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万見
- PDB-6uen: Cryo-EM structure of the respiratory syncytial virus RNA polymerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uen
タイトルCryo-EM structure of the respiratory syncytial virus RNA polymerase
要素
  • RNA-directed RNA polymerase L
  • the phosphoprotein (P) of human respiratory syncytial virus
キーワードVIRAL PROTEIN/Transferase / Viral protein complexes / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Respiratory syncytial virus genome transcription / NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / negative stranded viral RNA replication / Respiratory syncytial virus genome replication / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry ...Respiratory syncytial virus genome transcription / NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / negative stranded viral RNA replication / Respiratory syncytial virus genome replication / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / viral life cycle / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / virion component / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / GTPase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoprotein, pneumoviral / Pneumovirus phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile. / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirales mRNA-capping domain V ...Phosphoprotein, pneumoviral / Pneumovirus phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile. / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirales mRNA-capping domain V / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L / Phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.67 Å
データ登録者Cao, D. / Gao, Y. / Liang, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM130950 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of the respiratory syncytial virus RNA polymerase.
著者: Dongdong Cao / Yunrong Gao / Claire Roesler / Samantha Rice / Paul D'Cunha / Lisa Zhuang / Julia Slack / Mason Domke / Anna Antonova / Sarah Romanelli / Shayon Keating / Gabriela Forero / ...著者: Dongdong Cao / Yunrong Gao / Claire Roesler / Samantha Rice / Paul D'Cunha / Lisa Zhuang / Julia Slack / Mason Domke / Anna Antonova / Sarah Romanelli / Shayon Keating / Gabriela Forero / Puneet Juneja / Bo Liang /
要旨: The respiratory syncytial virus (RSV) RNA polymerase, constituted of a 250 kDa large (L) protein and tetrameric phosphoprotein (P), catalyzes three distinct enzymatic activities - nucleotide ...The respiratory syncytial virus (RSV) RNA polymerase, constituted of a 250 kDa large (L) protein and tetrameric phosphoprotein (P), catalyzes three distinct enzymatic activities - nucleotide polymerization, cap addition, and cap methylation. How RSV L and P coordinate these activities is poorly understood. Here, we present a 3.67 Å cryo-EM structure of the RSV polymerase (L:P) complex. The structure reveals that the RNA dependent RNA polymerase (RdRp) and capping (Cap) domains of L interact with the oligomerization domain (P) and C-terminal domain (P) of a tetramer of P. The density of the methyltransferase (MT) domain of L and the N-terminal domain of P (P) is missing. Further analysis and comparison with other RNA polymerases at different stages suggest the structure we obtained is likely to be at an elongation-compatible stage. Together, these data provide enriched insights into the interrelationship, the inhibitors, and the evolutionary implications of the RSV polymerase.
履歴
登録2019年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20754
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase L
B: the phosphoprotein (P) of human respiratory syncytial virus
C: the phosphoprotein (P) of human respiratory syncytial virus
D: the phosphoprotein (P) of human respiratory syncytial virus
E: the phosphoprotein (P) of human respiratory syncytial virus


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)282,2505
ポリマ－282,2505
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase L / Protein L / Large structural protein / Replicase / Transcriptase


分子量: 173586.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
遺伝子: L, MZ07_64039gpL, MZ07_64040gpL / プラスミド: pET / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G8EJ12, UniProt: P28887*PLUS, RNA-directed RNA polymerase, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, GDP polyribonucleotidyltransferase
#2: タンパク質
the phosphoprotein (P) of human respiratory syncytial virus / Phosphoprotein


分子量: 27165.838 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G3C7Q7, UniProt: P03421*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: the L protein of the human respiratory syncytial virus; the phosphoprotein (P) of human respiratory syncytial virus
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.360 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株: Sf21
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 91 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 253372 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00213792
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.67618631
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.058465
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0422159
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042353

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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