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- PDB-6us9: Influenza A M2 proton channel wild type TM domain bound to R-rima... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6us9
タイトルInfluenza A M2 proton channel wild type TM domain bound to R-rimantadine
要素Matrix protein 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / proton channel / rimantadine
機能・相同性Influenza virus matrix protein 2 / Influenza Matrix protein (M2) / proton transmembrane transporter activity / channel activity / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / RIMANTADINE / Matrix protein 2
機能・相同性情報
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Thomaston, J.L. / DeGrado, W.F.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM122603 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM117593 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Rimantadine Binds to and Inhibits the Influenza A M2 Proton Channel without Enantiomeric Specificity.
著者: Thomaston, J.L. / Samways, M.L. / Konstantinidi, A. / Ma, C. / Hu, Y. / Bruce Macdonald, H.E. / Wang, J. / Essex, J.W. / DeGrado, W.F. / Kolocouris, A.
履歴
登録2019年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix protein 2
B: Matrix protein 2
C: Matrix protein 2
D: Matrix protein 2
E: Matrix protein 2
F: Matrix protein 2
G: Matrix protein 2
H: Matrix protein 2
I: Matrix protein 2
J: Matrix protein 2
K: Matrix protein 2
L: Matrix protein 2
M: Matrix protein 2
N: Matrix protein 2
O: Matrix protein 2
P: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,92824
ポリマ－44,06916
非ポリマー8598
水90150
1
A: Matrix protein 2
B: Matrix protein 2
C: Matrix protein 2
D: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2326
ポリマ－11,0174
非ポリマー2152
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area5590 Å2
手法PISA
2
E: Matrix protein 2
F: Matrix protein 2
G: Matrix protein 2
H: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2326
ポリマ－11,0174
非ポリマー2152
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area5740 Å2
手法PISA
3
I: Matrix protein 2
J: Matrix protein 2
K: Matrix protein 2
L: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2326
ポリマ－11,0174
非ポリマー2152
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area5520 Å2
手法PISA
4
M: Matrix protein 2
N: Matrix protein 2
O: Matrix protein 2
P: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2326
ポリマ－11,0174
非ポリマー2152
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area5480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.181, 48.701, 71.671
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.010, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
Matrix protein 2


分子量: 2754.340 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (A/Jinfang/132/2002(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: D5F6K1
#2: 化合物
ChemComp-RIM / RIMANTADINE / 1-(1-ADAMANTYL)ETHANAMINE / (R)-1-(1-アダマンチル)エチルアミン


分子量: 179.302 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H21N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗ウイルス剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8.5
詳細: monoolein, 0.015 M Tricine pH 8.5, 24% w/v PEG 4000, 50 mM MNG-3-C8, R-rimantadine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.7 Å / Num. obs: 21661 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 15.8024980126 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 1558 / CC1/2: 0.95 / Rpim(I) all: 0.247

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Cootモデル構築
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BKL

6bkl


解像度: 2→48.18 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.6
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2754 1758 8.17 %
Rwork0.2321 19767 -
obs0.2356 21525 94.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2944 0 56 50 3050
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.05451224318293172
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.221682094374400
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr1.37307817192628
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053503583424472
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.99724013691024
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.05410.39851310.27481479X-RAY DIFFRACTION93.7682003494
2.0541-2.11450.3267483125251300.2407334220461526X-RAY DIFFRACTION94.0374787053
2.1145-2.18280.3208951405561360.2491823488771421X-RAY DIFFRACTION91.5882352941
2.1828-2.26080.2825424003181330.2352518249711513X-RAY DIFFRACTION95.475638051
2.2608-2.35130.3200066883151290.2460585691781530X-RAY DIFFRACTION95.6195965418
2.3513-2.45830.326763111490.2253815721161549X-RAY DIFFRACTION96.9178082192
2.4583-2.58790.2341621259591270.227861217941515X-RAY DIFFRACTION95.5762514552
2.5879-2.75010.2343270693761450.2155116949151512X-RAY DIFFRACTION94.3084803643
2.7501-2.96240.2594984802461330.2099534536631538X-RAY DIFFRACTION96.5895953757
2.9624-3.26040.2634203580011390.227741337961564X-RAY DIFFRACTION96.4326160815
3.2604-3.73210.2455924796171440.228725259481535X-RAY DIFFRACTION96.1626575029
3.7321-4.70140.25376624081370.2277134536571515X-RAY DIFFRACTION93.9169982945
4.7014-48.18059926620.2919459706011250.2416687351570X-RAY DIFFRACTION93.1830676196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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