PDB-6ux5: Structure of acrorhagin I from the sea anemone Actinia equina

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ux5

タイトル

Structure of acrorhagin I from the sea anemone Actinia equina

要素

U-actitoxin-Aeq5a

キーワード

TOXIN

機能・相同性

nematocyst / toxin activity / extracellular region / U-actitoxin-Aeq5a

機能・相同性情報

生物種

Actinia equina (ウメボシイソギンチャク)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Krishnarjuna, B. / Sunanda, P. / Norton, R.S.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: A disulfide-stabilised helical hairpin fold in acrorhagin I: An emerging structural motif in peptide toxins.
著者: Krishnarjuna, B. / Sunanda, P. / Villegas-Moreno, J. / Csoti, A. / A V Morales, R. / Wai, D.C.C. / Panyi, G. / Prentis, P. / Norton, R.S.

履歴

登録	2019年11月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ux5.cif.gz	281.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ux5.ent.gz	239.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ux5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ux5_validation.pdf.gz	418.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ux5_full_validation.pdf.gz	516.4 KB	表示
XML形式データ	6ux5_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	6ux5_validation.cif.gz	26.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/6ux5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/6ux5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3bhp-2 2ccb-d 4b2m-d 1yug-d 2ccc-d 2cc9-d 4g4m-d 2vkg-d 2vwm-4 2cc6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30682Structure of acrorhagin I from the sea anemone Actinia equina

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: U-actitoxin-Aeq5a

5.67 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	U-actitoxin-Aeq5a / U-AITX-Aeq5a / Acrorhagin I / Acrorhagin-1 分子量: 5672.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Actinia equina (ウメボシイソギンチャク) 組織: acrorhagi / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3C258

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D DQF-COSY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	4	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	5	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	6	1	isotropic	1	3D HNCO
1	14	1	isotropic	1	3D HNCA
1	13	1	isotropic	1	3D CBCA(CO)NH
1	12	1	isotropic	1	3D HN(CA)CB
1	11	1	isotropic	1	3D HBHA(CO)NH
1	10	1	isotropic	1	3D 1H-15N NOESY
1	9	1	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY
1	8	1	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	15	1	isotropic	1	3D (H)CCH-COSY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 0.5 mM 13C and 15N acrorhagin I, 95% H2O/5% D2O 詳細: 0.5 mM peptide in 20 mM sodium phosphate buffer (pH 6) containing 0.01% sodium azide and 5% D2O Label: acro1 / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料	濃度: 0.5 mM / 構成要素: acrorhagin I / Isotopic labeling: 13C and 15N
試料状態	イオン強度: 20 mM / Label: acro1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
TopSpin	Bruker Biospin	解析
CcpNmr Analysis	CCPN	データ解析
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
X-PLOR NIH	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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