PDB-6uvf: Crystal structure of BCL-XL bound to compound 12: (R)-2-(3-([1,1'...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6uvf

タイトル

Crystal structure of BCL-XL bound to compound 12: (R)-2-(3-([1,1'-Biphenyl]-4-carbonyl)-3-(4-methylbenzyl)ureido)-3-((cyclohexylmethyl)sulfonyl)propanoic acid

要素

Bcl-2-like protein 1

キーワード

Apoptosis/INHIBITOR / Apoptosis / BCL-2 family / BCL-XL / inhibitor / Apoptosis-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway ...apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of execution phase of apoptosis / fertilization / regulation of growth / regulation of mitochondrial membrane permeability / Bcl-2 family protein complex / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / apoptotic mitochondrial changes / response to cycloheximide / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / cellular response to alkaloid / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / germ cell development / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to cytokine / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / regulation of cytokinesis / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / endocytosis / male gonad development / RAS processing / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / neuron apoptotic process / spermatogenesis / nuclear membrane / defense response to virus / negative regulation of neuron apoptotic process / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / positive regulation of apoptotic process / centrosome / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.24 Å

データ登録者

Roy, M.J. / Lessene, G. / Czabotar, P.E.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure-Guided Development of Potent Benzoylurea Inhibitors of BCL-X L and BCL-2.
著者: Roy, M.J. / Vom, A. / Okamoto, T. / Smith, B.J. / Birkinshaw, R.W. / Yang, H. / Abdo, H. / White, C.A. / Segal, D. / Huang, D.C.S. / Baell, J.B. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E. / Lessene, G.

履歴

登録	2019年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年5月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6uvf.cif.gz	722.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6uvf.ent.gz	601.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6uvf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/6uvf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/6uvf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6uvcC 6uvdC 6uveC 6uvgC 6uvhC 2yxjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2v5u-d 6uvg-6 6uvg-1 3twk-1 6uvd-d 3k6u-d 4ihz-d 5wdd-d 5wax-2 5uth-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Bcl-2-like protein 1

B: Bcl-2-like protein 1

C: Bcl-2-like protein 1

D: Bcl-2-like protein 1

E: Bcl-2-like protein 1

F: Bcl-2-like protein 1

G: Bcl-2-like protein 1

H: Bcl-2-like protein 1

I: Bcl-2-like protein 1

J: Bcl-2-like protein 1

K: Bcl-2-like protein 1

L: Bcl-2-like protein 1

ヘテロ分子

224 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Bcl-2-like protein 1

B: Bcl-2-like protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Bcl-2-like protein 1

D: Bcl-2-like protein 1

ヘテロ分子

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37.8 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Bcl-2-like protein 1

F: Bcl-2-like protein 1

ヘテロ分子

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37.4 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Bcl-2-like protein 1

H: Bcl-2-like protein 1

ヘテロ分子

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37.2 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Bcl-2-like protein 1

J: Bcl-2-like protein 1

ヘテロ分子

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37.3 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Bcl-2-like protein 1

L: Bcl-2-like protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.386, 104.650, 110.076
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.990, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X 分子量: 17917.959 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1, BCL2L, BCLX / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07817
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-QHS / (R)-2-(3-([1,1'-Biphenyl]-4-carbonyl)-3-(4-methylbenzyl)ureido)-3-((cyclohexylmethyl)sulfonyl)propanoic acid 分子量: 576.703 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₃₆N₂O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.24→47.52 Å / Num. obs: 93096 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.517 % / B_iso Wilson estimate: 54.9 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_rim(I) all: 0.074 / Χ²: 1.012 / Net I/σ(I): 18.2 / Num. measured all: 699798

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.24-2.38	7.43	0.957	1.99	108832	15054	14647	0.802	1.029	97.3
2.38-2.54	7.615	0.608	3.25	107664	14150	14139	0.898	0.653	99.9
2.54-2.75	7.629	0.367	5.43	100600	13203	13186	0.96	0.394	99.9
2.75-3.01	7.632	0.181	10.73	92235	12094	12085	0.989	0.194	99.9
3.01-3.36	7.612	0.092	19.92	83827	11021	11012	0.997	0.099	99.9
3.36-3.88	7.525	0.053	32.88	73404	9768	9755	0.999	0.057	99.9
3.88-4.74	7.354	0.04	44.1	60452	8231	8220	0.999	0.043	99.9
4.74-6.67	7.271	0.035	48.61	46728	6437	6427	0.999	0.038	99.8
6.67-47.52	7.188	0.028	55.92	26056	3673	3625	0.999	0.03	98.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
BUSTER		精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2YXJ

2yxj

解像度: 2.24→47.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU R Cruickshank DPI: 0.281 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.263 / SU R_free Blow DPI: 0.191 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.199

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.227	4655	5 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
obs	0.201	93094	99.5 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 182.4 Å² / B_iso mean: 74.21 Å² / B_iso min: 29.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.7994 Å²	0 Å²	-5.8733 Å²
2-	-	-7.4354 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.636 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.31 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.24→47.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13445	0	630	185	14260
B_iso mean	-	-	91.49	55.85	-
残基数	-	-	-	-	1704

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	4840	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	2710	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	14415	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	1696	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	16785	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	14415	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	19567	HARMONIC	2	0.95
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.63
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				17.4

LS精密化シェル

解像度: 2.24→2.26 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2565	93	4.99 %
R_work	0.2267	1769	-
all	0.2282	1862	-
obs	-	-	81.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.178	0.0852	-1.4247	2.4398	-0.9262	2.4745	-0.2796	-0.0617	-0.3313	-0.4641	0.0119	-0.0678	0.7299	0.0387	0.2676	0.0974	0.0313	0.0633	-0.1935	-0.0062	-0.2595	37.4452	-40.2379	29.0205
2	1.0442	-0.4014	-0.5035	2.2255	-0.0458	0.956	0.013	-0.1112	0.1233	0.0083	0.0464	-0.1812	0.0782	0.0768	-0.0594	-0.0222	-0.0054	0.0204	-0.0814	-0.0028	-0.1414	37.2219	-15.7569	30.7826
3	2.7212	0.4004	-0.2708	2.355	1.7363	4.5738	-0.0844	-0.2338	-0.0047	0.1634	0.6348	-0.5364	-0.045	1.0762	-0.5504	-0.1969	0.0262	-0.001	0.0145	-0.1982	-0.1922	44.4421	25.6034	62.4305
4	0.4592	-0.2086	-0.3925	0.5149	-0.1503	0.5023	-0.032	0.1158	0.1118	0.0283	0.1286	0.0244	0.0885	-0.1078	-0.0966	-0.1511	0.0142	-0.1013	-0.0822	0.0142	-0.1628	31.8599	4.9594	26.4049
5	2.2423	0.8733	0.5461	1.8865	1.4699	3.3852	-0.122	0.2704	0.1524	-0.321	0.2197	-0.0015	-0.3319	0.1606	-0.0977	-0.0201	-0.034	0.0405	-0.1469	0.0042	-0.1677	27.6899	19.1942	44.7456
6	4.0929	0.1827	0.1301	1.7391	0.8359	4.4925	0.2524	-1.0536	1.0588	0.1427	0.1149	-0.24	-0.8552	0.7616	-0.3672	-0.3159	-0.2023	0.1333	-0.0141	-0.3213	0.0301	63.4856	31.1254	43.7664
7	4.6246	0.3689	-1.9427	1.3854	0.8615	3.8219	0.1535	0.2507	0.3932	0.0115	0.0362	-0.0418	-0.1065	-0.0485	-0.1897	-0.246	-0.0127	0.0025	-0.1507	0.0007	-0.0462	52.188	15.7746	26.6487
8	6.1009	-0.6837	-0.6248	3.3434	-1.9229	3.5641	0.2296	1.4062	0.7443	-0.216	0.346	0.3806	-0.0118	-0.6264	-0.5756	-0.3684	-0.0231	-0.0094	0.3298	0.3167	-0.2028	2.9116	25.0904	-5.5259
9	8.6963	-1.3342	-2.8298	1.862	-1.1166	3.5708	-0.2131	-0.5962	-0.1468	-0.0111	0.1523	0.042	0.2831	0.4175	0.0607	-0.2544	0.0238	-0.0461	-0.0503	0.0076	-0.2737	17.8916	14.2662	11.5711
10	3.4747	-1.0439	-2.5281	2.4052	0.3531	4.8409	0.4232	-0.2438	0.8493	-0.2986	0.2208	-0.263	-0.4081	0.6229	-0.644	-0.2349	-0.044	0.1633	-0.125	-0.1266	-0.0861	59.8172	-16.5076	9.4378
11	5.0363	0.079	-2.7835	2.4951	-0.7533	2.4775	-0.5777	-0.8698	-0.5987	-0.0936	0.0834	-0.298	0.7492	0.8321	0.4944	0.128	0.2654	0.151	0.1281	0.0577	-0.2922	61.2601	-39.7847	18.2418
12	6.2228	0.0178	-1.4279	3.2273	-1.0631	2.9512	0.0809	-1.0808	-0.2776	0.1691	-0.165	-0.1488	0.1439	0.7512	0.0841	-0.3513	0.0488	-0.0284	0.2601	0.0454	-0.1341	-8.399	11.2901	28.5703
13	5.3698	-0.4228	-1.5913	2.4482	-1.9242	4.7873	0.556	0.6909	1.4459	0.2403	-0.2978	-0.0198	-0.7235	0.1071	-0.2582	-0.4718	-0.0346	0.1545	-0.1199	0.2066	0.0936	-15.5288	30.378	13.5396
14	0.5764	0.158	-0.4328	0.0959	-0.1401	0.2138	-0.0414	-0.0697	0.2047	0.1616	0.207	-0.0581	-0.1745	0.2459	-0.1656	0.0236	0.0942	0.0905	0.1897	-0.1373	-0.2974	37.0103	3.4979	33.2694

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|-5 - A\|196 }	A	-5 - 196
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|-4 - B\|196 }	B	-4 - 196
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|-2 - C\|196 }	C	-2 - 196
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|304 - A\|304 C\|305 - C\|305 B\|305 - B\|305 E\|303 - E\|303 D\|306 - D\|306 G\|302 - G\|302 F\|303 - F\|303 I\|303 - I\|303 H\|303 - H\|303 K\|303 - K\|303 J\|303 - J\|303 L\|301 - L\|301 }	A	304
5	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|304 - A\|304 C\|305 - C\|305 B\|305 - B\|305 E\|303 - E\|303 D\|306 - D\|306 G\|302 - G\|302 F\|303 - F\|303 I\|303 - I\|303 H\|303 - H\|303 K\|303 - K\|303 J\|303 - J\|303 L\|301 - L\|301 }	C	305
6	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|304 - A\|304 C\|305 - C\|305 B\|305 - B\|305 E\|303 - E\|303 D\|306 - D\|306 G\|302 - G\|302 F\|303 - F\|303 I\|303 - I\|303 H\|303 - H\|303 K\|303 - K\|303 J\|303 - J\|303 L\|301 - L\|301 }	B	305
7	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|304 - A\|304 C\|305 - C\|305 B\|305 - B\|305 E\|303 - E\|303 D\|306 - D\|306 G\|302 - G\|302 F\|303 - F\|303 I\|303 - I\|303 H\|303 - H\|303 K\|303 - K\|303 J\|303 - J\|303 L\|301 - L\|301 }	E	303
8	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|304 - A\|304 C\|305 - C\|305 B\|305 - B\|305 E\|303 - E\|303 D\|306 - D\|306 G\|302 - G\|302 F\|303 - F\|303 I\|303 - I\|303 H\|303 - H\|303 K\|303 - K\|303 J\|303 - J\|303 L\|301 - L\|301 }	D	306
9	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|304 - A\|304 C\|305 - C\|305 B\|305 - B\|305 E\|303 - E\|303 D\|306 - D\|306 G\|302 - G\|302 F\|303 - F\|303 I\|303 - I\|303 H\|303 - H\|303 K\|303 - K\|303 J\|303 - J\|303 L\|301 - L\|301 }	G	302
10	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|304 - A\|304 C\|305 - C\|305 B\|305 - B\|305 E\|303 - E\|303 D\|306 - D\|306 G\|302 - G\|302 F\|303 - F\|303 I\|303 - I\|303 H\|303 - H\|303 K\|303 - K\|303 J\|303 - J\|303 L\|301 - L\|301 }	F	303
11	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|304 - A\|304 C\|305 - C\|305 B\|305 - B\|305 E\|303 - E\|303 D\|306 - D\|306 G\|302 - G\|302 F\|303 - F\|303 I\|303 - I\|303 H\|303 - H\|303 K\|303 - K\|303 J\|303 - J\|303 L\|301 - L\|301 }	I	303
12	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|304 - A\|304 C\|305 - C\|305 B\|305 - B\|305 E\|303 - E\|303 D\|306 - D\|306 G\|302 - G\|302 F\|303 - F\|303 I\|303 - I\|303 H\|303 - H\|303 K\|303 - K\|303 J\|303 - J\|303 L\|301 - L\|301 }	H	303
13	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|304 - A\|304 C\|305 - C\|305 B\|305 - B\|305 E\|303 - E\|303 D\|306 - D\|306 G\|302 - G\|302 F\|303 - F\|303 I\|303 - I\|303 H\|303 - H\|303 K\|303 - K\|303 J\|303 - J\|303 L\|301 - L\|301 }	K	303
14	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|304 - A\|304 C\|305 - C\|305 B\|305 - B\|305 E\|303 - E\|303 D\|306 - D\|306 G\|302 - G\|302 F\|303 - F\|303 I\|303 - I\|303 H\|303 - H\|303 K\|303 - K\|303 J\|303 - J\|303 L\|301 - L\|301 }	J	303
15	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|304 - A\|304 C\|305 - C\|305 B\|305 - B\|305 E\|303 - E\|303 D\|306 - D\|306 G\|302 - G\|302 F\|303 - F\|303 I\|303 - I\|303 H\|303 - H\|303 K\|303 - K\|303 J\|303 - J\|303 L\|301 - L\|301 }	L	301
16	X-RAY DIFFRACTION	5	{ D\|-4 - D\|196 }	D	-4 - 196
17	X-RAY DIFFRACTION	6	{ E\|1 - E\|195 }	E	1 - 195
18	X-RAY DIFFRACTION	7	{ F\|1 - F\|196 }	F	1 - 196
19	X-RAY DIFFRACTION	8	{ G\|1 - G\|195 }	G	1 - 195
20	X-RAY DIFFRACTION	9	{ H\|-2 - H\|196 }	H	-2 - 196
21	X-RAY DIFFRACTION	10	{ I\|3 - I\|196 }	I	3 - 196
22	X-RAY DIFFRACTION	11	{ J\|-5 - J\|195 }	J	-5 - 195
23	X-RAY DIFFRACTION	12	{ K\|-1 - K\|202 }	K	-1 - 202
24	X-RAY DIFFRACTION	13	{ L\|-1 - L\|195 }	L	-1 - 195
25	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|301 - A\|302 C\|301 - C\|303 B\|301 - B\|303 E\|301 - E\|302 D\|301 - D\|303 G\|301 - G\|301 F\|301 - F\|302 I\|301 - I\|302 H\|301 - H\|301 K\|301 - K\|302 J\|301 - J\|301 }	A	301 - 302
26	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|301 - A\|302 C\|301 - C\|303 B\|301 - B\|303 E\|301 - E\|302 D\|301 - D\|303 G\|301 - G\|301 F\|301 - F\|302 I\|301 - I\|302 H\|301 - H\|301 K\|301 - K\|302 J\|301 - J\|301 }	C	301 - 303
27	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|301 - A\|302 C\|301 - C\|303 B\|301 - B\|303 E\|301 - E\|302 D\|301 - D\|303 G\|301 - G\|301 F\|301 - F\|302 I\|301 - I\|302 H\|301 - H\|301 K\|301 - K\|302 J\|301 - J\|301 }	B	301 - 303
28	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|301 - A\|302 C\|301 - C\|303 B\|301 - B\|303 E\|301 - E\|302 D\|301 - D\|303 G\|301 - G\|301 F\|301 - F\|302 I\|301 - I\|302 H\|301 - H\|301 K\|301 - K\|302 J\|301 - J\|301 }	E	301 - 302
29	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|301 - A\|302 C\|301 - C\|303 B\|301 - B\|303 E\|301 - E\|302 D\|301 - D\|303 G\|301 - G\|301 F\|301 - F\|302 I\|301 - I\|302 H\|301 - H\|301 K\|301 - K\|302 J\|301 - J\|301 }	D	301 - 303
30	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|301 - A\|302 C\|301 - C\|303 B\|301 - B\|303 E\|301 - E\|302 D\|301 - D\|303 G\|301 - G\|301 F\|301 - F\|302 I\|301 - I\|302 H\|301 - H\|301 K\|301 - K\|302 J\|301 - J\|301 }	G	301
31	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|301 - A\|302 C\|301 - C\|303 B\|301 - B\|303 E\|301 - E\|302 D\|301 - D\|303 G\|301 - G\|301 F\|301 - F\|302 I\|301 - I\|302 H\|301 - H\|301 K\|301 - K\|302 J\|301 - J\|301 }	F	301 - 302
32	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|301 - A\|302 C\|301 - C\|303 B\|301 - B\|303 E\|301 - E\|302 D\|301 - D\|303 G\|301 - G\|301 F\|301 - F\|302 I\|301 - I\|302 H\|301 - H\|301 K\|301 - K\|302 J\|301 - J\|301 }	I	301 - 302
33	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|301 - A\|302 C\|301 - C\|303 B\|301 - B\|303 E\|301 - E\|302 D\|301 - D\|303 G\|301 - G\|301 F\|301 - F\|302 I\|301 - I\|302 H\|301 - H\|301 K\|301 - K\|302 J\|301 - J\|301 }	H	301
34	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|301 - A\|302 C\|301 - C\|303 B\|301 - B\|303 E\|301 - E\|302 D\|301 - D\|303 G\|301 - G\|301 F\|301 - F\|302 I\|301 - I\|302 H\|301 - H\|301 K\|301 - K\|302 J\|301 - J\|301 }	K	301 - 302
35	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|301 - A\|302 C\|301 - C\|303 B\|301 - B\|303 E\|301 - E\|302 D\|301 - D\|303 G\|301 - G\|301 F\|301 - F\|302 I\|301 - I\|302 H\|301 - H\|301 K\|301 - K\|302 J\|301 - J\|301 }	J	301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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