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- PDB-6uio: Crystal structure of mouse CRES (Cystatin-Related Epididymal Sper... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uio
タイトルCrystal structure of mouse CRES (Cystatin-Related Epididymal Spermatogenic)
要素Cystatin-8
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Cystatin / Cst8 / CRES / Glycoprotein / Epididymis / Amyloid
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / cell surface / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Cystatin domain / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
molecular iodine / IODIDE ION / Cystatin-8
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Dominguez, M.J. / Cornwall, G.A. / Hewetson, A. / Sutton, R.B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Maturation of the functional mouse CRES amyloid from globular form.
著者: Hewetson, A. / Khan, N.H. / Dominguez, M.J. / Do, H.Q. / Kusko, R.E. / Borcik, C.G. / Rigden, D.J. / Keegan, R.M. / Sutton, R.B. / Latham, M.P. / Wylie, B.J. / Cornwall, G.A.
履歴
登録2019年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年7月29日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystatin-8
B: Cystatin-8
C: Cystatin-8
D: Cystatin-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,82862
ポリマ－51,9884
非ポリマー5,84158
水2,324129
1
B: Cystatin-8
C: Cystatin-8
D: Cystatin-8
ヘテロ分子

A: Cystatin-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,82862
ポリマ－51,9884
非ポリマー5,84158
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x+1/2,-y,z+1/21
Buried area14910 Å2
ΔGint-404 kcal/mol
Surface area21830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.048, 85.924, 111.677
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Cystatin-8 / Cystatin-related epididymal spermatogenic protein / Cystatin-related epididymal-specific protein


分子量: 12996.929 Da / 分子数: 4 / 変異: C48A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cst8, Cres / プラスミド: pGEX-CS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami BL21-(DE3) / 参照: UniProt: P32766

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非ポリマー , 7種, 187分子

#2: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-I2I / molecular iodine


分子量: 253.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: I2
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.79 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: 2.1M (NH4)2SO4, 0.2M NaI

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.195 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.195 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.827→31.53 Å / Num. obs: 39480 / % possible obs: 88.81 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 34.2 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.0823 / Rpim(I) all: 0.04804 / Rrim(I) all: 0.0959 / Net I/σ(I): 17.15
反射 シェル解像度: 1.827→1.893 Å / Rmerge(I) obs: 0.8422 / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / Num. unique obs: 3967 / CC1/2: 0.653 / Rpim(I) all: 0.4727 / Rrim(I) all: 0.9705

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ROA

6roa


解像度: 1.83→31.53 Å / SU ML: 0.2616 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.5114
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2623 3937 10.01 %
Rwork0.2244 35395 -
obs0.2282 39332 88.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→31.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3610 0 154 129 3893
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01593837
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.91785175
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1033538
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0099651
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.39151467
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.83-1.850.39171330.33921186X-RAY DIFFRACTION86.15
1.85-1.870.36661450.3161312X-RAY DIFFRACTION93.76
1.87-1.90.30171450.30891312X-RAY DIFFRACTION93.34
1.9-1.920.37491450.2951300X-RAY DIFFRACTION93.35
1.92-1.950.37451460.29191316X-RAY DIFFRACTION93.48
1.95-1.980.33031450.281298X-RAY DIFFRACTION92.92
1.98-2.010.33691440.25581298X-RAY DIFFRACTION92.55
2.01-2.040.32811470.24461323X-RAY DIFFRACTION92.11
2.04-2.080.29971420.2381275X-RAY DIFFRACTION91.89
2.08-2.120.29751430.2421293X-RAY DIFFRACTION91.82
2.12-2.160.25391420.22771274X-RAY DIFFRACTION91.06
2.16-2.20.29881460.22461305X-RAY DIFFRACTION91.66
2.2-2.250.28741390.231252X-RAY DIFFRACTION91.09
2.25-2.30.29861450.23571303X-RAY DIFFRACTION90.9
2.3-2.360.29481380.23351251X-RAY DIFFRACTION89.61
2.36-2.420.28871440.2271296X-RAY DIFFRACTION90.11
2.42-2.490.27911400.23471254X-RAY DIFFRACTION89.47
2.49-2.580.30851410.22941278X-RAY DIFFRACTION89.19
2.58-2.670.29391360.23411261X-RAY DIFFRACTION88.08
2.67-2.770.29941450.24421245X-RAY DIFFRACTION88.2
2.77-2.90.30091350.22611232X-RAY DIFFRACTION86.9
2.9-3.050.29231370.24271241X-RAY DIFFRACTION86.29
3.05-3.240.25171400.2451223X-RAY DIFFRACTION85.62
3.24-3.490.23331280.21331199X-RAY DIFFRACTION83.35
3.49-3.840.23351320.18671231X-RAY DIFFRACTION83.83
3.85-4.40.19571390.16271206X-RAY DIFFRACTION83.23
4.4-5.540.19081380.18321215X-RAY DIFFRACTION82.25
5.54-31.530.29611370.28671216X-RAY DIFFRACTION77.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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