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- PDB-6usu: Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6usu
タイトルCrystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with L689,560 and glutamate
要素
  • Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
  • Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A
キーワードMETAL TRANSPORT / NMDARs / LBD / Ion channels
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotransmitter receptor transport, plasma membrane to endosome / regulation of response to alcohol / response to ammonium ion / receptor recycling / directional locomotion / pons maturation / response to environmental enrichment / positive regulation of Schwann cell migration / regulation of cell communication / EPHB-mediated forward signaling ...neurotransmitter receptor transport, plasma membrane to endosome / regulation of response to alcohol / response to ammonium ion / receptor recycling / directional locomotion / pons maturation / response to environmental enrichment / positive regulation of Schwann cell migration / regulation of cell communication / EPHB-mediated forward signaling / auditory behavior / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / response to hydrogen sulfide / olfactory learning / serotonin metabolic process / conditioned taste aversion / dendritic branch / regulation of respiratory gaseous exchange / response to other organism / protein localization to postsynaptic membrane / cellular response to magnesium ion / regulation of ARF protein signal transduction / transmitter-gated monoatomic ion channel activity / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / response to methylmercury / sleep / response to carbohydrate / locomotion / response to glycine / propylene metabolic process / dendritic spine organization / response to manganese ion / regulation of NMDA receptor activity / conditioned place preference / cellular response to dsRNA / response to glycoside / cellular response to lipid / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / NMDA glutamate receptor activity / Synaptic adhesion-like molecules / RAF/MAP kinase cascade / voltage-gated monoatomic cation channel activity / neurotransmitter receptor complex / NMDA selective glutamate receptor complex / ligand-gated sodium channel activity / glutamate binding / response to morphine / glutamate receptor signaling pathway / regulation of axonogenesis / calcium ion transmembrane import into cytosol / neuromuscular process / regulation of dendrite morphogenesis / regulation of synapse assembly / protein heterotetramerization / male mating behavior / glycine binding / spinal cord development / response to amine / parallel fiber to Purkinje cell synapse / suckling behavior / cellular response to zinc ion / startle response / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / monoatomic cation transmembrane transport / dopamine metabolic process / modulation of excitatory postsynaptic potential / response to lithium ion / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / associative learning / response to light stimulus / regulation of postsynaptic membrane potential / action potential / cellular response to glycine / monoatomic cation transport / excitatory synapse / social behavior / positive regulation of dendritic spine maintenance / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / monoatomic ion channel complex / regulation of neuronal synaptic plasticity / positive regulation of protein targeting to membrane / cellular response to manganese ion / long-term memory / glutamate receptor binding / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / multicellular organismal response to stress / synaptic cleft / neuron development / prepulse inhibition / postsynaptic density, intracellular component / phosphatase binding / monoatomic cation channel activity / calcium ion homeostasis / response to fungicide / glutamate-gated receptor activity / regulation of neuron apoptotic process / cell adhesion molecule binding / presynaptic active zone membrane / glutamate-gated calcium ion channel activity / neurogenesis
類似検索 - 分子機能
Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / : / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : ...Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / : / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMIC ACID / Chem-QGM / Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.092 Å
データ登録者Romero-Hernandez, A. / Tajima, N. / Chou, T. / Furukawa, H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)NS111745 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)MH085926 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of Functional Transitions in Mammalian NMDA Receptors.
著者: Tsung-Han Chou / Nami Tajima / Annabel Romero-Hernandez / Hiro Furukawa /
要旨: Excitatory neurotransmission meditated by glutamate receptors including N-methyl-D-aspartate receptors (NMDARs) is pivotal to brain development and function. NMDARs are heterotetramers composed of ...Excitatory neurotransmission meditated by glutamate receptors including N-methyl-D-aspartate receptors (NMDARs) is pivotal to brain development and function. NMDARs are heterotetramers composed of GluN1 and GluN2 subunits, which bind glycine and glutamate, respectively, to activate their ion channels. Despite importance in brain physiology, the precise mechanisms by which activation and inhibition occur via subunit-specific binding of agonists and antagonists remain largely unknown. Here, we show the detailed patterns of conformational changes and inter-subunit and -domain reorientation leading to agonist-gating and subunit-dependent competitive inhibition by providing multiple structures in distinct ligand states at 4 Å or better. The structures reveal that activation and competitive inhibition by both GluN1 and GluN2 antagonists occur by controlling the tension of the linker between the ligand-binding domain and the transmembrane ion channel of the GluN2 subunit. Our results provide detailed mechanistic insights into NMDAR pharmacology, activation, and inhibition, which are fundamental to the brain physiology.
履歴
登録2019年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
B: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6534
ポリマ－65,1252
非ポリマー5272
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area25240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.040, 87.341, 136.987
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / GluN1 / Glutamate [NMDA] receptor subunit zeta-1 / N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1 / NMD-R1


分子量: 33340.031 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 415-565, 684-821 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grin1, Nmdar1 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P35439
#2: タンパク質 Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A / GluN2A / Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-1 / N-methyl D-aspartate receptor subtype 2A / NR2A


分子量: 31785.299 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 402-539, 661-802 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grin2a / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00959
#3: 化合物 ChemComp-QGM / (2R,4S)-5,7-dichloro-4-[(phenylcarbamoyl)amino]-1,2,3,4-tetrahydroquinoline-2-carboxylic acid / (-)-L-689560


分子量: 380.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H15Cl2N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 0.2 M HEPES, pH 7.0, 60-90 mM sodium chloride, 15-20% PEG2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月6日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→40 Å / Num. obs: 38873 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 25.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.09→2.18 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Num. unique obs: 3781 / CC1/2: 0.814 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4NF8

4nf8


解像度: 2.092→38.161 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2221 1881 4.87 %
Rwork0.1894 --
obs0.191 38642 98.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 77.3 Å2 / Biso mean: 27.2215 Å2 / Biso min: 12.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.092→38.161 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4337 0 35 249 4621
Biso mean--22.63 29.27 -
残基数----552
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.092-2.14850.28361150.223241786
2.1485-2.21170.26611570.218275899
2.2117-2.2830.27191310.20482855100
2.283-2.36460.25611650.20632798100
2.3646-2.45930.26271530.20452827100
2.4593-2.57120.25991520.20992834100
2.5712-2.70670.23581490.20162829100
2.7067-2.87630.23851380.2032823100
2.8763-3.09820.23491260.20962874100
3.0982-3.40990.22371340.2022889100
3.4099-3.90280.1941580.17262874100
3.9028-4.91550.18911430.14842940100
4.9155-38.1610.18951600.18473043100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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