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- PDB-6uft: Crystal structure of BoNT/B receptor-binding domain in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uft
タイトルCrystal structure of BoNT/B receptor-binding domain in complex with VHH JLK-G12
要素
  • Botulinum neurotoxin type B
  • JLK-G12
キーワードTOXIN/ANTITOXIN / Botulinum neurotoxin (BoNT) / VHH / receptor-binding domain / TOXIN / ANTITOXIN / TOXIN-ANTITOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane ...Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily ...Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Jelly Rolls - #200 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Botulinum neurotoxin type B
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.90008139771 Å
データ登録者Lam, K. / Jin, R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into Rational Design of Single-Domain Antibody-Based Antitoxins against Botulinum Neurotoxins
著者: Lam, K. / Tremblay, J.M. / Vazquez-Cintron, E. / Perry, K. / Ondeck, C. / Webb, R. / McNutt, P.M. / Shoemaker, C.B. / Jin, R.
履歴
登録2019年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Botulinum neurotoxin type B
B: JLK-G12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7344
ポリマ－69,5422
非ポリマー1922
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area24910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.24, 53.1899, 114.41
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 92.35, 90.0
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Botulinum neurotoxin type B / BoNT/B / Bontoxilysin-B


分子量: 52534.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: botB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10844, bontoxilysin
#2: 抗体 JLK-G12


分子量: 17007.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 14 % PEG 8000, 0.1 M MES pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→38.28 Å / Num. obs: 20044 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 53.409365795 Å2 / CC1/2: 0.964 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rmerge(I) obs: 0.611 / Num. unique obs: 3260 / CC1/2: 0.684 / Rpim(I) all: 0.61

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NM1

2nm1


解像度: 2.90008139771→38.2777810241 Å / SU ML: 0.487272570681 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35003060314 / 位相誤差: 28.2555588931
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257539668402 1029 5.13832018376 %
Rwork0.212482169622 --
obs0.214808450038 20026 96.2048424289 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47.2824239641 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.90008139771→38.2777810241 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4579 0 10 14 4603
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003963261969934714
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6966679638646357
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0292863390444654
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00277876611449815
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.19415374351744
LS精密化 シェル解像度: 2.9001→3.0529 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398134087388 144 -
Rwork0.320872513096 2727 -
obs--97.5866757308 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.711835062341.38651394795-0.1365280857470.6023735710950.7898956938711.410358591460.125305426788-0.0576785928164-0.04251286457740.0859811760657-0.110275831462-0.0687350468883-0.06692932181750.2721140677122.07188351794E-80.438717019823-0.0291123410989-0.0272085821120.3605899659750.03931020183020.35342238474533.96228058510.402867492572131.298972074
20.253004813449-0.0136768388105-0.05796323438890.398040976313-0.6578861356640.2432937235990.00803695484701-0.7328767694480.9501429675290.536592533136-0.4266887485020.504913867867-0.330574170273-0.1410476683731.35180456154E-70.538250525395-0.1108955989070.1164507764690.631758803947-0.09792513083230.6733884101326.00316966318.76232747955138.797656159
32.69070051729-0.478145158772-0.00282014522330.772949592227-0.5741289930921.91922504173-0.0483991492777-0.5442731275310.2727213329350.324612793227-0.4460987573430.3899875321810.131880567029-0.634150597626-1.04628252926E-80.414577451744-0.1514734370550.1380497707090.551707047596-0.1092718569310.4726620687513.8692645929-2.55901397243134.600044969
41.038096602270.2797215076920.6174362647050.193093551237-0.2268034631821.462556947170.0561540412737-0.6746512161130.3605407411680.553176873-0.2199013454060.4378989958430.283720111179-0.410694924564-3.26623422487E-80.589742722241-0.1430650268730.08413953259050.805410350351-0.2049082701850.50543555267320.2707759617-1.86999797819141.65350137
51.001782055180.1463562452210.5803165759990.8069556903331.035979902364.97987272322-0.139973340816-0.02685827080990.255662111169-0.108897568585-0.08028286468710.108556346583-0.0717434087837-0.0502183588913-9.95167127179E-110.2438816038940.0162630481162-0.008064053751940.2261358280630.01419892417910.43795748104717.1645569128-4.4008824135105.840773244
62.219500323060.2868211851030.4502962196621.30694903171.226856278012.44648379091-0.1491136778740.3370757952310.554168702016-0.316758409615-0.1686322361640.147189965432-0.521989693973-0.278256923617-4.47233807021E-110.4067274148190.0381374764887-0.05345694951730.3612983482260.01810032705540.4575508400188.71108936592-1.4669739634498.5506188985
70.273684405011-0.1585672341170.1473678567510.322902870020.1099105291490.00654564107592-0.5276402143630.00386070454766-0.2592422809760.156937965581-0.1560094733480.07564858962920.8150890054540.09186226284291.53628582587E-70.702272006358-0.00206453950824-0.1011596403220.6351886852320.000292166039540.526128267218-1.61679285409-22.533709391566.8569687062
80.0148016435917-0.00409437975399-0.0529342363153-0.05646222765550.0695399570805-0.00512727012708-0.45473111047-0.2810509220181.459391769330.0268229063123-0.446518756950.34752320634-0.312574928567-0.1773497661775.17816066998E-60.61254523172-0.0851158359531-0.09405311112930.67979924215-0.007944465823370.541100022816-4.00332838664-17.06960848568.8796835324
90.05411569239580.0122077506562-0.04985965666180.01464361519120.03740148464750.03822472101420.0930529849881-0.001093779816890.467118666017-0.01107617191970.01723352879371.342982856760.0617762543759-0.8386869136981.03692966245E-50.5248898551640.129878421707-0.0182830277890.539250532941-0.0380372754870.64443835899-4.47712929612-10.830994553882.008804705
100.07128003717810.07980090006320.1253341905290.09228719887860.1857012832730.0798728536990.4268929049240.1266401851040.02582029487660.07908537894010.0939657277555-1.281371999490.7376227879540.3509786771871.59076508243E-60.804069309817-0.0283417613598-0.1784393890460.5199424976620.005766873521830.583957743069.03902029431-23.368064477571.8833399288
110.2199223909630.281884727755-0.08758005090520.0638719763935-0.103553052910.175736134453-0.5701797488350.7275315815560.0893470717999-0.3461125827390.0710382919106-0.310211007734-0.633738633936-0.3458812156568.36902769424E-80.6820960763780.0120077499852-0.06696989197990.7540038181130.01595566967120.4427845799916.86441016923-8.7327523456271.6809205055
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 862 through 912 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 913 through 934 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 935 through 1024 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1025 through 1053 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1054 through 1221 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1222 through 1291 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 17 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 18 through 25 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 26 through 33 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 34 through 45 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 46 through 60 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 61 through 73 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 74 through 91 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 92 through 98 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 99 through 109 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 110 through 119 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 120 through 128 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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