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万見
- PDB-6ufv: Crystal structure of the CBM3 from Bacillus subtilis at 1.06 angs... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ufv
タイトルCrystal structure of the CBM3 from Bacillus subtilis at 1.06 angstrom resolution
要素Endoglucanase
キーワードHYDROLASE / carbohydrate-binding module
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan exo-1,3-beta-glucosidase activity / glucan catabolic process / cellulose binding / cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Cellulose binding domain / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Endoglucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.06 Å
データ登録者Morais, M.A.B. / Paiva, J.H. / Murakami, M.T.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)08/10555-1 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the CBM3 from Bacillus subtilis at 1.06 angstrom resolution
著者: Morais, M.A.B. / Paiva, J.H. / Murakami, M.T.
履歴
登録2019年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8242
ポリマ－16,7181
非ポリマー1061
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.153, 55.448, 66.652
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Endoglucanase / Carboxymethyl-cellulase / Cellulase / Endo-1 / 4-beta-glucanase


分子量: 16717.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: eglS, bglC, gld, BSU18130 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10475, cellulase
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 % (w/v) PEG 3350, 0.20 M potassium thiocynate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.06→21.305 Å / Num. obs: 77710 / % possible obs: 99.38 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 12.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.44
反射 シェル解像度: 1.06→1.098 Å / Num. unique obs: 7565 / CC1/2: 0.51
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.06→21.305 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1815 3919 5.1 %
Rwork0.1644 --
obs0.1652 76883 98.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 92.17 Å2 / Biso mean: 22.47 Å2 / Biso min: 12.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.06→21.305 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1178 0 7 229 1414
Biso mean--38.81 32.79 -
残基数----149
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0161227
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6661657
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087172
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.625449
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.0866-1.10090.37761600.3339253697
1.1009-1.1160.29921320.2922255897
1.116-1.13190.28831710.2578249797
1.1319-1.14880.27011470.2196254098
1.1488-1.16680.23941430.2123255798
1.1668-1.18590.26891470.2137259098
1.1859-1.20630.24671420.2017259099
1.2063-1.22830.25751240.2077261999
1.2283-1.25190.19391210.1794259598
1.2519-1.27740.171520.1693258099
1.2774-1.30520.20341300.163260899
1.3052-1.33560.18571350.1527260999
1.3356-1.3690.17611480.1488259499
1.369-1.4060.18221430.1395263599
1.406-1.44730.15551440.13572645100
1.4473-1.4940.17881530.1312611100
1.494-1.54740.18831360.1283262099
1.5474-1.60940.15111450.12912639100
1.6094-1.68260.14781480.13192648100
1.6826-1.77130.16971220.13762676100
1.7713-1.88220.16841430.14172656100
1.8822-2.02740.15871320.13692680100
2.0274-2.23120.15171630.1432689100
2.2312-2.55360.16981190.17162715100
2.5536-3.21550.18371400.17562731100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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