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- PDB-6usn: Co-crystal structure of SPR with compound 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6usn
タイトルCo-crystal structure of SPR with compound 5
要素Sepiapterin reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / inhibitor / pain / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sepiapterin reductase (L-erythro-7,8-dihydrobiopterin-forming) / sepiapterin reductase (NADP+) activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / eNOS activation / nitric oxide biosynthetic process / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / NADP binding / mitochondrion / extracellular exosome ...sepiapterin reductase (L-erythro-7,8-dihydrobiopterin-forming) / sepiapterin reductase (NADP+) activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / eNOS activation / nitric oxide biosynthetic process / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / NADP binding / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sepiapterin reductase / : / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-QGV / Sepiapterin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.773 Å
データ登録者Huang, X. / Wang, K.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Virtual screening to identify potent sepiapterin reductase inhibitors.
著者: Gao, H. / Schneider, S. / Andrews, P. / Wang, K. / Huang, X. / Sparling, B.A.
履歴
登録2019年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sepiapterin reductase
B: Sepiapterin reductase
C: Sepiapterin reductase
D: Sepiapterin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,69738
ポリマ－112,8944
非ポリマー6,80334
水3,135174
1
A: Sepiapterin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,06411
ポリマ－28,2241
非ポリマー1,84010
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sepiapterin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8809
ポリマ－28,2241
非ポリマー1,6568
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Sepiapterin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7848
ポリマ－28,2241
非ポリマー1,5607
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Sepiapterin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,97010
ポリマ－28,2241
非ポリマー1,7469
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Sepiapterin reductase
C: Sepiapterin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,84819
ポリマ－56,4472
非ポリマー3,40117
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8710 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area20130 Å2
手法PISA
6
B: Sepiapterin reductase
D: Sepiapterin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,85019
ポリマ－56,4472
非ポリマー3,40217
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8050 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area20080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.286, 146.286, 179.505
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid
21chain B and segid
31chain C and segid
41chain D and segid

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segidA0
211chain B and segidB0
311chain C and segidC0
411chain D and segidD0

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Sepiapterin reductase / SPR


分子量: 28223.576 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P35270, sepiapterin reductase (L-erythro-7,8-dihydrobiopterin-forming)

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非ポリマー , 6種, 208分子

#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-QGV / (2-hydroxyphenyl)[3-methyl-1-(pyridin-2-yl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl]methanone


分子量: 330.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H14N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 2.3 M Ammonium Sulfate, 2% PEG1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→48 Å / Num. obs: 108584 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.3 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.77→2.87 Å / Num. unique obs: 5409 / CC1/2: 0.67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HWK

4hwk


解像度: 2.773→47.883 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2011 3921 3.61 %
Rwork0.1681 --
obs0.1693 108584 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 138.54 Å2 / Biso mean: 53.1271 Å2 / Biso min: 22.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.773→47.883 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7678 0 433 174 8285
Biso mean--64.54 48.75 -
残基数----1032
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058235
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87911204
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0311286
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041408
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3362943
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4759X-RAY DIFFRACTION3.945TORSIONAL
12B4759X-RAY DIFFRACTION3.945TORSIONAL
13C4759X-RAY DIFFRACTION3.945TORSIONAL
14D4759X-RAY DIFFRACTION3.945TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7734-2.80720.32791340.2952353194
2.8072-2.84270.32021280.28593720100
2.8427-2.88010.27371410.28223752100
2.8801-2.91950.341360.27323766100
2.9195-2.96130.28961390.27883745100
2.9613-3.00540.31811380.26133769100
3.0054-3.05240.32691480.27023770100
3.0524-3.10240.28711370.26343709100
3.1024-3.15590.31981380.25033706100
3.1559-3.21330.30191350.24043757100
3.2133-3.27510.26651400.22473775100
3.2751-3.34190.27741480.2153726100
3.3419-3.41460.26651380.20713774100
3.4146-3.4940.24231380.19673738100
3.494-3.58130.22071380.18873757100
3.5813-3.67810.20871400.1823760100
3.6781-3.78630.19231420.17363720100
3.7863-3.90850.17551440.15573746100
3.9085-4.04810.17761460.14123741100
4.0481-4.21010.22471380.13943748100
4.2101-4.40160.16211440.13123749100
4.4016-4.63340.13971440.11943760100
4.6334-4.92350.13771370.11263720100
4.9235-5.30320.15171400.11283765100
5.3032-5.8360.12511310.12793732100
5.836-6.67860.17361520.14473777100
6.6786-8.40690.13871460.12763723100
8.4069-47.880.15951410.121372799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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