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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6uhr | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of C148 mGFP-scDNA-2 | |||||||||
要素 | C148 mGFP-scDNA-2 | |||||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN / green fluorescent protein / beta-barrel / DNA / protein-DNA conjugate | |||||||||
機能・相同性 | Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green fluorescent protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Winegar, P.W. / Hayes, O.G. / McMillan, J.R. / Figg, C.A. / Focia, P.J. / Mirkin, C.A. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Chem / 年: 2020 タイトル: DNA-Directed Protein Packing within Single Crystals. 著者: Winegar, P.H. / Hayes, O.G. / McMillan, J.R. / Figg, C.A. / Focia, P.J. / Mirkin, C.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6uhr.cif.gz | 101.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6uhr.ent.gz | 74.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6uhr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6uhr_validation.pdf.gz | 432.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6uhr_full_validation.pdf.gz | 441.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6uhr_validation.xml.gz | 19.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6uhr_validation.cif.gz | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/6uhr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/6uhr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31038.908 Da / 分子数: 2 / 変異: S148C / 由来タイプ: 組換発現 詳細: This mutant of EGFP has a single surface cysteine at residue 148 (counting from M37 and counting CRO as 3 residues) and an N-terminal his-tag. 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.28 % / 解説: Green crystals with sharp facets |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 1 microliter C148 mGFP-scDNA-2 (5 mg/mL (protein concentration) in 10 mM Tris Buffer pH 7.4, 137 mM NaCl) + 1 microliter crystallization condition (0.15 M potassium bromide, 30% (w/v) PEG ...詳細: 1 microliter C148 mGFP-scDNA-2 (5 mg/mL (protein concentration) in 10 mM Tris Buffer pH 7.4, 137 mM NaCl) + 1 microliter crystallization condition (0.15 M potassium bromide, 30% (w/v) PEG 2000 MME) in a sitting drop with a 70 microliter reservoir (0.15 M potassium bromide, 30% (w/v) PEG 2000 MME) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1271 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月18日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1271 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3→104.595 Å / Num. all: 11425 / Num. obs: 11425 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.21 / Rsym value: 0.194 / Net I/av σ(I): 3.6 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 79211 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5N9O 解像度: 3→52.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.885 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.822 / WRfactor Rfree: 0.2741 / WRfactor Rwork: 0.2 / FOM work R set: 0.7777 / SU B: 16.846 / SU ML: 0.337 / SU Rfree: 0.5275 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.528 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 98.65 Å2 / Biso mean: 41.072 Å2 / Biso min: 15.22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3→52.35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.078 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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