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Yorodumi- PDB-6uex: Crystal structure of S. aureus LcpA in complex with octaprenyl-py... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6uex | |||||||||
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Title | Crystal structure of S. aureus LcpA in complex with octaprenyl-pyrophosphate-GlcNAc | |||||||||
Components | Regulatory protein MsrR | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / LytR / CpsA / Psr | |||||||||
Function / homology | Cell envelope-related transcriptional attenuator domain / LytR_cpsA_psr family / membrane => GO:0016020 / plasma membrane / Chem-Q5S / Regulatory protein MsrR Function and homology information | |||||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | |||||||||
Authors | Li, F.K.K. / Strynadka, N.C.J. | |||||||||
Funding support | Canada, United States, 2items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2020 Title: Crystallographic analysis ofStaphylococcus aureusLcpA, the primary wall teichoic acid ligase. Authors: Li, F.K.K. / Rosell, F.I. / Gale, R.T. / Simorre, J.P. / Brown, E.D. / Strynadka, N.C.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6uex.cif.gz | 119.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6uex.ent.gz | 90.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6uex.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6uex_validation.pdf.gz | 367.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6uex_full_validation.pdf.gz | 370.4 KB | Display | |
Data in XML | 6uex_validation.xml.gz | 2.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6uex_validation.cif.gz | 5.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/6uex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/6uex | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6uf3C 6uf5C 6uf6C 3nxhS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30647.053 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (strain N315) (bacteria) Strain: N315 / Gene: msrR, SA1195 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q99Q02 | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-Q5S / | ||||||
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.46 Å3/Da / Density % sol: 64.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.2 / Details: 2.4 M ammonium sulfate, 0.08 M citric acid pH 5.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.97949 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jan 10, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→47.38 Å / Num. obs: 30587 / % possible obs: 99.84 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 46.48 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.04999 / Net I/σ(I): 16.31 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.968 Å / Rmerge(I) obs: 1.514 / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique obs: 3021 / CC1/2: 0.696 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3NXH Resolution: 1.9→47.377 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.55
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 157.25 Å2 / Biso mean: 67.3216 Å2 / Biso min: 33.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→47.377 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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