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万見
- PDB-6ujv: Model of the HIV-1 gp41 membrane-proximal external region, transm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ujv
タイトルModel of the HIV-1 gp41 membrane-proximal external region, transmembrane domain and cytoplasmic tail (LLP2)
要素Envelope glycoprotein GP41
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Viral protein / Membrane-proximal external region / Transmembrane domain / Cytoplasmic tail
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / : / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane ...Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / : / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / apoptotic process / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Piai, A. / Fu, Q. / Cai, Y. / Ghantous, F. / Xiao, T. / Shaik, M.M. / Peng, H. / Rits-Volloch, S. / Liu, Z. / Chen, W. ...Piai, A. / Fu, Q. / Cai, Y. / Ghantous, F. / Xiao, T. / Shaik, M.M. / Peng, H. / Rits-Volloch, S. / Liu, Z. / Chen, W. / Seaman, M.S. / Chen, B. / Chou, J.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI127193 米国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis of transmembrane coupling of the HIV-1 envelope glycoprotein.
著者: Piai, A. / Fu, Q. / Cai, Y. / Ghantous, F. / Xiao, T. / Shaik, M.M. / Peng, H. / Rits-Volloch, S. / Chen, W. / Seaman, M.S. / Chen, B. / Chou, J.J.
#1: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structure of the membrane proximal external region of HIV-1 envelope glycoprotein.
著者: Fu, Q. / Shaik, M.M. / Cai, Y. / Ghantous, F. / Piai, A. / Peng, H. / Rits-Volloch, S. / Liu, Z. / Harrison, S.C. / Seaman, M.S. / Chen, B. / Chou, J.J.
#2: ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Structural basis for membrane anchoring of HIV-1 envelope spike.
著者: Dev, J. / Park, D. / Fu, Q. / Chen, J. / Ha, H.J. / Ghantous, F. / Herrmann, T. / Chang, W. / Liu, Z. / Frey, G. / Seaman, M.S. / Chen, B. / Chou, J.J.
履歴
登録2019年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年3月16日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein GP41
B: Envelope glycoprotein GP41
C: Envelope glycoprotein GP41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5183
ポリマ－45,5183
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, Performed on the MPER-TMD and TMD-CT(LLP2)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area8210 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area23670 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 150structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein GP41 / Env polyprotein


分子量: 15172.598 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 658-786 / 変異: C764S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate 92UG024.2 / 遺伝子: env / プラスミド: pMM-LR6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A060KRW4, UniProt: P04578*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N TROSY-HSQC
121isotropic13D TROSY HNCO
131isotropic13D TROSY HNCA
141isotropic22D 1H-15N TROSY-HSQC
151isotropic23D TROSY HN(CA)CO
161isotropic23D TROSY HN(CO)CA
171isotropic23D TROSY HN(CA)CB
182isotropic22D 1H-15N TROSY-HSQC
192isotropic23D 15N-edited NOESY-TROSY-HSQC
1103isotropic32D 1H-15N TROSY-HSQC
1113isotropic32D 1H-13C HSQC
1123isotropic33D 15N-edited NOESY-TROSY-HSQC
1133isotropic33D 13C-edited NOESY
1144isotropic42D 1H-15N TROSY-HSQC
1154isotropic43D 15N-edited NOESY-TROSY-HSQC
1165isotropic42D 1H-15N TROSY-HSQC
1175isotropic42D 1H-13C HSQC
1185isotropic43D 15N-edited NOESY-TROSY-HSQC
1195isotropic32D 1H-15N TROSY-HSQC
1205isotropic32D 1H-13C HSQC
1215isotropic33D J(CH)-MODULATED NOESY
1226isotropic12D 1H-15N TROSY-HSQC
1237isotropic12D 1H-15N TROSY-HSQC
1247isotropic13D TROSY HNCO
1257isotropic13D TROSY HNCA
1267isotropic13D TROSY HN(CA)CO
1277isotropic13D TROSY HN(CO)CA
1288isotropic22D 1H-15N TROSY-HSQC
1298isotropic23D 15N-edited NOESY-TROSY-HSQC
1309isotropic42D 1H-15N TROSY-HSQC
1319isotropic42D 1H-13C HSQC
1329isotropic43D 15N-edited NOESY-TROSY-HSQC
1339isotropic43D 13C-edited NOESY
13410isotropic42D 1H-15N TROSY-HSQC
13510isotropic43D 15N-edited NOESY-TROSY-HSQC
13611isotropic42D 1H-15N TROSY-HSQC
13711isotropic42D 1H-13C HSQC
13811isotropic43D 15N-edited NOESY-TROSY-HSQC
13911isotropic32D 1H-15N TROSY-HSQC
14011isotropic32D 1H-13C HSQC
14111isotropic33D J(CH)-MODULATED NOESY
14212isotropic12D 1H-15N TROSY-HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
bicelle10.7 mM [U-13C; U-15N; U-85% 2H] HIV-1 gp41 TMD-CT(LLP2), 40 mM MES, 40 mM DMPC, 80 mM DHPC, 90% H2O/10% D2OBicelle q=0.513C,15N,85%2H_TMD-CT(LLP2)90% H2O/10% D2O
bicelle20.8 mM [U-15N; U-2H] HIV-1 gp41 TMD-CT(LLP2), 40 mM MES, 80 mM DMPC, 80 mM DHPC, 90% H2O/10% D2OBicelle q=0.515N,2H_TMD-CT(LLP2)90% H2O/10% D2O
bicelle31.0 mM [U-13C; U-15N] HIV-1 gp41 TMD-CT(LLP2), 40 mM MES, 80 mM DMPC, 80 mM DHPC, 90% H2O/10% D2OBicelle q=0.513C,15N_TMD-CT(LLP2)90% H2O/10% D2O
bicelle40.5 mM [U-15N; U-2H] HIV-1 gp41 TMD-CT(LLP2), 40 mM MES, 40 mM DMPC, 80 mM DHPC, 90% H2O/10% D2OBicelle q=0.5control_sample_TMD-CT(LLP2)90% H2O/10% D2O
bicelle50.5 mM [U-15N; U-2H] HIV-1 gp41 TMD-CT(LLP2), 0.5 mM [U-13C] HIV-1 gp41 TMD-CT(LLP2), 40 mM MES, 40 mM DMPC, 80 mM DHPC, 90% H2O/10% D2OBicelle q=0.5; The (15N,2H)-labeled and the (13C)-labeled proteins were mixed ~1:1mixed_sample_TMD-CT(LLP2)90% H2O/10% D2O
bicelle60.5 mM [U-15N; U-85% 2H] HIV-1 gp41 TMD-CT(LLP2), 40 mM MES, 40 mM DMPC, 80 mM DHPC, 90% H2O/10% D2OBicelle q=0.515N,85%2H_TMD-CT(LLP2)90% H2O/10% D2O
bicelle70.8 mM [U-13C; U-15N; U-85% 2H] HIV-1 gp41 MPER-TMD, 40 mM MOPS, 50 mM DMPC, 100 mM DHPC, 90% H2O/10% D2OBicelle q=0.513C,15N,85%2H_MPER-TMD90% H2O/10% D2O
bicelle80.8 mM [U-15N; U-2H] HIV-1 gp41 MPER-TMD, 40 mM MOPS, 50 mM DMPC, 100 mM DHPC, 90% H2O/10% D2OBicelle q=0.515N,2H_MPER-TMD90% H2O/10% D2O
bicelle90.8 mM [U-13C; U-15N] HIV-1 gp41 MPER-TMD, 40 mM MOPS, 50 mM DMPC, 100 mM DHPC, 90% H2O/10% D2OBicelle q=0.513C,15N_MPER-TMD90% H2O/10% D2O
bicelle100.4 mM [U-15N; U-2H] HIV-1 gp41 MPER-TMD, 40 mM MOPS, 50 mM DMPC, 100 mM DHPC, 90% H2O/10% D2OBicelle q=0.5control_sample_MPER-TMD90% H2O/10% D2O
bicelle110.4 mM [U-15N; U-2H] HIV-1 gp41 MPER-TMD, 0.4 mM [U-13C] HIV-1 gp41 MPER-TMD, 40 mM MOPS, 50 mM DMPC, 100 mM DHPC, 90% H2O/10% D2OBicelle q=0.5; The (15N,2H)-labeled and the (13C)-labeled proteins were mixed ~1:1mixed_sample_MPER-TMD90% H2O/10% D2O
bicelle120.8 mM [U-15N; U-85% 2H] HIV-1 gp41 MPER-TMD, 40 mM MOPS, 50 mM DMPC, 85 mM DPC, 90% H2O/10% D2OBicelle q=0.615N,85%2H_MPER-TMD90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMHIV-1 gp41 TMD-CT(LLP2)[U-13C; U-15N; U-85% 2H]1
40 mMMESnatural abundance1
40 mMDMPCnatural abundance1
80 mMDHPCnatural abundance1
0.8 mMHIV-1 gp41 TMD-CT(LLP2)[U-15N; U-2H]2
40 mMMESnatural abundance2
80 mMDMPCnatural abundance2
80 mMDHPCnatural abundance2
1.0 mMHIV-1 gp41 TMD-CT(LLP2)[U-13C; U-15N]3
40 mMMESnatural abundance3
80 mMDMPCnatural abundance3
80 mMDHPCnatural abundance3
0.5 mMHIV-1 gp41 TMD-CT(LLP2)[U-15N; U-2H]4
40 mMMESnatural abundance4
40 mMDMPCnatural abundance4
80 mMDHPCnatural abundance4
0.5 mMHIV-1 gp41 TMD-CT(LLP2)[U-15N; U-2H], [U-13C]5
40 mMMESnatural abundance5
40 mMDMPCnatural abundance5
80 mMDHPCnatural abundance5
0.5 mMHIV-1 gp41 TMD-CT(LLP2)[U-15N; U-85% 2H]6
40 mMMESnatural abundance6
40 mMDMPCnatural abundance6
80 mMDHPCnatural abundance6
0.8 mMHIV-1 gp41 MPER-TMD[U-13C; U-15N; U-85% 2H]7
40 mMMOPSnatural abundance7
50 mMDMPCnatural abundance7
100 mMDHPCnatural abundance7
0.8 mMHIV-1 gp41 MPER-TMD[U-15N; U-2H]8
40 mMMOPSnatural abundance8
50 mMDMPCnatural abundance8
100 mMDHPCnatural abundance8
0.8 mMHIV-1 gp41 MPER-TMD[U-13C; U-15N]9
40 mMMOPSnatural abundance9
50 mMDMPCnatural abundance9
100 mMDHPCnatural abundance9
0.4 mMHIV-1 gp41 MPER-TMD[U-15N; U-2H]10
40 mMMOPSnatural abundance10
50 mMDMPCnatural abundance10
100 mMDHPCnatural abundance10
0.4 mMHIV-1 gp41 MPER-TMD[U-15N; U-2H], [U-13C]11
40 mMMOPSnatural abundance11
50 mMDMPCnatural abundance11
100 mMDHPCnatural abundance11
0.8 mMHIV-1 gp41 MPER-TMD[U-15N; U-85% 2H]12
40 mMMOPSnatural abundance12
50 mMDMPCnatural abundance12
85 mMDPCnatural abundance12
試料状態イオン強度: 0 M / Label: conditions_1 / pH: 6.7 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD6001Equipped with a cryogenic probe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7502Equipped with a cryogenic probe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8003Equipped with a cryogenic probe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9004Equipped with a cryogenic probe

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
XEASYBartels et al.peak picking
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 8
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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