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- PDB-6uex: Crystal structure of S. aureus LcpA in complex with octaprenyl-py... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uex
タイトルCrystal structure of S. aureus LcpA in complex with octaprenyl-pyrophosphate-GlcNAc
要素Regulatory protein MsrR
キーワードTRANSFERASE / LytR / CpsA / Psr
機能・相同性Cell envelope-related transcriptional attenuator domain / LytR_cpsA_psr family / membrane => GO:0016020 / plasma membrane / Chem-Q5S / Regulatory protein MsrR
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Li, F.K.K. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 米国, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Crystallographic analysis ofStaphylococcus aureusLcpA, the primary wall teichoic acid ligase.
著者: Li, F.K.K. / Rosell, F.I. / Gale, R.T. / Simorre, J.P. / Brown, E.D. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2019年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein MsrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,43011
ポリマ－30,6471
非ポリマー1,78310
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Regulatory protein MsrR
ヘテロ分子

A: Regulatory protein MsrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,86022
ポリマ－61,2942
非ポリマー3,56520
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area5290 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area21290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.245, 90.543, 94.753
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-540-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein MsrR


分子量: 30647.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain N315) (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / 遺伝子: msrR, SA1195 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99Q02
#2: 化合物 ChemComp-Q5S / 2-(acetylamino)-2-deoxy-1-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy{[(2Z,6Z,10Z,14Z,18Z,22Z,26Z)-3,7,11,15,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26,30-octaen-1-yl]oxy}phosphoryl]oxy}phosphoryl]-alpha-D-glucopyranose


分子量: 926.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C48H81NO12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.08 M citric acid pH 5.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→47.38 Å / Num. obs: 30587 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 46.48 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.04999 / Net I/σ(I): 16.31
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / Rmerge(I) obs: 1.514 / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique obs: 3021 / CC1/2: 0.696

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NXH

3nxh


解像度: 1.9→47.377 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.55
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2258 1528 5 %
Rwork0.1922 --
obs0.1939 30547 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 157.25 Å2 / Biso mean: 67.3216 Å2 / Biso min: 33.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→47.377 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1896 0 110 57 2063
Biso mean--91.91 64.62 -
残基数----247
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.9001-1.96140.36071370.33392601
1.9614-2.03150.30531360.29032593
2.0315-2.11280.27371380.25122636
2.1128-2.2090.28051370.23862594
2.209-2.32550.23741370.20772612
2.3255-2.47110.26741380.20912616
2.4711-2.66190.24141390.20292640
2.6619-2.92980.21681390.19582622
2.9298-3.35360.23551400.19882654
3.3536-4.22480.21561400.17582678
4.2248-47.3770.2061470.17712773
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3959-0.218-0.69758.06065.9156.92470.0113-0.1618-0.3174-0.3243-0.26140.6286-0.31110.12850.23940.35930.0025-0.01030.35510.01740.450760.824312.161253.0581
28.4845-3.5391-2.52648.30991.34874.07240.3876-0.23550.16150.3777-0.1891-0.2319-0.30230.0337-0.3160.3385-0.1209-0.04760.3283-0.03470.473468.027717.239155.8625
35.80611.6727-1.48835.59032.78526.61210.1336-0.2246-0.77390.4384-0.1297-0.64890.44930.14890.02260.4031-0.0009-0.03570.30760.03670.548571.16317.544353.3853
47.0213-4.32281.85444.2102-2.62482.33960.009-0.3527-0.67240.11230.21320.9098-0.1774-0.5037-0.27560.39190.0180.01630.37570.01870.56151.354216.009752.3369
58.9864-0.2584-2.87177.21170.17017.67760.20251.88720.064-0.9776-0.06260.4905-0.1897-0.2732-0.16620.57660.1264-0.09510.59480.06260.47652.47522.622737.7556
62.5426-1.5292-2.43964.6025-0.86283.9840.2414-0.1370.2180.191-0.1933-0.0567-0.5230.5240.02260.50650.0201-0.040.39960.00620.614156.97324.536448.3539
76.92751.0042-2.50141.93290.92127.29960.50450.15210.3068-0.1022-0.23710.6091-0.4887-1.2725-0.23950.5943-0.00190.18640.81630.06830.760546.911815.370261.9278
89.7773-0.1891-6.11834.0916-1.318.45780.3625-0.08971.03620.45190.12520.1316-0.5421-0.597-0.4260.4465-0.0784-0.01660.5426-0.10320.375162.627523.18457.3015
96.46040.57780.31028.0329-2.34983.5948-0.0299-0.52660.08160.24690.1206-0.5689-0.04481.0827-0.43650.4224-0.14620.00060.43410.01110.565176.02619.910652.479
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 81 through 109 )A81 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 110 through 131 )A110 - 131
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 132 through 156 )A132 - 156
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 157 through 187 )A157 - 187
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 188 through 222 )A188 - 222
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 223 through 242 )A223 - 242
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 243 through 267 )A243 - 267
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 268 through 301 )A268 - 301
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 302 through 327 )A302 - 327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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