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- PDB-6uqb: Crystal structure of R471A variant of cytosolic fumarate hydratas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uqb
タイトルCrystal structure of R471A variant of cytosolic fumarate hydratase from Leishmania major in a complex with S-malate and malonate
要素Fumarate hydratase 2
キーワードLYASE / fumarate hydratase / fumarase / Leishmania major / variant H334A / substrate / S-malate / inhibitor / malonate
機能・相同性
機能・相同性情報


fumarate hydratase activity / fumarate hydratase / fumarate metabolic process / malate metabolic process / glycosome / ciliary plasm / generation of precursor metabolites and energy / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein homodimerization activity / metal ion binding ...fumarate hydratase activity / fumarate hydratase / fumarate metabolic process / malate metabolic process / glycosome / ciliary plasm / generation of precursor metabolites and energy / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Iron-dependent fumarate hydratase / Fe-S hydro-lyase, tartrate dehydratase alpha-type, catalytic domain / : / Fumarate hydratase (Fumerase) / Fe-S hydro-lyase, tartrate dehydratase beta-type, catalytic domain / Fe-S hydro-lyase, tartrate dehydratase beta-type, catalytic domain superfamily / Fumarase C-terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-hydroxybutanedioic acid / MALONIC ACID / IRON/SULFUR CLUSTER / Fumarate hydratase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.951 Å
データ登録者Feliciano, P.R. / Drennan, C.L.
資金援助 ブラジル, 米国, 3件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/22246-4 ブラジル
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM126982 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Structural and Biochemical Investigations of the [4Fe-4S] Cluster-Containing Fumarate Hydratase fromLeishmania major.
著者: Feliciano, P.R. / Drennan, C.L.
履歴
登録2019年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fumarate hydratase 2
B: Fumarate hydratase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,42712
ポリマ－132,8552
非ポリマー1,57210
水16,520917
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10650 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area34130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.462, 84.943, 240.266
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 28 through 54 or (resid 55...
21(chain B and (resid 28 through 43 or (resid 44...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPGLUGLU(chain A and (resid 28 through 54 or (resid 55...AA28 - 5464 - 90
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 28 through 54 or (resid 55...AA5591
13ASPASPALAALA(chain A and (resid 28 through 54 or (resid 55...AA28 - 56864 - 604
14ASPASPALAALA(chain A and (resid 28 through 54 or (resid 55...AA28 - 56864 - 604
15ASPASPALAALA(chain A and (resid 28 through 54 or (resid 55...AA28 - 56864 - 604
16ASPASPALAALA(chain A and (resid 28 through 54 or (resid 55...AA28 - 56864 - 604
17ASPASPALAALA(chain A and (resid 28 through 54 or (resid 55...AA28 - 56864 - 604
21ASPASPHISHIS(chain B and (resid 28 through 43 or (resid 44...BB28 - 4364 - 79
22GLNGLNGLNGLN(chain B and (resid 28 through 43 or (resid 44...BB4480
23ASPASPALAALA(chain B and (resid 28 through 43 or (resid 44...BB28 - 56864 - 604
24ASPASPALAALA(chain B and (resid 28 through 43 or (resid 44...BB28 - 56864 - 604
25ASPASPALAALA(chain B and (resid 28 through 43 or (resid 44...BB28 - 56864 - 604
26ASPASPALAALA(chain B and (resid 28 through 43 or (resid 44...BB28 - 56864 - 604
27ASPASPALAALA(chain B and (resid 28 through 43 or (resid 44...BB28 - 56864 - 604

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Fumarate hydratase 2 / LmFH-2


分子量: 66427.352 Da / 分子数: 2 / 変異: R471A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
株: Friedlin / 遺伝子: FH2, LMJF_29_1960 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9AE57, fumarate hydratase

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非ポリマー , 5種, 927分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 917 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 12% v/v PEG3350, 10 mM ammonium citrate tribasic, 16 mM sodium acetate trihydrate, 20 mM sodium formate, 6.4 mM ammonium tartrate dibasic, 73.2 mM malonate, 12 mM RS-malate, 4.8 mM succinate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 98175 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.1 % / CC1/2: 0.815 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / Num. unique obs: 98175 / CC1/2: 0.815

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5L2R

5l2r


解像度: 1.951→49.043 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1742 4905 5 %
Rwork0.1434 --
obs0.145 98073 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 82.42 Å2 / Biso mean: 28.859 Å2 / Biso min: 10.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.951→49.043 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8185 0 74 919 9178
Biso mean--27.29 38.2 -
残基数----1067
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3046X-RAY DIFFRACTION4.549TORSIONAL
12B3046X-RAY DIFFRACTION4.549TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9514-1.97360.22721520.2006289794
1.9736-1.99680.23061620.18773059100
1.9968-2.02120.23211620.18253083100
2.0212-2.04680.20821610.17783062100
2.0468-2.07370.2331620.173068100
2.0737-2.10210.20291620.15613076100
2.1021-2.13210.16231600.15723052100
2.1321-2.1640.2041610.15493061100
2.164-2.19780.20291640.14983116100
2.1978-2.23380.19211630.14523097100
2.2338-2.27230.19431600.15043042100
2.2723-2.31370.19321630.15193095100
2.3137-2.35820.19151640.14733104100
2.3582-2.40630.20711620.15193076100
2.4063-2.45860.1891620.14663081100
2.4586-2.51580.16791630.14283102100
2.5158-2.57870.19411630.13913089100
2.5787-2.64840.16911620.14223098100
2.6484-2.72640.16571640.13523118100
2.7264-2.81430.17031630.14153087100
2.8143-2.91490.20771630.14223098100
2.9149-3.03160.1641650.14123120100
3.0316-3.16960.16991630.14573118100
3.1696-3.33660.19261660.1433138100
3.3366-3.54560.16521650.13393146100
3.5456-3.81930.14871670.12713160100
3.8193-4.20350.14141650.12373143100
4.2035-4.81120.11641680.11233190100
4.8112-6.05990.17941700.14643232100
6.0599-49.0430.17851780.16543360100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36150.0333-0.00510.79-0.14651.008-0.0143-0.05750.0340.0844-0.0628-0.0775-0.20750.1220.08220.2114-0.0035-0.04950.18260.01330.196634.24280.6597-22.1474
20.56340.13640.12660.82080.1031.0284-0.05830.02360.0131-0.09620.0088-0.0892-0.15310.1230.04750.1430.0074-0.00580.13390.02180.143233.2813-9.8511-35.302
31.3118-0.3790.37762.0059-0.32662.24370.09940.02260.048-0.0633-0.06640.26060.0204-0.3088-0.02890.3299-0.0275-0.06070.18440.0250.262819.563817.3199-45.3666
41.44510.19660.3421.97260.19841.19060.0481-0.3071-0.10030.2565-0.0699-0.01560.1054-0.11670.01890.21890.00130.03720.23640.03440.141319.4975-21.9098-6.9592
52.26880.23971.26750.54450.59571.1274-0.0804-0.16430.01960.1093-0.10960.44440.1699-0.6754-0.10570.1862-0.09590.04650.4458-0.07330.342-2.6928-31.8193-27.1215
61.291.3591.28482.90311.82182.58210.0773-0.1652-0.10330.2104-0.1189-0.06150.2018-0.15160.03620.14310.01050.01430.16260.03430.125521.7799-27.3477-17.0487
70.54340.53560.20390.70170.55442.79140.0451-0.0227-0.14850.1119-0.0347-0.08790.33740.0081-0.00340.19560.05630.00090.16490.03640.221328.0979-33.3622-26.828
80.7611-0.00730.04330.96950.06610.8215-0.03310.01820.0593-0.0019-0.04820.2057-0.0951-0.2190.06670.11690.0469-0.010.1937-0.01830.184311.6862-12.4907-26.7707
90.87230.08990.12660.66360.36650.5985-0.0066-0.03740.00340.0202-0.08870.2949-0.0065-0.3030.04420.11210.02130.00340.2594-0.0480.22326.291-18.6048-24.6256
100.8215-0.04610.18171.35980.22371.77640.06280.0562-0.0865-0.1677-0.14130.18060.2918-0.30450.060.223-0.0295-0.0340.1872-0.05060.20539.8527-38.749-47.1317
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 28 through 194 )A28 - 194
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 195 through 373 )A195 - 373
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 374 through 568 )A374 - 568
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 28 through 87 )B28 - 87
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 88 through 127 )B88 - 127
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 128 through 154 )B128 - 154
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 155 through 194 )B155 - 194
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 195 through 297 )B195 - 297
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 298 through 369 )B298 - 369
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 370 through 568 )B370 - 568

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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