PDB-6ux3: Crystal structure of acetoin dehydrogenase from Enterobacter cloacae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ux3

タイトル

Crystal structure of acetoin dehydrogenase from Enterobacter cloacae

要素

Acetoin dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CSGID / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter cloacae subsp. cloacae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.198 Å

データ登録者

Chang, C. / Skarina, T. / Mesa, N. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of acetoin dehydrogenase from Enterobacter cloacae
著者: Chang, C. / Skarina, T. / Mesa, N. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2019年11月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ux3.cif.gz	376.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ux3.ent.gz	309.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ux3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ux3_validation.pdf.gz	270.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ux3_full_validation.pdf.gz	270.1 KB	表示
XML形式データ	6ux3_validation.xml.gz	1.1 KB	表示
CIF形式データ	6ux3_validation.cif.gz	11.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/6ux3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/6ux3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3sj7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5er6-d 3grk-2 1dfh-1 5oif-1 5cpb-1 5g0t-d 3vs8-1 5ugs-1 4oxy-d 5ugs-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP96727

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Acetoin dehydrogenase

B: Acetoin dehydrogenase

C: Acetoin dehydrogenase

D: Acetoin dehydrogenase

ヘテロ分子

110 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.070, 99.836, 82.217
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.890, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Acetoin dehydrogenase 分子量: 27429.041 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter cloacae subsp. cloacae (strain ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCDC 279-56) (バクテリア) 株: ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCDC 279-56 / 遺伝子: ECL_03449 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3CM71
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.59 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG3350, 0.1M calcium acetate, 5mM NAD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.198→50 Å / Num. obs: 51666 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.064 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.069 / Χ²: 0.926 / Net I/σ(I): 11.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.2-2.24	6.5	1.078	2583	0.796	0.457	1.173	0.87	99.5
2.24-2.28	6.6	0.83	2562	0.832	0.347	0.901	1.016	99.5
2.28-2.32	6.8	0.764	2547	0.864	0.315	0.828	0.904	99.5
2.32-2.37	6.8	0.578	2578	0.9	0.238	0.626	0.909	99.4
2.37-2.42	6.4	0.459	2555	0.937	0.195	0.5	0.925	98.5
2.42-2.48	7	0.418	2579	0.949	0.17	0.452	0.924	99.7
2.48-2.54	7.2	0.335	2579	0.973	0.134	0.361	0.942	99.7
2.54-2.61	7.2	0.261	2556	0.977	0.104	0.281	0.953	99.6
2.61-2.69	7.1	0.199	2590	0.987	0.08	0.215	0.973	99.8
2.69-2.77	7	0.168	2604	0.986	0.068	0.182	0.962	99.6
2.77-2.87	6.9	0.128	2555	0.99	0.052	0.139	0.998	99.6
2.87-2.99	6.5	0.1	2554	0.993	0.042	0.108	0.99	98.8
2.99-3.12	7.2	0.089	2601	0.994	0.036	0.096	0.967	99.7
3.12-3.29	7.2	0.073	2594	0.993	0.03	0.079	0.949	99.8
3.29-3.49	7.1	0.067	2585	0.994	0.027	0.072	0.965	99.7
3.49-3.76	7	0.06	2598	0.995	0.024	0.065	0.962	99.7
3.76-4.14	6.9	0.057	2588	0.996	0.023	0.061	0.918	99.1
4.14-4.74	7.2	0.055	2594	0.996	0.022	0.06	0.87	99.8
4.74-5.97	6.8	0.054	2606	0.996	0.022	0.058	0.787	98.9
5.97-50	7	0.056	2658	0.995	0.023	0.061	0.74	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3sj7

3sj7

解像度: 2.198→49.918 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.03

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2361	2292	4.9 %
R_work	0.1763	-	-
obs	0.1792	46778	89.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 121.59 Å² / B_iso mean: 36.6782 Å² / B_iso min: 5.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.198→49.918 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7345	0	13	378	7736
B_iso mean	-	-	62.28	37.82	-
残基数	-	-	-	-	988

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.1985-2.2463	0.2925	53	0.2537	1085	36
2.2463-2.2985	0.3169	62	0.2547	1514	48
2.2985-2.356	0.3006	117	0.2425	2182	70
2.356-2.4197	0.3343	161	0.251	2727	90
2.4197-2.4909	0.3522	137	0.2407	3068	99
2.4909-2.5713	0.2997	162	0.2237	3085	100
2.5713-2.6632	0.2736	171	0.2103	3075	100
2.6632-2.7698	0.2649	160	0.2095	3049	100
2.7698-2.8959	0.2779	162	0.2034	3059	100
2.8959-3.0485	0.272	162	0.2037	3076	99
3.0485-3.2395	0.2378	142	0.1955	3071	100
3.2395-3.4896	0.2658	154	0.1809	3094	100
3.4896-3.8406	0.2108	173	0.1551	3077	99
3.8406-4.3961	0.1723	167	0.1341	3070	99
4.3961-5.5374	0.1788	153	0.1252	3119	100
5.5374-49.918	0.1867	156	0.1426	3135	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.015	0.0049	0.0093	0.0026	-0.0006	0.0308	0.0186	0.0078	-0.0044	-0.027	0.0109	0.0083	0.0153	-0.0168	0.0391	0.2914	-0.1359	-0.0878	0.1931	0.0784	0.1235	32.1478	40.4052	31.871
2	0.0003	-0.0003	-0.001	-0.0001	0.0018	0.0038	0.059	0.0553	0.0024	-0.0233	0.0114	0.0104	0.0331	-0.0001	0	0.4832	-0.0553	-0.1308	0.2726	0.0814	0.2046	30.5098	37.4917	24.8189
3	0.0014	-0.0007	-0.0014	0.0014	0.0013	0.0057	-0.0016	0.0407	0.0262	-0.0249	0.0274	0.0222	0.024	0.0058	0	0.6345	0.0744	-0.0194	0.4241	-0.031	0.2891	41.581	32.5303	25.9316
4	-0.0004	0.0005	-0.0004	0.0003	0.0002	0.0008	0.0391	0.0259	0.0292	-0.007	-0.0196	-0.0066	0.0003	0.0133	0.0183	0.3186	-0.0885	0.0644	0.2218	0.0999	0.0405	43.3493	40.744	28.5985
5	0.1518	0.0069	0.0342	0.0001	0.001	0.0081	0.1029	0.1013	-0.0263	-0.0389	0.0284	-0.0339	0.0503	0.1022	0.0942	0.3197	-0.0289	0.0236	0.1162	-0.0385	0.0685	43.6908	24.1717	38.802
6	0.0555	0.0119	0.0148	0.007	0.0061	0.0065	0.0739	0.0274	0.0176	-0.0537	0.0265	0.0272	0.0894	0.055	0.0971	0.2459	-0.1237	-0.0152	0.0694	0.0158	0.144	40.8801	32.7344	45.9837
7	0.0107	0.0045	0.0012	0.0022	0.0015	0.0007	0.0128	0.0086	-0.0154	-0.0019	-0.0093	0.0135	0.0045	-0.0114	0.0082	0.2296	-0.2239	-0.1366	0.2028	-0	0.2743	18.1251	27.1525	44.3504
8	0.0121	0.005	-0.0007	0.0066	-0.0069	0.0077	0.016	0	0.0362	-0.0264	0.0129	-0.014	-0.0131	-0.0186	0.0108	0.1885	-0.1518	-0.0646	0.1617	0.0349	0.1845	32.7635	43.246	44.5688
9	0.004	0.0058	-0.0024	0.0106	-0.003	0.0089	-0.0098	-0.0006	-0.0029	-0.0147	0.0183	-0.0015	-0.0063	0.0011	0.0017	0.2121	-0.19	-0.0759	0.1396	0.0602	0.2899	24.9205	27.4881	56.4571
10	0.0083	-0.0037	-0.001	0.0092	-0.023	0.0735	0.0122	-0.0233	0.071	-0.0203	0.0703	-0.017	-0.0481	-0.0123	0.037	0.1858	-0.0523	-0.0291	0.1458	-0.0517	0.3351	20.6455	59.6759	56.5864
11	0.0813	0.0834	-0.0252	0.1466	-0.1053	0.125	0.0056	-0.0461	0.1122	0.1391	0.1121	0.0648	-0.0476	0.0057	0.114	0.2054	0.0881	-0.0187	0.2028	-0.1044	0.1718	23.1195	51.6225	70.4126
12	0.0321	-0.084	-0.0339	0.2032	-0.0184	0.2187	-0.0026	-0.0146	0.1002	-0.0502	0.1716	0.037	-0.1383	-0.0211	0.4504	-0.3562	-0.4377	-0.0317	-0.1926	-0.0114	0.101	30.7157	44.7295	59.0979
13	0.0005	-0.0003	0	0.003	0.0029	0.003	-0.0091	-0.0114	-0.0119	0.0129	0.0105	0.0068	0.0169	0.0096	0.0033	0.196	0.0168	0.0581	0.3466	0.1851	0.1548	39.954	18.8999	87.6775
14	0.0102	-0.0024	0.0095	0.0004	-0.0021	0.0145	0.0227	-0.0362	-0.0276	0.044	-0.0324	0.0117	0.0365	-0.0259	-0.0135	0.3242	0.1231	0.052	0.5676	0.1693	0.2002	36.2258	21.1736	94.3319
15	0.0235	0.0177	-0.0296	0.0751	-0.0158	0.0452	0.0219	-0.0321	0.0406	0.0921	0.075	0.103	-0.0353	0.0267	0.081	0.1772	0.0332	0.07	0.3946	0.1299	0.0605	32.4368	31.1515	86.1509
16	0.0125	0.0058	0.0076	0.0391	0.0095	0.0122	0.0082	-0.0193	0.0201	0.0712	0.0732	0.0018	-0.0103	0.0341	0.0555	0.2019	0.0842	0.0389	0.4743	0.0056	0.0819	33.8131	37.3522	83.8812
17	0.0275	-0.0042	-0.0097	0.0246	-0.0026	0.0216	-0.0021	-0.0237	0.0041	-0.0057	0.04	0.0584	0.0083	0.0166	0.0263	0.0788	-0.0811	0.0167	0.2278	0.0717	0.0996	34.8716	28.2505	74.0644
18	0.0503	-0.0074	-0.0052	0.0404	0.0007	0.0385	0.0007	-0.0747	0.0022	0.038	0.0733	0.0199	-0.0132	-0.0108	0.0927	0.0904	-0.054	0.0253	0.2004	0.0351	0.0667	37.0211	28.7921	75.8481
19	0.0045	-0.0024	-0.0023	0.003	-0.003	0.0351	-0.0172	-0.0606	-0.0597	-0.0066	0.0388	0.0417	0.0679	0.0318	0.0089	0.1141	-0.0449	0.0157	0.1966	0.1376	0.1807	38.8475	16.7397	73.0372
20	0.001	0.0004	-0.0035	0.0045	0.0017	0.0097	-0.0159	-0.0088	-0.0201	-0.0091	-0.0184	0.0223	0.0031	0.0031	-0.0144	0.1755	-0.1158	-0.0377	0.1007	0.0583	0.2444	30.7218	18.96	61.2149
21	0.0208	0.0012	0.0022	0.0226	0.0052	0.0274	0.033	-0.0346	-0.1327	0.039	0.0348	-0.0409	0.0923	0.0521	0.0415	0.4384	0.2142	0.0071	0.2757	0.1154	0.3018	58.6216	5.0546	60.1595
22	0.1163	-0.042	0.0283	0.0994	-0.0383	0.2292	0.0929	-0.0367	-0.1019	-0.0995	-0.0077	-0.1174	0.1863	0.2435	0.1717	0.0926	-0.0156	0.0311	0.0664	0.0382	0.1102	49.7403	20.9772	58.6035

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 24 )	A	1 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 50 )	A	25 - 50
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 51 through 69 )	A	51 - 69
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 70 through 86 )	A	70 - 86
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 87 through 129 )	A	87 - 129
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 130 through 183 )	A	130 - 183
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 184 through 213 )	A	184 - 213
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 214 through 235 )	A	214 - 235
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 236 through 252 )	A	236 - 252
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid -1 through 50 )	B	-1 - 50
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 51 through 112 )	B	51 - 112
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 113 through 252 )	B	113 - 252
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 2 through 24 )	C	2 - 24
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 25 through 65 )	C	25 - 65
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 66 through 100 )	C	66 - 100
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 101 through 129 )	C	101 - 129
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 130 through 150 )	C	130 - 150
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 151 through 199 )	C	151 - 199
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 200 through 235 )	C	200 - 235
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 236 through 252 )	C	236 - 252
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 1 through 86 )	D	1 - 86
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 87 through 252 )	D	87 - 252

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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