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- PDB-5jyn: Structure of the transmembrane domain of HIV-1 gp41 in bicelle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jyn
タイトルStructure of the transmembrane domain of HIV-1 gp41 in bicelle
要素Envelope glycoprotein gp160
キーワードVIRAL PROTEIN / transmembrane domain / lipid bilayer / transmembrane trimer
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Dev, J. / Fu, Q. / Park, D. / Chen, B. / Chou, J.J.
資金援助 米国, 中国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL103526 米国
CASXDB08030301 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Structural basis for membrane anchoring of HIV-1 envelope spike.
著者: Dev, J. / Park, D. / Fu, Q. / Chen, J. / Ha, H.J. / Ghantous, F. / Herrmann, T. / Chang, W. / Liu, Z. / Frey, G. / Seaman, M.S. / Chen, B. / Chou, J.J.
履歴
登録2016年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Database references
改定 1.22016年7月20日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein gp160
B: Envelope glycoprotein gp160
C: Envelope glycoprotein gp160


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9523
ポリマ－13,9523
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3740 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area9870 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 150structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein gp160


分子量: 4650.604 Da / 分子数: 3 / 断片: GP41 domain residues 670-709 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q74849

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D TROSY HNCA
121isotropic13D TROSY HN(CO)CA
131isotropic13D TROSY HN(CA)CO
141isotropic13D TROSY HNCO
152isotropic33D 15N NOESY-TROSY-HSQC
162isotropic33D 13C NOESY-HSQC (Methyls)
173isotropic23D 15N NOESY-TROSY-HSQC (long mixing time)
181isotropic12D 15N TROSY-HSQC for GdDOTA titration
194isotropic13D 15N NOESY-TROSY-HSQC (short mixing time)

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
bicelle10.8 mM [U-13C; U-15N; 85%-2H] HIV-1 gp41 Transmembrane Domain, 60 mM regular 1,2-Dimyristoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine (DMPC), 120 mM regular 1,2-Dihexanoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine (DHPC), 25 mM regular MES, 0.1 % regular NaN3, 95% H2O/5% D2OFor assignment of protein backbone resonancestriple labeled sample95% H2O/5% D2O
bicelle20.8 mM [U-13C; U-15N] HIV-1 gp41 Transmembrane Domain, 60 mM acyl chains 2H labeled 1,2-Dimyristoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine (DMPC), 120 mM acyl chains 2H labeled 1,2-Dihexanoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine (DHPC), 25 mM regular MES, 0.1 % regular NaN3, 95% H2O/5% D2OFor recording 3D 15N-edited and 13C-edited NOESYsdouble labeled sample95% H2O/5% D2O
bicelle30.4 mM [U-15N; U-2H] HIV-1 gp41 Transmembrane Domain, 0.4 mM [15% 13C] HIV-1 gp41 Transmembrane Domain, 60 mM acyl chains 2H labeled 1,2-Dimyristoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine (DMPC), 120 mM acyl chains 2H labeled 1,2-Dihexanoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine (DHPC), 25 mM regular MES, 0.1 % regular NaN3, 95% H2O/5% D2OFor assigning inter-molecular NOEsmixed labeled sample95% H2O/5% D2O
bicelle40.8 mM [U-15N] HIV-1 gp41 Transmembrane Domain, 60 mM acyl chains 2H labeled 1,2-Dimyristoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine (DMPC), 120 mM acyl chains 2H labeled 1,2-Dihexanoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine (DHPC), 25 mM regular MES, 0.1 % regular NaN3, 95% H2O/5% D2OFor assigning Arg sidechains15N labeled sample95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMHIV-1 gp41 Transmembrane Domain[U-13C; U-15N; 85%-2H]1
60 mM1,2-Dimyristoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine (DMPC)regular1
120 mM1,2-Dihexanoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine (DHPC)regular1
25 mMMESregular1
0.1 %NaN3regular1
0.8 mMHIV-1 gp41 Transmembrane Domain[U-13C; U-15N]2
60 mM1,2-Dimyristoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine (DMPC)acyl chains 2H labeled2
120 mM1,2-Dihexanoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine (DHPC)acyl chains 2H labeled2
25 mMMESregular2
0.1 %NaN3regular2
0.4 mMHIV-1 gp41 Transmembrane Domain-1[U-15N; U-2H]3
0.4 mMHIV-1 gp41 Transmembrane Domain-2[15% 13C]3
60 mM1,2-Dimyristoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine (DMPC)acyl chains 2H labeled3
120 mM1,2-Dihexanoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine (DHPC)acyl chains 2H labeled3
25 mMMESregular3
0.1 %NaN3regular3
0.8 mMHIV-1 gp41 Transmembrane Domain[U-15N]4
60 mM1,2-Dimyristoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine (DMPC)acyl chains 2H labeled4
120 mM1,2-Dihexanoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine (DHPC)acyl chains 2H labeled4
25 mMMESregular4
0.1 %NaN3regular4
試料状態イオン強度: 50 mM / Ionic strength err: 10 / Label: ambient / pH: 6.7 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II6001cryogenic probe
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II7502cryogenic probe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9003cryogenic probe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XPLOR-NIH2.42G. Marius Clore , Guillermo Bermejo, , John Kuszewski, Charles D. Schwieters, and Nico Tjandrastructure calculation
CcpNMRCCPNchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.データ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
XPLOR-NIH2.42G. Marius Clore , Guillermo Bermejo, , John Kuszewski, Charles D. Schwieters, and Nico Tjandra精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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