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万見
- PDB-6upr: Crystal Structure of GTPase Domain of Human Septin 2 / Septin 8 H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6upr
タイトルCrystal Structure of GTPase Domain of Human Septin 2 / Septin 8 Heterocomplex
要素
  • Septin-2
  • Septin-8
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cytoskeleton protein / septin
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of SNARE complex assembly / sperm annulus / septin complex / photoreceptor connecting cilium / cytoskeleton-dependent cytokinesis / septin ring / regulation of exocytosis / non-motile cilium / ciliary membrane / smoothened signaling pathway ...regulation of SNARE complex assembly / sperm annulus / septin complex / photoreceptor connecting cilium / cytoskeleton-dependent cytokinesis / septin ring / regulation of exocytosis / non-motile cilium / ciliary membrane / smoothened signaling pathway / intercellular bridge / regulation of intracellular protein transport / cell division site / axoneme / cleavage furrow / cilium assembly / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / regulation of protein stability / protein localization / kinetochore / synaptic vesicle membrane / spindle / microtubule cytoskeleton / actin cytoskeleton / synaptic vesicle / presynapse / midbody / spermatogenesis / molecular adaptor activity / cell differentiation / cadherin binding / axon / GTPase activity / GTP binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Septin 8 / Septin 2 / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Septin / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Septin / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Septin-2 / Septin-8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.299 Å
データ登録者Leonardo, D.A. / Pereira, H.M. / Brandao-Neto, J. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/15546-1 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2016/04658-9 ブラジル
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Molecular Recognition at Septin Interfaces: The Switches Hold the Key.
著者: Rosa, H.V.D. / Leonardo, D.A. / Brognara, G. / Brandao-Neto, J. / D'Muniz Pereira, H. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C.
履歴
登録2019年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Septin-2
B: Septin-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3125
ポリマ－65,3212
非ポリマー9913
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area24040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.754, 82.773, 78.144
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.630, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Septin-2 / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 5 / NEDD-5


分子量: 31691.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPTIN2, DIFF6, KIAA0158, NEDD5, SEPT2 / プラスミド: pET-Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q15019
#2: タンパク質 Septin-8


分子量: 33630.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPTIN8, KIAA0202, SEPT8 / プラスミド: pET-Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92599

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非ポリマー , 4種, 90分子

#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM MES/imidazole pH 6.5, 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol and 20mM of each 1,6-hexanediol, 1-butanol, (RS)-1,2-propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol and 1,3-propanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.299→82.8 Å / Num. obs: 28853 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 99.5

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
2.3-2.367.11.6881495121080.7820.681.8211
10.29-82.86.20.04721613480.9940.0210.05234.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6UPQ

6upq


解像度: 2.299→55.959 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.88
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2547 1394 4.86 %Random selection
Rwork0.2083 ---
obs0.2105 28678 98.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 133.01 Å2 / Biso mean: 63.0132 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.299→55.959 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4279 0 61 87 4427
Biso mean--52.56 51.63 -
残基数----537
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2994-2.38160.37831460.3406266797
2.3816-2.47690.37411430.3146266498
2.4769-2.58970.43231540.2968270598
2.5897-2.72620.32171440.2762268898
2.7262-2.8970.32511400.2679272498
2.897-3.12070.3011160.2542272298
3.1207-3.43470.31781360.2254276499
3.4347-3.93160.23161390.1943276299
3.9316-4.95290.17561280.1576278399
4.9529-55.9590.19981480.1702280599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.53871.3528-2.15434.9513-3.33815.5560.0884-0.23640.12060.33320.09940.1612-0.9669-0.488-0.2250.59030.1256-0.10480.5173-0.07490.43152.342811.292813.6275
24.97541.10763.16082.79612.47194.773-0.1421-0.25080.2397-0.13570.02590.2056-0.2385-0.76250.03810.43820.0777-0.06260.5574-0.05360.4794-6.17932.74595.9844
32.1290.56551.31072.6342-0.10512.70920.19230.4538-0.3212-0.10490.0152-0.37770.29950.374-0.20020.47390.1029-0.080.5325-0.10760.427716.30872.79915.4947
49.09596.22744.54465.53632.8133.7787-0.28861.02150.0483-0.44880.41570.1629-0.04470.3091-0.14030.46280.1488-0.0330.5413-0.11710.42068.94954.88510.0724
53.35991.028-1.28283.4066-1.88544.46650.26630.4523-0.40670.06440.0697-0.32540.53150.5291-0.38520.6730.1351-0.20610.5913-0.1050.536525.672-2.246232.3601
62.5484-1.41461.51472.2836-1.26538.89150.04580.1851-0.1553-0.2541-0.0527-0.02450.74740.2878-0.01060.65610.0554-0.16560.4046-0.04060.466921.377-5.73341.5928
70.18030.4402-0.57210.869-0.90681.85730.09740.1056-0.0520.0717-0.0661-0.039-0.0473-0.1191-0.03360.64620.0765-0.16250.5746-0.06930.489117.08856.009438.8173
89.51861.43960.94318.5207-0.34348.73230.4279-1.08350.76771.6590.1895-0.8446-0.54020.2409-0.58340.83130.1263-0.07760.7481-0.18660.523922.551718.239546.55
91.32710.6753-2.23781.7431-1.61633.77580.1333-0.2013-0.04860.4387-0.1028-0.2846-0.35690.49410.01740.5333-0.0081-0.15760.5746-0.10080.482831.237112.119532.2916
105.0498-1.0956-0.01816.8182-4.57656.44420.1140.2032-0.6329-0.176-0.22060.741-0.0923-0.3034-0.06010.7180.0889-0.17710.6191-0.16160.625911.681-3.723757.8509
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 36 through 81 )A36 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 82 through 147 )A82 - 147
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 148 through 257 )A148 - 257
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 258 through 305 )A258 - 305
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 39 through 78 )B39 - 78
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 79 through 132 )B79 - 132
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 133 through 207 )B133 - 207
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 208 through 230 )B208 - 230
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 231 through 291 )B231 - 291
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 292 through 307 )B292 - 307

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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