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- PDB-6uk5: Structure of SAM bound CalS10, an amino pentose methyltransferase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uk5
タイトルStructure of SAM bound CalS10, an amino pentose methyltransferase from Micromonospora echinaspora involved in calicheamicin biosynthesis
要素CalS10
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / natural product / calicheamicin biosynthesis
機能・相同性: / Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / methyltransferase activity / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / S-ADENOSYLMETHIONINE / CalS10
機能・相同性情報
生物種Micromonospora echinospora (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Alvarado, S.K. / Miller, M.D. / Xu, W. / Wang, Z. / Van Lanen, S.G. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM115261 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM098248 米国
National Science Foundation (NSF, United States)STC 1231306 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of SAM bound CalS10, an amino pentose methyltransferase from Micromonospora echinaspora involved in calicheamicin biosynthesis
著者: Alvarado, S.K. / Miller, M.D. / Xu, W. / Wang, Z. / Van Lanen, S.G. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2019年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CalS10
B: CalS10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,86610
ポリマ－57,2632
非ポリマー1,6048
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Size exclusion chromatography supports the assignment of a dimer as the biological unit.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area21150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.290, 133.290, 81.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Space group name HallP64
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 9 through 236 or resid 485 through 901))A9 - 236
121(chain 'A' and (resid 9 through 236 or resid 485 through 901))A485
131(chain 'A' and (resid 9 through 236 or resid 485 through 901))A701
141(chain 'A' and (resid 9 through 236 or resid 485 through 901))A901
251(chain 'B' and (resid 9 through 236 or resid 585 through 1001))B9 - 236
261(chain 'B' and (resid 9 through 236 or resid 585 through 1001))B585
271(chain 'B' and (resid 9 through 236 or resid 585 through 1001))B801
281(chain 'B' and (resid 9 through 236 or resid 585 through 1001))B1001

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CalS10


分子量: 28631.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora echinospora (バクテリア)
遺伝子: calS10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8KNF4

-
非ポリマー , 5種, 34分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M sodium citrate pH5.5, 24% PEG 400, 0.28M ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.078 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月15日 / 詳細: Bimorph K-B pair
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→66.71 Å / Num. obs: 25648 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 459637 / Scaling rejects: 2080
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.6-2.6718.31.1773490019030.6420.2811.2112.7100
11.63-66.7115.70.04348263070.9990.0110.04527.699.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.19 Å66.72 Å
Translation3.19 Å66.72 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DIALS1.8.2-g5331de77-releaseデータ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
PHENIX1.16精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3bxo

3bxo


解像度: 2.6→47.15 Å / SU ML: 0.3649 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 28.3666
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2507 1339 5.23 %
Rwork0.2309 24278 -
obs0.2319 25617 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3686 0 108 26 3820
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00343878
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76825240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0474560
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034706
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.15372255
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.690.38251450.34162384X-RAY DIFFRACTION99.02
2.69-2.80.33441140.33012420X-RAY DIFFRACTION100
2.8-2.930.3251300.32172430X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.080.32211500.3022390X-RAY DIFFRACTION99.96
3.08-3.270.32941400.30352430X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.530.29311280.27822422X-RAY DIFFRACTION99.96
3.53-3.880.27641270.25162436X-RAY DIFFRACTION100
3.88-4.440.22151000.20492461X-RAY DIFFRACTION100
4.44-5.590.19841430.17342449X-RAY DIFFRACTION100
5.59-47.150.20171620.17762456X-RAY DIFFRACTION99.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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