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万見
- PDB-6uv8: Crystal structure of a far-red cyanobacteriochrome photoreceptor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uv8
タイトルCrystal structure of a far-red cyanobacteriochrome photoreceptor at room temperature
要素Multi-sensor signal transduction histidine kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / Photoreceptor / bilin-binding protein / far-red light
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity
類似検索 - 分子機能
PAS fold-3 / PAS fold / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAC motif ...PAS fold-3 / PAS fold / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / Histidine kinase-like ATPases / PAS domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Anabaena cylindrica
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.701 Å
データ登録者Yang, X. / Ren, Z. / Bandara, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R01 EY024363 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of a far-red-sensing cyanobacteriochrome reveals an atypical bilin conformation and spectral tuning mechanism.
著者: Bandara, S. / Rockwell, N.C. / Zeng, X. / Ren, Z. / Wang, C. / Shin, H. / Martin, S.S. / Moreno, M.V. / Lagarias, J.C. / Yang, X.
履歴
登録2019年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multi-sensor signal transduction histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6452
ポリマ－22,0561
非ポリマー5891
水1448
1
A: Multi-sensor signal transduction histidine kinase
ヘテロ分子

A: Multi-sensor signal transduction histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2894
ポリマ－44,1122
非ポリマー1,1772
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/21
Buried area5130 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area18430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.800, 108.800, 67.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number93
Space group name H-MP4222

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要素

#1: タンパク質 Multi-sensor signal transduction histidine kinase


分子量: 22056.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anabaena cylindrica (strain ATCC 27899 / PCC 7122) (バクテリア)
株: ATCC 27899 / PCC 7122 / 遺伝子: Anacy_2551 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K9ZI18
#2: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 73 %
結晶化温度: 297 K / 手法: batch mode / pH: 5.5
詳細: 2 mg/mL protein, 8.5-10.5% polyethylene glycol 10,000 (PEG), 50 mM NH4CH3COO, and 50 mM Bis-tris buffer at pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K / Ambient temp details: room temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.98-1.2
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月12日
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
21.21
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 8453 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 66.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 43.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.79 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.746 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 397 / % possible all: 99.8
Serial crystallography sample delivery解説: crystal-on-crystal device / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: crystal-on-crystal device / Motion control: inSituX
Serial crystallography data reductionFrames total: 800

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Precognitionデータ削減
PHENIX1.10.1_2155位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GLQ

4glq


解像度: 2.701→48.657 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 7 / 位相誤差: 23.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2378 397 4.7 %
Rwork0.1798 --
obs0.1824 8453 72.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 264.14 Å2 / Biso mean: 99.4901 Å2 / Biso min: 37.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.701→48.657 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1503 0 43 8 1554
Biso mean--76.14 62.86 -
残基数----183
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091589
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2562162
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06239
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006273
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.636938
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.701-2.79730.346280.316722320
2.7973-2.90920.2795110.332633931
2.9092-3.04160.4099290.28654150
3.0416-3.2020.3049330.292472666
3.202-3.40250.2922490.271990683
3.4025-3.66510.2755500.219198490
3.6651-4.03380.2293490.1906101792
4.0338-4.61710.2729510.1545105195
4.6171-5.81560.1912570.1389109796
5.8156-48.6570.1938600.1412117296
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.5307 Å / Origin y: 45.9984 Å / Origin z: 19.8407 Å
111213212223313233
T0.638 Å20.239 Å20.034 Å2-0.7481 Å20.0118 Å2--0.3094 Å2
L11.4232 °2-5.6872 °20.8105 °2-6 °21.428 °2--4.3125 °2
S-0.844 Å °-1.0756 Å °-0.7012 Å °0.9149 Å °0.8681 Å °0.1523 Å °0.2612 Å °0.26 Å °0.0122 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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