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- PDB-6uhq: Crystal Structure of C148 mGFP-cDNA-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uhq
タイトルCrystal Structure of C148 mGFP-cDNA-3
要素C148 mGFP-cDNA-3
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / green fluorescent protein / beta-barrel / DNA / protein-DNA conjugate
機能・相同性Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Unknown ligand / Green fluorescent protein
機能・相同性情報
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Winegar, P.W. / Hayes, O.G. / McMillan, J.R. / Figg, C.A. / Focia, P.J. / Mirkin, C.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)N00014-15-1-0043 米国
Department of Defense (DOD, United States)FA9550-17-1-0348 米国
引用ジャーナル: Chem / 年: 2020
タイトル: DNA-Directed Protein Packing within Single Crystals.
著者: Winegar, P.H. / Hayes, O.G. / McMillan, J.R. / Figg, C.A. / Focia, P.J. / Mirkin, C.A.
履歴
登録2019年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C148 mGFP-cDNA-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0712
ポリマ－31,0391
非ポリマー321
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.630, 50.580, 56.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.330, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 C148 mGFP-cDNA-3


分子量: 31038.908 Da / 分子数: 1 / 変異: S148C / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This mutant of EGFP has a single surface cysteine at residue 148 (counting from M37 and counting CRO as 3 residues) and an N-terminal his-tag.
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子量: 32.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.74 % / 解説: Green crystals
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1 microliter C148 mGFP-cDNA-3 (5 mg/mL (protein concentration) in 10 mM Tris Buffer pH 7.4, 137 mM NaCl) + 1 microliter crystallization condition (0.1 M MES pH 6.5, 30% (w/v) PEG 4000) in a ...詳細: 1 microliter C148 mGFP-cDNA-3 (5 mg/mL (protein concentration) in 10 mM Tris Buffer pH 7.4, 137 mM NaCl) + 1 microliter crystallization condition (0.1 M MES pH 6.5, 30% (w/v) PEG 4000) in a sitting drop with a 70 microliter reservoir (0.1 M MES pH 6.5, 30% (w/v) PEG 4000)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月1日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→53.159 Å / Num. all: 6723 / Num. obs: 6723 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.3 % / Rpim(I) all: 0.112 / Rrim(I) all: 0.212 / Rsym value: 0.178 / Net I/av σ(I): 3.8 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 21886
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.85-33.20.6772.19760.4210.8020.67799.2
3-3.193.30.4043.19280.2520.4790.40499.3
3.19-3.413.30.31148500.1940.370.31199.2
3.41-3.683.30.2125.48120.1330.2520.21299.4
3.68-4.033.20.1666.57420.1050.1980.16699.7
4.03-4.513.30.1138.76810.070.1340.11399.5
4.51-5.23.30.0959.35960.0580.1120.09599.2
5.2-6.373.20.1167.85060.0750.140.11699.1
6.37-9.013.10.0758.54020.0490.090.07599.3
9.01-53.1593.10.05411.42300.0370.0660.05498.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N9O

5n9o


解像度: 2.85→50.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.838 / WRfactor Rfree: 0.2572 / WRfactor Rwork: 0.169 / FOM work R set: 0.7896 / SU B: 17.317 / SU ML: 0.331 / SU R Cruickshank DPI: 0.8051 / SU Rfree: 0.4339 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.805 / ESU R Free: 0.434 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2739 526 7.8 %RANDOM
Rwork0.1812 ---
obs0.1883 6196 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.2 Å2 / Biso mean: 29.422 Å2 / Biso min: 1.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20.01 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→50.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1763 0 1 32 1796
Biso mean--58.9 24.02 -
残基数----231
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0131812
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171584
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7481.662464
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1881.5823668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.1885229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.13923.92984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.70115271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.522155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2238
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022056
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02371
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.434 29 -
Rwork0.296 474 -
all-503 -
obs--99.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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