[日本語] English
万見
- PDB-6ujd: Crystal structure of Cysteine-tRNA ligase from Elizabethkingia sp. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ujd
タイトルCrystal structure of Cysteine-tRNA ligase from Elizabethkingia sp.
要素Cysteine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / SSGCID / Structural Genomics / Elizabethkingia sp / Cysteine-tRNA ligase / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-tRNA ligase / cysteine-tRNA ligase activity / cysteinyl-tRNA aminoacylation / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cysteinyl-tRNA synthetase, class Ia, DALR / DALR domain / DALR_2 / Cysteine-tRNA ligase / Cysteinyl-tRNA synthetase/mycothiol ligase / tRNA synthetases class I, catalytic domain / tRNA synthetases class I (C) catalytic domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold ...Cysteinyl-tRNA synthetase, class Ia, DALR / DALR domain / DALR_2 / Cysteine-tRNA ligase / Cysteinyl-tRNA synthetase/mycothiol ligase / tRNA synthetases class I, catalytic domain / tRNA synthetases class I (C) catalytic domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / PHOSPHATE ION / Cysteine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Elizabethkingia sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of Cysteine-tRNA ligase from Elizabethkingia sp.
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2019年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月12日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cysteine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4278
ポリマ－56,9201
非ポリマー5077
水1,44180
1
A: Cysteine--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Cysteine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,85516
ポリマ－113,8412
非ポリマー1,01414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area5030 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area32560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.260, 78.260, 208.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-665-

HOH

21A-678-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cysteine--tRNA ligase / Cysteinyl-tRNA synthetase / CysRS


分子量: 56920.367 Da / 分子数: 1 / 断片: ElmeA.00133.a.B1 / 変異: T410A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Elizabethkingia sp. (バクテリア)
遺伝子: cysS, BMF97_00660 / プラスミド: ElmeA.00133.a.B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1T3F4R2, cysteine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 6種, 87分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム


分子量: 178.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O4
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: Anatrace MCSG-1 screen, condition A3: 10% (w/V) PEG 8000, 200mM sodium chloride, 100mM sodium phosphate dibasic / potassium phosphate monobasic pH 6.2: ElmeA.00133.a.B1.PS385583 at 8.47 mg/ml: ...詳細: Anatrace MCSG-1 screen, condition A3: 10% (w/V) PEG 8000, 200mM sodium chloride, 100mM sodium phosphate dibasic / potassium phosphate monobasic pH 6.2: ElmeA.00133.a.B1.PS385583 at 8.47 mg/ml: cryo: 25% EG in 2 steps: tray 310561 a3: puck kzn9-2.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月8日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 20872 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.936 % / Biso Wilson estimate: 68.633 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rrim(I) all: 0.045 / Χ2: 1.047 / Net I/σ(I): 29.87
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.6-2.678.170.5463.6914900.9180.583100
2.67-2.748.1860.4324.8114640.9560.462100
2.74-2.828.170.3286.2414350.9730.351100
2.82-2.918.120.2278.7214030.9890.243100
2.91-38.1520.18910.5413520.9920.202100
3-3.118.1470.14214.0712890.9930.152100
3.11-3.228.110.09919.0812590.9970.106100
3.22-3.368.0720.0823.3212360.9980.086100
3.36-3.518.0160.06129.1511570.9990.065100
3.51-3.687.9910.04636.7511360.9990.049100
3.68-3.887.9640.03744.1210800.9990.04100
3.88-4.117.9330.0314910200.9990.033100
4.11-4.397.8730.02955.1297210.031100
4.39-4.757.8310.02858.99070.9990.03100
4.75-5.27.7630.02659.6783510.028100
5.2-5.817.6620.02757.6676910.029100
5.81-6.717.4960.02958.566960.9990.031100
6.71-8.227.2670.02364.7159210.025100
8.22-11.636.8110.0267.6248810.022100
11.63-505.6060.02361.842920.9990.02593.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17rc2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MoRDa位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1li5-A as per Morda

1li5


解像度: 2.6→38.46 Å / SU ML: 0.312 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.2052
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2168 2166 10.42 %0
Rwork0.1755 ---
obs0.1798 20791 99.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 70.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3211 0 25 80 3316
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043310
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62294480
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0437487
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043570
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.84561938
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.660.31551440.24791183X-RAY DIFFRACTION99.92
2.66-2.730.28061410.21541223X-RAY DIFFRACTION99.93
2.73-2.80.24991370.21381215X-RAY DIFFRACTION99.93
2.8-2.880.25621280.1941232X-RAY DIFFRACTION99.93
2.88-2.980.27031640.21991189X-RAY DIFFRACTION99.93
2.98-3.080.32531430.21971224X-RAY DIFFRACTION99.93
3.08-3.210.2551440.20851210X-RAY DIFFRACTION99.93
3.21-3.350.26681260.21246X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.530.25361530.21230X-RAY DIFFRACTION100
3.53-3.750.24121370.18951243X-RAY DIFFRACTION100
3.75-4.040.22261480.1611240X-RAY DIFFRACTION100
4.04-4.440.18121600.13541231X-RAY DIFFRACTION100
4.44-5.080.16221550.13191260X-RAY DIFFRACTION100
5.09-6.40.20361450.16641297X-RAY DIFFRACTION100
6.41-38.460.1911410.18231402X-RAY DIFFRACTION99.42
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.507256317530.0945664764776-0.6428957253872.123536399750.02003242871973.638913065470.159079709634-0.00355597623501-0.0363593439616-0.0109322269414-0.1403440236920.260206657890.222496242185-0.282985621047-0.0280055937390.408809666658-0.0971690306824-0.06108117981070.462639261369-0.00692101741930.487264226926-14.86670689077.6449745097739.1146701552
23.18317359359-1.229207748410.4313333207282.01213014785-0.4907988649211.636243969270.207641417227-0.0229361380989-0.1582268203880.02204828190040.1135214796420.416601075430.0730598283147-0.469530861564-0.3559906443530.570144887547-0.132208766983-0.002319016462080.5470149316120.05030196831610.562165226844-33.060653344516.456484258740.0726970995
31.32295883199-0.854250127948-0.1471086330411.996636902480.04243419774220.8043591641010.09043110785210.0785387564567-0.1120966052420.0330350681285-0.00340127047164-0.055984745480.1281102760470.0797734970659-0.08392198993660.471854261172-0.0629550936138-0.0996391480910.551265757043-0.0469101177430.436239260163-8.14603404531-0.76531686041132.8385333449
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 113 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 114 through 209 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 210 through 430 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る