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万見
- PDB-6uuh: Crystal structure of broad and potent HIV-1 neutralizing antibody... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uuh
タイトルCrystal structure of broad and potent HIV-1 neutralizing antibody 438-B11
要素
  • B11 Fab Heavy Chain
  • B11 Fab Light Chain
  • Immunoglobulin G-binding protein G
キーワードIMMUNE SYSTEM / V3 glycan supersite / human antibody / ANTI-HIV NEUTRALIZING ANTIBODY / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein G
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kumar, S. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: A V H 1-69 antibody lineage from an infected Chinese donor potently neutralizes HIV-1 by targeting the V3 glycan supersite.
著者: Kumar, S. / Ju, B. / Shapero, B. / Lin, X. / Ren, L. / Zhang, L. / Li, D. / Zhou, Z. / Feng, Y. / Sou, C. / Mann, C.J. / Hao, Y. / Sarkar, A. / Hou, J. / Nunnally, C. / Hong, K. / Wang, S. / ...著者: Kumar, S. / Ju, B. / Shapero, B. / Lin, X. / Ren, L. / Zhang, L. / Li, D. / Zhou, Z. / Feng, Y. / Sou, C. / Mann, C.J. / Hao, Y. / Sarkar, A. / Hou, J. / Nunnally, C. / Hong, K. / Wang, S. / Ge, X. / Su, B. / Landais, E. / Sok, D. / Zwick, M.B. / He, L. / Zhu, J. / Wilson, I.A. / Shao, Y.
履歴
登録2019年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: B11 Fab Heavy Chain
D: B11 Fab Light Chain
E: Immunoglobulin G-binding protein G
A: B11 Fab Heavy Chain
B: B11 Fab Light Chain
F: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,8138
ポリマ－112,1696
非ポリマー1,6442
水00
1
C: B11 Fab Heavy Chain
D: B11 Fab Light Chain
E: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3064
ポリマ－56,0853
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: B11 Fab Heavy Chain
B: B11 Fab Light Chain
F: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5074
ポリマ－56,0853
非ポリマー1,4221
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.157, 72.751, 108.716
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.170, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: 抗体 B11 Fab Heavy Chain


分子量: 25291.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 B11 Fab Light Chain


分子量: 23444.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Immunoglobulin G-binding protein G / IgG-binding protein G


分子量: 7348.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
遺伝子: spg / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19909
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1422.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-1-4/a4-b1_a6-h1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.54 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.085M sodium acetate (pH=4.0), 0.17M ammonium acetate, 5% %(v/v) glycerol, 27.882 %(w/v) PEG4000, 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 29107 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 57.4 Å2 / CC1/2: 0.89 / Rpim(I) all: 0.05 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / Num. unique obs: 1479 / CC1/2: 0.54 / Rpim(I) all: 0.53 / Rsym value: 0.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TFS

5tfs


解像度: 2.7→48.22 Å / SU ML: 0.4221 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.5564
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2602 1455 5 %
Rwork0.2273 --
obs0.229 29094 96.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 60.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7714 0 36 0 7750
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00317924
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6710782
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04591244
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00461364
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.04362885
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.80.3531440.32442730X-RAY DIFFRACTION95.39
2.8-2.910.36241460.30772794X-RAY DIFFRACTION97.93
2.91-3.040.36161460.31172760X-RAY DIFFRACTION97.62
3.04-3.20.34811430.29372711X-RAY DIFFRACTION94.94
3.2-3.40.31851450.2652756X-RAY DIFFRACTION96.35
3.4-3.660.28821470.24212795X-RAY DIFFRACTION98.63
3.66-4.030.24161480.2322813X-RAY DIFFRACTION97.85
4.03-4.620.20481450.19262740X-RAY DIFFRACTION95.53
4.62-5.810.22911430.18382721X-RAY DIFFRACTION94.62
5.81-48.220.22111480.18872819X-RAY DIFFRACTION95.1
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.1160172483 Å / Origin y: 17.0409875715 Å / Origin z: -24.4600209547 Å
111213212223313233
T0.317033739765 Å20.101403056803 Å20.0097991480235 Å2-0.230170895428 Å2-0.143528830887 Å2--0.215373988371 Å2
L1.13001971031 °2-0.038882383011 °20.0714386346873 °2-0.0693617617471 °2-0.145141996743 °2--0.167262574524 °2
S-0.0983476505575 Å °0.0581723606584 Å °-0.128430784541 Å °0.0126632247346 Å °0.104040914344 Å °-0.0520121171933 Å °-0.0522109682686 Å °-0.0177052078631 Å °1.57180102562E-13 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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