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- PDB-6ulm: Crystal structure of human cadherin 17 EC1-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ulm
タイトルCrystal structure of human cadherin 17 EC1-2
要素Cadherin-17
キーワードCELL ADHESION / cdh17 / intestinal epithelia / cancer / calcium-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptide transmembrane transport / positive regulation of integrin activation by cell surface receptor linked signal transduction / proton-dependent oligopeptide secondary active transmembrane transporter activity / marginal zone B cell differentiation / germinal center B cell differentiation / calcium-dependent cell-cell adhesion / cell-cell adhesion mediated by cadherin / adherens junction organization / catenin complex / cell-cell junction assembly ...oligopeptide transmembrane transport / positive regulation of integrin activation by cell surface receptor linked signal transduction / proton-dependent oligopeptide secondary active transmembrane transporter activity / marginal zone B cell differentiation / germinal center B cell differentiation / calcium-dependent cell-cell adhesion / cell-cell adhesion mediated by cadherin / adherens junction organization / catenin complex / cell-cell junction assembly / Adherens junctions interactions / homophilic cell-cell adhesion / spleen development / integrin-mediated signaling pathway / adherens junction / beta-catenin binding / integrin binding / cell morphogenesis / cell junction / cell migration / basolateral plasma membrane / cell adhesion / cadherin binding / calcium ion binding / cell surface / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cadherin / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Gray, M.E. / Sotomayor, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of the nonclassical cadherin-17 N-terminus and implications for its adhesive binding mechanism.
著者: Gray, M.E. / Sotomayor, M.
履歴
登録2019年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Cadherin-17
A: Cadherin-17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6228
ポリマ－51,3812
非ポリマー2406
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, assay for oligomerization, bead aggregation assay
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cadherin-17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8114
ポリマ－25,6911
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Cadherin-17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8114
ポリマ－25,6911
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.394, 81.609, 106.813
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111B10 - 212
2111A10 - 212

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.968254, 0.186706, 0.166207), (-0.197243, -0.97912, -0.049178), (0.153555, -0.0804, 0.984864)1.53952, -2.01017, 14.21636

-
要素

#1: タンパク質 Cadherin-17 / Intestinal peptide-associated transporter HPT-1 / Liver-intestine cadherin / LI-cadherin


分子量: 25690.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDH17 / Variant: VAR_055567 / プラスミド: pET21a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q12864
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7, 0.1 M KCl, 15% PEG 5000 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 28521 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 10.46
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 1406 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q2V

3q2v


解像度: 2.15→47.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 10.68 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.2
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2569 1412 5 %RANDOM
Rwork0.2062 ---
obs0.2087 26913 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 104.63 Å2 / Biso mean: 30.462 Å2 / Biso min: 13.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.87 Å20 Å20 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3----2.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→47.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3179 0 6 203 3388
Biso mean--24.38 30.89 -
残基数----403
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0133256
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0172936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2691.6544430
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1971.5676863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.3215403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.26124.246179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.11615545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0631516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2445
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0240.023657
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02627
Refine LS restraints NCS数: 1534 / タイプ: TIGHT THERMAL / Rms dev position: 4.84 Å / Weight position: 0.5
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.205 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 105 -
Rwork0.265 1939 -
all-2044 -
obs--98.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.89150.68271.1150.58160.67342.06320.1434-0.25950.00240.0978-0.2245-0.01030.1727-0.30070.08110.0512-0.0154-0.01630.1056-0.01410.018812.866-7.19323.556
20.3709-0.04560.34940.2888-0.02340.8642-0.0108-0.0204-0.0185-0.04320.01090.0109-0.0157-0.0055-0.00010.0162-0.0012-0.02470.0027-0.00030.07523.621-9.385-21.952
30.58250.5990.06371.0290.97136.06690.1288-0.08910.1303-0.01650.0020.0928-0.12370.1138-0.13080.081-0.04970.03930.0347-0.02570.0358-9.3296.2158.959
40.2097-0.0639-0.12160.692-0.51541.28150.03280.0376-0.0364-0.0189-0.00390.04480.0407-0.0271-0.02880.0184-0.0017-0.01030.01370.00250.0497-6.04510.736-35.265
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B4 - 97
2X-RAY DIFFRACTION1B301 - 302
3X-RAY DIFFRACTION2B98 - 212
4X-RAY DIFFRACTION2B303
5X-RAY DIFFRACTION3A10 - 97
6X-RAY DIFFRACTION3A301 - 302
7X-RAY DIFFRACTION4A98 - 214
8X-RAY DIFFRACTION4A303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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