PDB-6uj5: Crystal structure of CAB1 Pantothenate Kinase from Saccharomyces ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6uj5

タイトル

Crystal structure of CAB1 Pantothenate Kinase from Saccharomyces cerevisiae

要素

Pantothenate kinase CAB1

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / NIH / NIAID / Seattle Childrens / UW / UCB / Pantothenate kinase / PanK / CAB1 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / ergosterol metabolic process / pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of CAB1 Pantothenate Kinase from Saccharomyces cerevisiae
著者: Fox III, D. / Horanyi, P.S. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2019年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6uj5.cif.gz	271.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6uj5.ent.gz	221.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6uj5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/6uj5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/6uj5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3pyl-2 2ome-4 2r00-2 5xvs-d 2qc7-2 2e2q-d 5f8e-1 2d0i-1 5k0t-1 1yt5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SaceA.19172.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pantothenate kinase CAB1

B: Pantothenate kinase CAB1

ヘテロ分子

84 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.870, 52.750, 71.130
Angle α, β, γ (deg.)	71.00, 85.59, 64.61
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Pantothenate kinase CAB1 / Coenzyme A biosynthesis protein 1 / Pantothenic acid kinase CAB1 分子量: 41974.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CAB1, YDR531W / プラスミド: BG1861 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04430, pantothenate kinase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.5 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, pH8.5, 25% w/v PEG3,350 and cryo-protected in 20% ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 56702 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 35.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 12.74
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / R_merge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17RC1_3602	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→45.07 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 21.95

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.205	2000	3.53 %
R_work	0.169	-	-
obs	0.171	56688	97.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5066	0	1	252	5319

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5294
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.715	7182
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.218	3082
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	785
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	924

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.84	0.3101	142	0.25	3876	X-RAY DIFFRACTION	96
1.84-1.89	0.257	140	0.2232	3830	X-RAY DIFFRACTION	96
1.89-1.95	0.2482	141	0.2033	3873	X-RAY DIFFRACTION	96
1.95-2.01	0.2515	142	0.1936	3865	X-RAY DIFFRACTION	96
2.01-2.09	0.2563	142	0.1962	3866	X-RAY DIFFRACTION	96
2.09-2.17	0.217	142	0.1829	3905	X-RAY DIFFRACTION	97
2.17-2.27	0.2407	142	0.1798	3880	X-RAY DIFFRACTION	96
2.27-2.39	0.2042	143	0.174	3932	X-RAY DIFFRACTION	97
2.39-2.54	0.2154	144	0.1773	3922	X-RAY DIFFRACTION	98
2.54-2.73	0.2177	143	0.1775	3927	X-RAY DIFFRACTION	98
2.73-3.01	0.2238	144	0.1843	3926	X-RAY DIFFRACTION	98
3.01-3.44	0.2313	145	0.1683	3955	X-RAY DIFFRACTION	98
3.44-4.34	0.1629	145	0.142	3978	X-RAY DIFFRACTION	98
4.34-45.07	0.1713	145	0.1533	3953	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0341	0.2593	0.1284	1.7593	-0.4701	0.9083	-0.025	0.0034	0.0736	0.1242	-0.0022	-0.0857	-0.0978	0.0669	-0.003	0.1669	0.0148	-0.0045	0.1476	-0.0241	0.1584	50.7832	68.7557	52.2041
2	1.3301	0.8941	-0.0369	5.6114	-0.5181	1.0982	-0.1001	0.2317	0.1519	-0.2257	0.1449	0.0021	0.0085	0.0044	-0.0499	0.2219	-0.031	-0.0274	0.2614	0.0228	0.1766	44.9383	87.4962	22.1447
3	1.0498	-0.0823	0.3671	1.4893	-0.3364	1.2628	-0.0097	0.128	-0.0528	-0.1247	0.0325	-0.1091	0.1141	0.1421	-0.0227	0.1795	-0.0037	0.0293	0.2	-0.0306	0.2111	51.9463	68.3127	34.8528
4	2.3057	-1.7666	0.6258	4.2857	-1.2883	1.2076	0.0919	-0.2222	-0.1265	0.355	0.0128	-0.0533	-0.0172	-0.0011	-0.1073	0.271	-0.0559	-0.0192	0.2638	0.0335	0.2083	51.9307	46.2686	63.4004
5	2.7231	1.2885	0.4038	2.9554	-0.1766	1.4589	-0.0139	-0.1679	-0.0868	0.1234	-0.0526	-0.0845	-0.0274	0.1152	0.0517	0.1808	0.0311	-0.016	0.2016	-0.0207	0.2002	55.7676	69.3902	51.8589

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 229 THROUGH 365 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'B' AND (RESID 14 THROUGH 158 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'B' AND (RESID 159 THROUGH 369 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 14 THROUGH 175 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 176 THROUGH 228 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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