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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ui0 | ||||||
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タイトル | Artificial Iron Proteins: Modelling the Active Sites in Non-Heme Dioxygenases | ||||||
要素 | Streptavidin | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / Biotin binding artificial metalloprotein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces avidinii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Miller, K.R. / Paretsky, J.D. / Follmer, A.H. / Heinisch, T. / Mittra, K. / Gul, S. / Kim, I.-S. / Fuller, F.D. / Batyuk, A. / Sutherlin, K.D. ...Miller, K.R. / Paretsky, J.D. / Follmer, A.H. / Heinisch, T. / Mittra, K. / Gul, S. / Kim, I.-S. / Fuller, F.D. / Batyuk, A. / Sutherlin, K.D. / Brewster, A.S. / Bhowmick, A. / Sauter, N.K. / Kern, J. / Yano, J. / Green, M.T. / Ward, T.R. / Borovik, A.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2020 タイトル: Artificial Iron Proteins: Modeling the Active Sites in Non-Heme Dioxygenases. 著者: Miller, K.R. / Paretsky, J.D. / Follmer, A.H. / Heinisch, T. / Mittra, K. / Gul, S. / Kim, I.S. / Fuller, F.D. / Batyuk, A. / Sutherlin, K.D. / Brewster, A.S. / Bhowmick, A. / Sauter, N.K. / ...著者: Miller, K.R. / Paretsky, J.D. / Follmer, A.H. / Heinisch, T. / Mittra, K. / Gul, S. / Kim, I.S. / Fuller, F.D. / Batyuk, A. / Sutherlin, K.D. / Brewster, A.S. / Bhowmick, A. / Sauter, N.K. / Kern, J. / Yano, J. / Green, M.T. / Ward, T.R. / Borovik, A.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ui0.cif.gz | 46.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ui0.ent.gz | 29.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ui0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ui0_validation.pdf.gz | 749.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ui0_full_validation.pdf.gz | 752.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ui0_validation.xml.gz | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ui0_validation.cif.gz | 12 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/6ui0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/6ui0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン: (詳細: A) / NCSドメイン領域: (Refine code: 1 ) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16552.965 Da / 分子数: 1 / 変異: K121A, E101Q, S112E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-QFY / { | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-ACT / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.36 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 26 mg/mL protein, 2.0 Ammonium Sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月5日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.4→37.45 Å / Num. obs: 31551 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 30.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2QCB 解像度: 1.4→37.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 0.846 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.05 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 86.95 Å2 / Biso mean: 21.554 Å2 / Biso min: 11.53 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.4→37.45 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | 数: 26 / タイプ: TIGHT THERMAL / Rms dev position: 0 Å / Weight position: 0.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.436 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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