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- PDB-6ur7: Crystal structure of Sel1 repeat protein from Oxalobacter formigenes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ur7
タイトルCrystal structure of Sel1 repeat protein from Oxalobacter formigenes
要素Sel1 repeat family protein
キーワードHYDROLASE / Sel1 repeat / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology
機能・相同性DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / :
機能・相同性情報
生物種Oxalobacter formigenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.709 Å
データ登録者Chang, C. / Tesar, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Hassan, H. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Sel1 repeat protein from Oxalobacter formigenes
著者: Chang, C. / Tesar, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Hassan, H. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2019年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sel1 repeat family protein
B: Sel1 repeat family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4599
ポリマ－56,6322
非ポリマー8277
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: calculated with PISA
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.824, 78.824, 210.242
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Sel1 repeat family protein


分子量: 28316.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oxalobacter formigenes (バクテリア)
遺伝子: FPZ51_06310 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A518RQ36

-
非ポリマー , 6種, 72分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.34 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris-Cl, 40% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97985 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.709→50 Å / Num. obs: 18880 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.165 / Χ2: 0.968 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.709-2.765.60.9168950.690.4111.0090.9299.7
2.76-2.816.30.9369360.7290.3921.0190.95199.6
2.81-2.868.10.9269060.8130.3430.990.89100
2.86-2.929.60.9059320.8510.3080.9580.931100
2.92-2.9810.10.8919010.8490.2930.940.914100
2.98-3.0510.60.7829270.8880.250.8220.92499.9
3.05-3.1310.90.6359290.9430.1980.6660.942100
3.13-3.21110.5129200.9390.160.5370.951100
3.21-3.31110.4329420.9450.1350.4530.95100
3.31-3.4110.70.3269170.9750.1050.3430.957100
3.41-3.5410.70.279280.9790.0860.2840.943100
3.54-3.6812.30.2489390.9890.0730.2590.98100
3.68-3.8512.30.1939460.990.0570.2021.021100
3.85-4.0512.20.1689240.9920.050.1751.09599.8
4.05-4.3120.1349720.9920.040.141.042100
4.3-4.6310.80.1089470.9940.0340.1131.003100
4.63-5.112.80.1089570.9940.0310.1130.945100
5.1-5.8412.40.1059720.9850.0310.110.921100
5.84-7.35110.089970.9950.0250.0840.88999.7
7.35-5010.70.07610930.9880.0250.081.09199.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: low resolution SAD model

解像度: 2.709→43.73 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.69
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2698 893 4.9 %
Rwork0.2188 --
obs0.2214 18228 96.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 176.24 Å2 / Biso mean: 48.5078 Å2 / Biso min: 8.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.709→43.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3882 0 87 30 3999
Biso mean--47.69 30.4 -
残基数----494
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7094-2.87910.3021140.2534234281
2.8791-3.10130.3311450.26182932100
3.1013-3.41330.30951730.22782900100
3.4133-3.9070.25391480.20392968100
3.907-4.92130.22211580.18613006100
4.9213-43.730.26951550.22983187100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61550.2420.11921.22370.24970.1392-0.0420.02830.1483-0.2130.02730.49280.0034-0.0466-0.02630.2947-0.0121-0.01920.21320.05490.469110.9509-8.995378.2662
20.4658-0.22740.30360.6940.58851.4939-0.07780.05030.1073-0.1234-0.00220.011-0.44140.14480.0250.3307-0.0268-0.01660.2450.00010.184536.97388.200973.2651
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'B' and resid -1 through 249)B-1 - 249
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resid 2 through 246)A2 - 246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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