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- PDB-6ul6: Crystal Structure of BoNT/A-LCHn domain in complex with VNA ciA-D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ul6
タイトルCrystal Structure of BoNT/A-LCHn domain in complex with VNA ciA-D12/11/ciA-B5 and VHH ciA-H7
要素
  • BoNT/A
  • ciA-D12/11/ciA-B5
  • ciA-H7
キーワードTOXIN/ANTITOXIN / Botulinum neurotoxin (BoNT) / VHH / Toxin / Antitoxin / TOXIN-ANTITOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region ...bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain / Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain / Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal ...Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain / Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain / Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Botulinum neurotoxin type A / Bontoxilysin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02000221988 Å
データ登録者Lam, K. / Jin, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into Rational Design of Single-Domain Antibody-Based Antitoxins against Botulinum Neurotoxins
著者: Lam, K. / Tremblay, J.M. / Vazquez-Cintron, E. / Perry, K. / Ondeck, C. / Webb, R. / McNutt, P.M. / Shoemaker, C.B. / Jin, R.
履歴
登録2019年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BoNT/A
B: ciA-D12/11/ciA-B5
C: ciA-H7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,9913
ポリマ－141,9913
非ポリマー00
水14,394799
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6050 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area49760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.288, 90.253, 144.771
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 119.037, 90.0
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 BoNT/A / BoNT/A1 neurotoxin / Bont/A1 / Botulinum neurotoxin type A / Neurotoxin A / Neurotoxin BoNT / ...BoNT/A1 neurotoxin / Bont/A1 / Botulinum neurotoxin type A / Neurotoxin A / Neurotoxin BoNT / Neurotoxin type A / Peptidase M27


分子量: 100030.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: a, A, boNT, bont, bonta, ACP52_06670 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7B8V4, UniProt: P0DPI1*PLUS, bontoxilysin
#2: 抗体 ciA-D12/11/ciA-B5


分子量: 28827.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 ciA-H7


分子量: 13133.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 799 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: 13 % PEG 20000, 0.1 M sodium cacodylate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→47.21 Å / Num. obs: 103999 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 26.8751899906 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.02→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.716 / Num. unique obs: 5169 / CC1/2: 0.648 / Rpim(I) all: 0.678

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimless1.9_1692データスケーリング
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V0A

3v0a


解像度: 2.02000221988→47.2074892055 Å / SU ML: 0.186499929088 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33645969424 / 位相誤差: 19.9511542728
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194475502331 5185 4.98615224834 %
Rwork0.182756746715 98803 -
obs0.183342226535 103988 99.7104228593 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.4504074541 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02000221988→47.2074892055 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9562 0 0 799 10361
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01555965987499820
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4463788208313313
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0735889373121469
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007917202812271721
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.07032426353598
LS精密化 シェル解像度: 2.02000221988→2.043 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265695428912 163 -
Rwork0.263679910782 3340 -
obs--99.9714611872 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.572693229460.03034717491340.5622106931921.830141518750.4812256010331.471683836710.05674088748810.105294625246-0.137619678457-0.0832453905010.188747203311-0.1176790903160.3886836329080.1429480486360.07386947290110.1998538143560.02432110546340.04604212215930.105678018742-0.01905887799840.0974984861998-31.6608617538-41.419434577519.6273137571
20.8678321593190.3359913294980.337952947751.02484407611-0.001905211408610.8551975742420.0189334154667-0.008434532984940.0593553965490.0672263220470.0404365241196-0.02068440903880.06627799570460.0391395120498-0.002581940151750.1236560349290.01895558268170.04703253054710.144613336847-0.01455043778960.117955914558-32.1031037301-26.276115062826.0838124717
30.286447739746-0.2819208614750.3705000945041.105892148660.3935566031030.924536628558-0.210189647543-0.1141735553970.199241215196-0.02003855008890.001358012983170.370351923063-0.246732404495-0.282618968056-0.01947340982880.2218104356360.03427238856470.04668694401050.334475779938-0.03465732529510.356233708852-35.2788797582-5.8686099827626.6179459458
40.3899696771130.2146168290360.558342170811.052107465080.3466977414860.617372801563-0.06862677656950.092961837681-0.0270915676893-0.1308093234530.0727534666802-0.02061157945610.04260727893150.04201951139640.0005242237452620.218607266867-0.02393634139560.06250832094890.2750860452530.01212985658890.185247492142-25.1250376727-23.289557834724.3201272189
51.688463376180.4502329677780.2674165756830.5989237627130.1812624979750.3882234681230.163117968912-0.04088247777120.244144924110.207546871342-0.165309883418-0.103803565117-0.0600793681377-0.0116503516995-0.01075577469430.269757922914-0.03482043582980.02221011281340.25930021425-0.01368121159680.244196191027-16.2905278775-5.7728925230342.0780800249
60.8568665556620.2759504326780.2887852782350.07471617606710.217447237139-0.166789664601-0.0582944222704-0.4344742210380.1962428470410.353695991348-0.004258447968810.247350514285-0.0276923705601-0.221555695348-0.01140354593970.2775824068390.0322073863010.1174218011950.474562193321-0.07340044210780.475410399847-39.8928369820.93660082014541.2939462583
70.04097561662470.07307658626130.02231837335640.151245864093-0.06367289507060.1699939774780.1868064292960.0463230480125-0.1222818833290.503461114394-0.003189944710940.0118131808086-0.00944844092141-0.0308092477573-4.97934881721E-70.5952674429230.13576156745-0.1191024707930.5641020743310.06409663631130.333651056483-11.399345555-54.036103367258.8374884248
80.624656939471-0.6002621843040.5723728960030.752580420975-0.2594166226461.067971585410.275869615599-0.0527625574304-0.3572314035550.205275146430.01797313176180.2066074882120.6084700907970.1116240480780.0004102098473280.667685143940.12186531006-0.2147616927380.325183794140.03032831241710.323920388081-18.6141844049-55.477655096750.1008303818
90.722384497208-0.332599089151-0.3954186563960.2397294608410.4177852993230.6444264287050.794415979129-0.314392090380.3509069404060.0221974249893-0.0318223199678-0.396637673193-0.2514847300890.2197193381440.05750931041060.70825154139-0.0754449115843-0.06310453936030.5668599837880.07314297611880.575692260908-8.07991982048-39.190467772268.7137627149
101.56334186651-0.0506581404317-0.3039611443170.8174436408580.2894729083870.477612516547-0.185847336073-0.440115984669-0.4256637074920.4551809028580.029025904699-0.1210938399320.505214767446-0.27416636028-0.1429692815620.774402661371-0.443256178896-0.2210903683090.6264726168270.1498731815820.413372344544-7.65413635715-27.708530673268.2937993435
110.1570822648190.1479918358920.1329646923010.1936789746420.2318233575640.565671186738-0.224835361159-0.0008818108409010.0762405557189-0.356739135850.1332325139690.285277105358-0.0754127350818-0.377874097123-0.0570477497440.4773753862480.0472976119455-0.07818669830210.2966209709730.129140542810.333671476377-54.2744564302-10.0501635115-3.35549506857
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 138 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 139 through 452 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 453 through 495 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 496 through 566 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 567 through 765 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 766 through 866 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 17 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 18 through 117 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 118 through 148 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 149 through 251 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 17 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 18 through 33 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 34 through 45 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 46 through 72 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 73 through 107 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 108 through 114 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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