PDB-6upe: Structure of trehalose-6-phosphate phosphatase from Salmonella ty...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6upe

タイトル

Structure of trehalose-6-phosphate phosphatase from Salmonella typhimurium inhibited by 4-n-octylphenyl alpha-D-glucopyranoside-6-sulfate

要素

Trehalose-phosphate phosphatase

キーワード

HYDROLASE / HAD Superfamily / Rossmann fold / sugar binding

機能・相同性

機能・相同性情報

trehalose-phosphatase / trehalose-phosphatase activity / trehalose biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.244 Å

データ登録者

Harvey, C.M. / O'Toole, K.H. / Allen, K.N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Structural Analysis of Binding Determinants ofSalmonella typhimuriumTrehalose-6-phosphate Phosphatase Using Ground-State Complexes.
著者: Harvey, C.M. / O'Toole, K.H. / Liu, C. / Mariano, P. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.

履歴

登録	2019年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6upe.cif.gz	115.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6upe.ent.gz	85.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6upe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/6upe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/6upe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6upbSC 6upcC 6updC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6upc-2 6upb-2 6upc-1 6upb-1 2yq1-1 2yv1-d 6upd-2 1u4g-d 3pgv-4 6nq4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Trehalose-phosphate phosphatase

B: Trehalose-phosphate phosphatase

ヘテロ分子

59.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Trehalose-phosphate phosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Trehalose-phosphate phosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
29.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	46.159, 52.419, 108.615
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.580, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Trehalose-phosphate phosphatase / TPP / Trehalose 6-phosphate phosphatase / Trehalose-phosphatase 分子量: 29296.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain SL1344) (サルモネラ菌) 株: SL1344 / 遺伝子: otsB, SL1344_1863 / プラスミド: pET15bTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E1WGG9, trehalose-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-OGS / 4-octylphenyl 6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranoside 分子量: 448.528 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₂O₉S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.08 % / 解説: rod
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Drop contained: 1.5 uL 40 mg/mL protein, 2 uL reservoir solution (15% PEG 3350, 400 mM lithium citrate, 30 mM magnesium chloride, 40 mM mixture of MES, MOPS, and TAPS at pH 7.5), and 0.5 uL 1: ...詳細: Drop contained: 1.5 uL 40 mg/mL protein, 2 uL reservoir solution (15% PEG 3350, 400 mM lithium citrate, 30 mM magnesium chloride, 40 mM mixture of MES, MOPS, and TAPS at pH 7.5), and 0.5 uL 1:10^3 dilution of seed stock prepared according to Seed Bead protocol. Crystals were transferred to drop containing 18% PEG 3350, 400mM lithium citrate, 40 mM magnesium chloride, 10% ethylene glycol, and 1mM OGS for 24 prior to cryocooling

結晶

マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.08 % / 解説: rod

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Drop contained: 1.5 uL 40 mg/mL protein, 2 uL reservoir solution (15% PEG 3350, 400 mM lithium citrate, 30 mM magnesium chloride, 40 mM mixture of MES, MOPS, and TAPS at pH 7.5), and 0.5 uL 1: ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 290 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.378 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.378 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.24→50 Å / Num. obs: 24547 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 37.51 Å² / CC_1/2: 0.978 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.06 / R_rim(I) all: 0.123 / Χ²: 2.645 / Net I/σ(I): 9.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.24-2.28	3.1	0.422	1124	0.84	0.273	0.505	1.493	90.6
2.28-2.32	3.3	0.415	1172	0.839	0.262	0.493	1.492	97.7
2.32-2.36	3.5	0.429	1214	0.789	0.265	0.506	1.492	98.9
2.36-2.41	3.7	0.392	1238	0.838	0.233	0.457	1.768	99.7
2.41-2.47	3.9	0.411	1201	0.881	0.237	0.476	1.539	100
2.47-2.52	4	0.357	1226	0.909	0.202	0.411	1.563	100
2.52-2.59	4.1	0.329	1237	0.933	0.182	0.376	1.652	100
2.59-2.66	4.1	0.314	1216	0.94	0.172	0.359	1.825	100
2.66-2.73	4.1	0.285	1237	0.95	0.156	0.326	2.281	100
2.73-2.82	4.2	0.235	1210	0.956	0.128	0.268	2.254	100
2.82-2.92	4.1	0.208	1253	0.954	0.115	0.238	2.164	100
2.92-3.04	4.2	0.175	1229	0.969	0.096	0.2	2.5	100
3.04-3.18	4.2	0.151	1220	0.977	0.083	0.173	2.632	100
3.18-3.35	4.2	0.12	1245	0.984	0.067	0.138	2.817	100
3.35-3.56	4.1	0.106	1242	0.986	0.058	0.121	3.218	100
3.56-3.83	4.2	0.087	1238	0.99	0.048	0.099	3.272	100
3.83-4.22	4.2	0.074	1247	0.992	0.041	0.085	3.739	100
4.22-4.82	4.2	0.06	1241	0.995	0.033	0.069	4.028	100
4.82-6.08	4.2	0.062	1254	0.994	0.033	0.07	2.669	100
6.08-50	4	0.087	1303	0.987	0.048	0.1	7.013	99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.94 Å	37.4 Å
Translation	6.94 Å	37.4 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.6.0	位相決定
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6UPB

6upb

解像度: 2.244→37.402 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	2009	8.19 %
R_work	0.1862	22519	-
obs	0.19	24528	99.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.68 Å² / B_iso mean: 43.978 Å² / B_iso min: 20.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.244→37.402 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3772	0	62	172	4006
B_iso mean	-	-	49.95	44.98	-
残基数	-	-	-	-	492

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.244-2.3	0.2958	130	0.2421	1484	92
2.3-2.3622	0.2687	143	0.2468	1563	98
2.3622-2.4317	0.3001	147	0.2261	1610	100
2.4317-2.5101	0.2654	138	0.2286	1607	100
2.5101-2.5998	0.2552	150	0.2127	1610	100
2.5998-2.7039	0.2971	141	0.2139	1602	100
2.7039-2.8269	0.2666	143	0.208	1592	100
2.8269-2.9759	0.2476	144	0.2096	1613	100
2.9759-3.1622	0.2457	146	0.1997	1623	100
3.1622-3.4063	0.2271	143	0.1899	1620	100
3.4063-3.7488	0.2407	148	0.1809	1624	100
3.7488-4.2905	0.2137	142	0.1579	1635	100
4.2905-5.403	0.1987	141	0.1566	1644	100
5.403-37.4	0.1993	153	0.1731	1692	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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