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- PDB-6uff: Structure of Ene-reductase 1 NostocER1 from cyanobacteria -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uff
タイトルStructure of Ene-reductase 1 NostocER1 from cyanobacteria
要素Ene-reductase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / ENE REDUCTASE / CYANOBACTERIA / ALKENE REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / oxidoreductase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / All1865 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.007 Å
データ登録者Sandoval, B. / Jeffrey, P.D. / Hyster, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: Photoenzymatic Hydrogenation of Heteroaromatic Olefins Using 'Ene'-Reductases with Photoredox Catalysts.
著者: Nakano, Y. / Black, M.J. / Meichan, A.J. / Sandoval, B.A. / Chung, M.M. / Biegasiewicz, K.F. / Zhu, T. / Hyster, T.K.
履歴
登録2019年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ene-reductase 1
B: Ene-reductase 1
C: Ene-reductase 1
D: Ene-reductase 1
E: Ene-reductase 1
F: Ene-reductase 1
G: Ene-reductase 1
H: Ene-reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)364,26828
ポリマ－360,1368
非ポリマー4,13220
水29,8331656
1
A: Ene-reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5544
ポリマ－45,0171
非ポリマー5373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ene-reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5133
ポリマ－45,0171
非ポリマー4962
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ene-reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5544
ポリマ－45,0171
非ポリマー5373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ene-reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5544
ポリマ－45,0171
非ポリマー5373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Ene-reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5544
ポリマ－45,0171
非ポリマー5373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Ene-reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5133
ポリマ－45,0171
非ポリマー4962
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Ene-reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5133
ポリマ－45,0171
非ポリマー4962
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Ene-reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5133
ポリマ－45,0171
非ポリマー4962
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.565, 95.589, 99.903
Angle α, β, γ (deg.)66.79, 89.91, 82.58
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質
Ene-reductase 1


分子量: 45017.008 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 遺伝子: all1865 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YVV8
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1656 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.51 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1M Tricine HCl pH 9.0, 0.1-0.2M CaCl2, 28-30% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.97895 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→90 Å / Num. obs: 178989 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 8.73
反射 シェル解像度: 2.01→2.13 Å / 冗長度: 3.37 % / Rmerge(I) obs: 0.668 / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / Num. unique obs: 28111 / CC1/2: 0.644 / Rrim(I) all: 0.796 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称分類NB
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GKA

3gka


解像度: 2.007→29.522 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2225 9132 5.1 %Random
Rwork0.1731 ---
obs0.1757 178926 97.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.007→29.522 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22180 0 260 1656 24096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00723058
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91931403
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8358269
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0363441
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054166
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.007-2.02980.35042500.28525126X-RAY DIFFRACTION86
2.0298-2.05370.2973250.26955584X-RAY DIFFRACTION97
2.0537-2.07880.29663020.25145617X-RAY DIFFRACTION97
2.0788-2.10510.29773140.23815539X-RAY DIFFRACTION97
2.1051-2.13280.26972720.23415708X-RAY DIFFRACTION97
2.1328-2.1620.28993250.23025590X-RAY DIFFRACTION97
2.162-2.19280.28433220.21855638X-RAY DIFFRACTION97
2.1928-2.22560.2853240.20885655X-RAY DIFFRACTION97
2.2256-2.26030.27222880.21175666X-RAY DIFFRACTION97
2.2603-2.29740.26242920.2015588X-RAY DIFFRACTION97
2.2974-2.3370.25713110.19945740X-RAY DIFFRACTION97
2.337-2.37940.27382800.20395604X-RAY DIFFRACTION97
2.3794-2.42520.2763010.20125678X-RAY DIFFRACTION98
2.4252-2.47470.25632780.18895713X-RAY DIFFRACTION98
2.4747-2.52840.26232920.18795679X-RAY DIFFRACTION98
2.5284-2.58720.24432900.18755736X-RAY DIFFRACTION98
2.5872-2.65190.2383050.17875680X-RAY DIFFRACTION98
2.6519-2.72350.23572880.18345770X-RAY DIFFRACTION98
2.7235-2.80360.22033200.17045663X-RAY DIFFRACTION98
2.8036-2.8940.23433010.17225694X-RAY DIFFRACTION98
2.894-2.99740.21213430.17695709X-RAY DIFFRACTION98
2.9974-3.11730.26153000.17415700X-RAY DIFFRACTION98
3.1173-3.2590.21543420.16725694X-RAY DIFFRACTION98
3.259-3.43060.21672770.16455710X-RAY DIFFRACTION98
3.4306-3.64510.20493220.16075657X-RAY DIFFRACTION98
3.6451-3.9260.19413250.1515720X-RAY DIFFRACTION98
3.926-4.320.17723160.13665690X-RAY DIFFRACTION98
4.32-4.94260.16393090.12855733X-RAY DIFFRACTION99
4.9426-6.21750.18353010.14465790X-RAY DIFFRACTION99
6.2175-29.52480.18363170.15995723X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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