[日本語] English
万見
- PDB-6us8: Influenza A M2 proton channel wild type TM domain bound to S-rima... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6us8
タイトルInfluenza A M2 proton channel wild type TM domain bound to S-rimantadine
要素Matrix protein 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / proton channel / rimantadine
機能・相同性Influenza virus matrix protein 2 / Influenza Matrix protein (M2) / proton transmembrane transporter activity / channel activity / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / Chem-EU7 / Matrix protein 2
機能・相同性情報
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Thomaston, J.L. / DeGrado, W.F.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM122603 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM117593 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Rimantadine Binds to and Inhibits the Influenza A M2 Proton Channel without Enantiomeric Specificity.
著者: Thomaston, J.L. / Samways, M.L. / Konstantinidi, A. / Ma, C. / Hu, Y. / Bruce Macdonald, H.E. / Wang, J. / Essex, J.W. / DeGrado, W.F. / Kolocouris, A.
履歴
登録2019年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Matrix protein 2
B: Matrix protein 2
C: Matrix protein 2
D: Matrix protein 2
E: Matrix protein 2
F: Matrix protein 2
G: Matrix protein 2
H: Matrix protein 2
I: Matrix protein 2
J: Matrix protein 2
K: Matrix protein 2
L: Matrix protein 2
M: Matrix protein 2
N: Matrix protein 2
O: Matrix protein 2
P: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,36332
ポリマ－44,06916
非ポリマー2,29316
水1,60389
1
A: Matrix protein 2
B: Matrix protein 2
C: Matrix protein 2
D: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4117
ポリマ－11,0174
非ポリマー3943
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area5430 Å2
手法PISA
2
E: Matrix protein 2
F: Matrix protein 2
G: Matrix protein 2
H: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4117
ポリマ－11,0174
非ポリマー3943
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4920 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area5500 Å2
手法PISA
3
I: Matrix protein 2
J: Matrix protein 2
K: Matrix protein 2
L: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7709
ポリマ－11,0174
非ポリマー7535
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area5570 Å2
手法PISA
4
M: Matrix protein 2
N: Matrix protein 2
O: Matrix protein 2
P: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7709
ポリマ－11,0174
非ポリマー7535
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area5570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.390, 76.090, 98.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81
91
101
111
121
131
141
151
161

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 24 - 46 / Label seq-ID: 4 - 26

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain 'A'AA
2(chain 'B' and resid 24 through 46)BB
3chain 'C'CC
4(chain 'D' and resid 24 through 46)DD
5chain 'E'EE
6(chain 'F' and resid 24 through 46)FF
7chain 'G'GG
8(chain 'H' and resid 24 through 46)HH
9(chain 'I' and resid 24 through 46)II
10(chain 'J' and resid 24 through 46)JJ
11(chain 'K' and resid 24 through 46)KK
12(chain 'L' and resid 24 through 46)LL
13(chain 'M' and resid 24 through 46)MM
14(chain 'N' and resid 24 through 46)NN
15chain 'O'OO
16chain 'P'PP

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
Matrix protein 2


分子量: 2754.340 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (A/Jinfang/132/2002(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: D5F6K1
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-EU7 / (1S)-1-[(3R,5R,7R)-tricyclo[3.3.1.1~3,7~]decan-1-yl]ethan-1-amine / S-RIMANTADINE


分子量: 179.302 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H21N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.5
詳細: monoolein, 0.05 M HEPES pH 7.5, 22% w/vPEG 4000, 50 mM MNG-3-C8, S-rimantadine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→60.25 Å / Num. obs: 37869 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 17.4060983423 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.882 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1950 / CC1/2: 0.872 / Rpim(I) all: 0.349

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Cootモデル構築
Cootモデル構築
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BKL

6bkl


解像度: 1.7→60.25 Å / SU ML: 0.178426145769 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.3344112615
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2142 2050 5.42801917018 %
Rwork0.1889 35717 -
obs0.1903 37767 90.6683631824 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.6450697009 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→60.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2974 0 136 89 3199
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.07045273079333313
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.716595958524608
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr1.90347925307670
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00644977129739477
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.59195962061034
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.73960.27621310.23582315X-RAY DIFFRACTION90.3249630724
1.7396-1.78310.2273320547161340.2141903518542321X-RAY DIFFRACTION89.110707804
1.7831-1.83130.2510966498741310.1997974687792306X-RAY DIFFRACTION89.0390938984
1.8313-1.88520.2170940735051310.184407795512302X-RAY DIFFRACTION89.0882460637
1.8852-1.9460.2332745691861320.1654933453682291X-RAY DIFFRACTION88.0450581395
1.946-2.01560.2229724546831310.159674395092262X-RAY DIFFRACTION87.3357664234
2.0156-2.09630.1963076683691330.1580764548872280X-RAY DIFFRACTION88.1300219138
2.0963-2.19170.1670805864411310.1390667458542296X-RAY DIFFRACTION87.9985496737
2.1917-2.30720.1826928965661320.1428211720712281X-RAY DIFFRACTION87.0804763623
2.3072-2.45180.190479148581310.1577625479662294X-RAY DIFFRACTION87.355907781
2.4518-2.64110.1752328227391310.1698486445712305X-RAY DIFFRACTION88.3569096844
2.6411-2.90690.2038885387851430.1667840686072478X-RAY DIFFRACTION93.1745467472
2.9069-3.32750.2167497168261470.189123838112560X-RAY DIFFRACTION97.0250896057
3.3275-4.19210.2187962998091520.2114093537962649X-RAY DIFFRACTION98.5573539761
4.1921-60.24562944290.2435573847471600.2347590627462777X-RAY DIFFRACTION98.490945674

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る