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- PDB-6ui4: Crystal structure of phenamacril-bound F. graminearum myosin I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ui4
タイトルCrystal structure of phenamacril-bound F. graminearum myosin I
要素
  • Calmodulin
  • myosin I
キーワードHYDROLASE / Myosin I / phenamcril / ATPase activity / fungicide / F. graminearum
機能・相同性
機能・相同性情報


spindle pole body organization / central plaque of spindle pole body / actin cortical patch / myosin complex / cytoskeletal motor activity / enzyme regulator activity / actin binding / hydrolase activity / calcium ion binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fungal myosin-I, SH3 domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4820 / Class I myosin tail homology domain / Class I myosin, motor domain / Unconventional myosin tail, actin- and lipid-binding / Class I myosin tail homology (TH1) domain profile. / Myosin VI head, motor domain, U50 subdomain / : / Ca2+ insensitive EF hand / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 ...Fungal myosin-I, SH3 domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4820 / Class I myosin tail homology domain / Class I myosin, motor domain / Unconventional myosin tail, actin- and lipid-binding / Class I myosin tail homology (TH1) domain profile. / Myosin VI head, motor domain, U50 subdomain / : / Ca2+ insensitive EF hand / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand / Recoverin; domain 1 / SH3 domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / Src homology 3 domains / EF-Hand 1, calcium-binding site / SH3-like domain superfamily / EF-hand calcium-binding domain. / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ethyl (2Z)-3-amino-2-cyano-3-phenylprop-2-enoate / Myosin-1 / Myosin-1 / Calmodulin
類似検索 - 構成要素
生物種Gibberella zeae (ムギノアカカビ病菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Zhou, Y. / Zhou, X.E. / Gong, Y. / Zhu, Y. / Xu, H.E. / Zhou, M. / Melcher, K. / Zhang, F.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31871996 中国
National Science Foundation (NSF, China)31730072 中国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of Fusarium myosin I inhibition by phenamacril.
著者: Zhou, Y. / Zhou, X.E. / Gong, Y. / Zhu, Y. / Cao, X. / Brunzelle, J.S. / Xu, H.E. / Zhou, M. / Melcher, K. / Zhang, F.
履歴
登録2019年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: myosin I
B: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,4055
ポリマ－95,6422
非ポリマー7643
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area38010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.502, 100.311, 165.615
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 myosin I


分子量: 78760.062 Da / 分子数: 1 / 断片: Uniprot residues 44-735 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gibberella zeae (strain PH-1 / ATCC MYA-4620 / FGSC 9075 / NRRL 31084) (ムギノアカカビ病菌)
株: PH-1 / ATCC MYA-4620 / FGSC 9075 / NRRL 31084 / 遺伝子: FG01410.1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A098D3M4, UniProt: I1RCT2*PLUS
#2: タンパク質 Calmodulin


分子量: 16881.463 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 2-149 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gibberella zeae (strain PH-1 / ATCC MYA-4620 / FGSC 9075 / NRRL 31084) (ムギノアカカビ病菌)
株: PH-1 / ATCC MYA-4620 / FGSC 9075 / NRRL 31084 / 遺伝子: FGRAMPH1_01T04571 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I1RE19

-
非ポリマー , 4種, 29分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-Q8V / ethyl (2Z)-3-amino-2-cyano-3-phenylprop-2-enoate / phenamacril / フェナマクリル


分子量: 216.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1 M BIS-TRIS propanol, and 30% (w/v) polyethylene glycol 6,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 29620 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.2 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.66 Å / Num. unique obs: 3504 / CC1/2: 0.45

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BYF

4byf


解像度: 2.65→42.9056 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2437 2107 7.14 %
Rwork0.2111 --
obs0.2134 29509 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 343.36 Å2 / Biso mean: 92.5816 Å2 / Biso min: 43.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→42.9056 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6382 0 48 26 6456
Biso mean--61.6 68.44 -
残基数----817
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6501-2.71170.3591290.32561822100
2.7117-2.77950.3231350.3251767100
2.7795-2.85460.35791580.31881777100
2.8546-2.93860.32781510.28711783100
2.9386-3.03350.30071370.2611804100
3.0335-3.14180.28391350.25441823100
3.1418-3.26760.28371320.23351799100
3.2676-3.41620.29931480.22121785100
3.4162-3.59630.23951310.2222182799
3.5963-3.82150.23541230.21351836100
3.8215-4.11630.22111490.18291812100
4.1163-4.53010.20881240.17141870100
4.5301-5.18470.19421460.17391854100
5.1847-6.52850.24321350.2171899100
6.5285-42.9050.22541740.19541944100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0865-0.03920.09580.32770.07140.1551-0.0020.01220.0773-0.00380.0483-0.1575-0.08130.0121-00.5408-0.0411-0.01570.5554-0.0210.601422.2783139.717219.2609
2-0.00090.0064-0.00490.01070.02160.00270.0869-0.00990.0961-0.15840.1345-0.01180.11260.104700.6421-0.01260.0220.61670.00880.703418.0096110.6129191.6817
30.0564-0.019-0.02830.11-0.00410.0334-0.05670.04320.00260.1318-0.0363-0.06990.182-0.118800.5734-0.0125-0.01220.543-0.01360.55538.5434129.5809223.5681
40.01270.0053-00.0269-0.02360.01110.06470.06770.0364-0.0477-0.03990.0580.0332-0.137400.5302-0.01870.01850.623-0.02550.6368-5.5489123.441210.7086
50.0012-0.0072-0.00250.00330.01250.0222-0.0602-0.0234-0.03950.0006-0.0245-0.12870.0308-0.065800.537-0.00120.02230.5507-0.03810.770417.2606113.5344205.5478
60.06360.01-0.02650.02440.00840.09310.05460.0706-0.1739-0.1442-0.0167-0.07030.07530.0028-00.73040.018-0.02920.5970.03670.599210.9798129.9463220.9204
70.04770.0582-0.00350.00570.00660.02050.0144-0.0426-0.00260.04140.0081-0.0414-0.0428-0.027500.6706-0.0399-0.08330.6474-0.00270.486313.6293144.9919252.8879
80.00040.00470.0007-0.00040.00490.00210.01840.0192-0.00220.02720.0346-0.02360.00620.0205-01.2141-0.1699-0.02981.1504-0.1431.074719.9049168.0954261.6835
90.00370.03250.01280.01580.0039-0.00970.114-0.07770.0362-0.0851-0.01480.026-0.1347-0.024201.0013-0.049-0.06930.8188-0.20790.969822.3818158.5672256.5231
10-0.0006-0.00060.0003-0.0001-0.00010.0001-0.0073-0.00750.00050.0054-0.0088-0.00390.00720.004901.5410.04940.02841.46130.04011.409638.8741135.2673264.7307
11-0.00030.00140.0005-0.0006-0.0026-0.0007-0.00790.01970.0169-0.0424-0.0101-0.0017-0.03770.013501.3029-0.0358-0.07981.44350.11591.323442.793145.1487258.7293
12-0.00010.00080.0009-0.0041-0.00150.00060.024-0.00670.00450.01440.0101-0.0349-0.03520.0178-01.4045-0.1296-0.06751.40720.06981.227747.4051153.1945262.5011
13-0.0012-0.00240.00150.0005-0.0018-0.0006-0.0132-0.00270.0096-0.011-0.0210.00980.03750.000601.3679-0.0691-0.20151.39420.14321.314244.3097144.3736271.7462
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 37 through 307 )A37 - 307
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 308 through 362 )A308 - 362
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 363 through 476 )A363 - 476
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 477 through 530 )A477 - 530
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 531 through 561 )A531 - 561
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 562 through 615 )A562 - 615
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 616 through 728 )A616 - 728
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 9 through 39 )B9 - 39
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 40 through 92 )B40 - 92
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 93 through 98 )B93 - 98
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 99 through 111 )B99 - 111
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 112 through 130 )B112 - 130
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 131 through 146 )B131 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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