455.24160.1124-0.1823-0.0655-0.29840.0922-0.78630.76850.2012-0.09340.36290.04430.04880.4388-0.01870.6043-28.1833-33.49229.9105
40.69191.2613-0.90493.2152-1.08611.5885-0.079-0.3882-0.6688-0.13780.4148-0.4594-0.20840.2936-0.29990.3643-0.00270.10580.5165-0.00990.7683-28.8892-27.77837.1201
51.66760.9693.93431.551.73359.6051-0.43210.6141-0.7569-0.41950.3882-0.42-0.24291.03240.17160.2725-0.05210.10210.48890.12260.7359-30.2928-10.052318.2864
65.6208-0.3476-0.23063.6303-0.79054.045-0.24460.14930.185-0.6543-0.1155-0.4874-0.0988-0.03130.36510.2825-0.05270.0150.3194-0.00780.5355-29.4732-10.43926.5773
79.5652-1.45440.65477.34542.21318.78150.4494-0.19581.51910.245-0.71310.1404-0.9480.86920.32790.6499-0.0140.01430.3561-0.00850.4075-28.60520.45229.9045
86.2353-5.90770.79548.4936-2.75452.9170.2274-0.140.1120.2195-0.0689-0.25330.01470.0287-0.07580.3629-0.0968-0.02830.307-0.06840.5243-31.6688-4.11825.1923
97.9644-1.08441.76631.37881.31482.3535-0.12210.3395-0.6148-0.543-1.577-3.33450.03421.77411.85070.3873-0.17180.11120.5850.04750.7859-17.8368-15.253130.1149
107.9818-4.98458.29977.8931-4.14448.8614-0.6168-0.68690.17520.1671-0.1665-0.3255-0.28740.05650.48960.25060.00350.16090.57670.10670.7004-30.7667-0.504117.6501
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 48 )A1 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 49 through 80 )A49 - 80
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 81 through 118 )A81 - 118
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 119 through 152 )A119 - 152
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 9 through 18 )B9 - 18
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 19 through 43 )B19 - 43
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 44 through 56 )B44 - 56
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 57 through 80 )B57 - 80
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 81 through 90 )B81 - 90
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 91 through 97 )B91 - 97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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