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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uek
タイトルStructure of Urocanate Hydratase from Trypanosoma cruzi in complex with NAD+
要素Urocanate hydratase
キーワードLYASE / Chagas disease / Urocanate Hydratase / NAD+ / Interdomain movement
機能・相同性
機能・相同性情報


urocanate hydratase / urocanate hydratase activity / L-histidine catabolic process to glutamate and formamide / L-histidine catabolic process to glutamate and formate / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Urocanase conserved site / Urocanase signature. / Urocanase / Urocanase, Rossmann-like domain / Urocanase, N-terminal domain / Urocanase, C-terminal domain / Urocanase superfamily / Urocanase, central domain superfamily / Urocanase Rossmann-like domain / Urocanase N-terminal domain / Urocanase C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / urocanate hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Boreiko, S. / Silva, M. / Melo, R.F.P. / Silber, A.M. / Iulek, J.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)573607/2008-7 and 08/57910-0 ブラジル
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2019
タイトル: Structure of Urocanate Hydratase from the protozoan Trypanosoma cruzi.
著者: Boreiko, S. / Silva, M. / de F P Melo, R. / Silber, A.M. / Iulek, J.
履歴
登録2019年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urocanate hydratase
B: Urocanate hydratase
C: Urocanate hydratase
D: Urocanate hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)305,4028
ポリマ－302,7484
非ポリマー2,6544
水10,485582
1
A: Urocanate hydratase
B: Urocanate hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,7014
ポリマ－151,3742
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9920 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area41370 Å2
手法PISA
2
C: Urocanate hydratase
D: Urocanate hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,7014
ポリマ－151,3742
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9290 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area40770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.614, 134.788, 113.399
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.250, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Urocanate hydratase


分子量: 75687.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4D9S6
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 8000, potassium dihydrogen phosphate, glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.458 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→113.22 Å / Num. obs: 128119 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 15.52
反射 シェル解像度: 2.16→2.22 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 9011 / CC1/2: 0.682 / % possible all: 84.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UWK

1uwk


解像度: 2.16→113.22 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2546 --
Rwork0.2181 --
obs-128117 94.3 %
原子変位パラメータBiso max: 179.33 Å2 / Biso mean: 51.8199 Å2 / Biso min: 20.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.16→113.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18338 0 176 582 19096
Biso mean--51.38 42.15 -
残基数----2543
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.95910.1002-0.41831.2007-0.18290.37120.0081-0.1141-0.18560.1392-0.0464-0.29610.01950.08660.03250.27460.0153-0.03440.19840.02250.495537.40221.21111.487
21.4672-0.58740.31492.69240.91641.0085-0.0567-0.2842-0.3440.42710.0858-0.35210.17190.0315-0.03440.4002-0.00120.00490.22130.06220.584153.7552.877124.044
31.03740.07330.22130.9159-0.10350.71570.07760.0510.1902-0.0630.0298-0.2357-0.15110.0604-0.08240.2685-0.00810.06480.14680.02450.425936.10544.73899.58
41.1972-0.14280.09631.1912-0.12560.11810.13910.0180.3080.1168-0.0540.2786-0.1607-0.1229-0.05990.30090.05320.08250.22090.02540.40715.62948.344106.823
52.50760.59670.89071.69930.82953.8526-0.1776-0.3594-0.07050.3127-0.01310.34180.09930.10960.16790.38590.06530.10290.28140.08880.5135-10.27822.657128.317
61.5361-0.21710.0581.3749-0.24980.98980.01310.1357-0.2396-0.0452-0.02210.28950.1084-0.1913-0.00730.2282-0.0121-0.00250.1912-0.01230.38117.2422.068103.045
71.0484-0.37110.61810.7389-0.18222.78070.07030.2542-0.0724-0.27510.0476-0.2440.13910.6762-0.10340.39320.03070.070.5059-0.05820.364137.22429.48657.202
8-0.0012-0.0055-0.00920.46230.81291.4278-0.0515-0.45970.09331.17070.5478-0.51230.26940.4092-0.35871.16710.5046-0.08650.5263-0.25090.675730.251.61152.975
93.0065-0.93321.98132.89151.46762.97170.32381.02280.7425-0.1997-0.7804-1.25480.6240.38680.37390.80060.416-0.03061.150.03540.633942.6686.8250.744
102.8483-2.087-1.24286.23043.30611.76250.00590.0028-0.61191.235-0.21280.69450.42210.0210.26591.41980.2995-0.30090.4972-0.29581.013334.26-11.35942.708
114.6104-3.1761-6.05772.21594.13458.0134-0.14360.1504-0.2201-0.01120.0041-0.03710.2942-0.15360.24751.18690.3233-0.15470.636-0.35520.535430.9110.75533.592
124.37243.88141.08039.5719-1.77912.85180.1914-1.04180.2221.2195-0.4253-0.1171.21532.90030.20671.04320.3995-0.03341.3989-0.2450.559542.02218.45734.06
133.64661.84031.76176.74042.00321.06040.26650.4992-0.3244-0.1158-0.45610.2960.76730.12170.20441.13450.0943-0.10990.6694-0.22350.504227.5189.51830.245
148.01730.373-4.15829.0059-3.26994.66840.31250.5473-0.6094-1.41240.3648-1.142.72160.7808-0.66631.06230.170.0230.5837-0.07520.546521.37515.38135.895
152.5178-1.367-2.01525.84272.95592.8456-0.1654-0.0735-0.0911-0.01960.1862-0.37290.29190.1969-0.21521.06740.2855-0.18020.4923-0.22460.559134.62-0.8144.511
165.2948-5.532-4.90045.77955.11934.5396-1.5223-1.96950.01990.60731.74210.616-0.52190.9083-0.20041.21110.3827-0.13661.09030.02590.631334.2479.07249.444
170.8525-0.5386-0.79020.35310.63632.21070.1841-0.0454-0.0734-0.0915-0.1010.02070.0216-0.0365-0.12562.1067-0.3509-0.36310.63960.08940.616826.119-6.16253.377
188.14190.6873-6.57958.3248-5.44648.2099-0.53691.4002-1.8193-2.46650.9617-0.80792.39720.6066-0.26981.31150.0093-0.21781.1244-0.56380.867337.7020.77255.019
1925.78465.43479.40814.6524.6775-0.716-1.2210.2910.85920.93490.5267-0.3925-0.2787-0.17411.34170.7736-0.45471.3341-0.26911.128442.706-2.56237.828
209.6663-0.5116-1.01997.34243.90344.45290.54380.09050.3197-0.2235-0.0848-0.51841.1510.7348-0.35150.75530.2638-0.13360.655-0.11040.400531.64413.06538.291
213.86621.43990.38384.2824.6885.57460.08840.27281.20410.5503-0.9899-1.3683-0.41221.72510.84050.7055-0.0085-0.3540.94990.15891.622836.35624.31128.621
221.6473-0.7781-1.34334.13682.19171.73860.20770.2926-0.59820.19150.5813-0.64960.25990.3545-0.55671.3859-0.0389-0.27850.5639-0.2380.647120.1953.91740.859
235.1179-2.72515.41443.1242-2.97537.5661-0.4384-1.6645-0.78540.58610.12680.62731.6269-1.49460.45741.1694-0.01960.33660.77990.02880.465317.88211.00630.013
240.5481-0.2688-0.01270.464-0.08591.80570.2068-0.0753-0.2824-0.08780.08480.11260.8014-0.8051-0.26290.582-0.1773-0.07160.60280.06920.396917.54515.07965.122
250.9379-0.24650.42590.2075-0.22120.2775-0.0592-0.2384-0.00540.11690.0603-0.0415-0.0642-0.1262-0.15330.33890.2665-0.06891.572-0.04030.4662-13.92330.85964.904
261.3943-0.02610.23380.6448-0.20430.52610.30460.075-0.5294-0.0084-0.03740.00990.0809-0.70540.19230.3069-0.0836-0.16591.3556-0.04650.4515-8.34426.78645.281
273.85861.60260.59321.0710.21650.40690.03141.0131-0.6094-0.30040.3208-0.1190.06460.0591-0.15250.2205-0.0071-0.05081.2919-0.13480.535-14.4724.24744.078
280.04390.04470.01490.36120.06410.012-0.0009-0.45880.1367-0.5315-0.00210.2617-0.4805-1.30380.43680.31120.3752-0.05931.7405-0.06030.3906-1.57235.74157.236
293.4294-3.6059-0.33246.78590.09550.0984-0.071-0.0351-0.0137-0.0486-0.01420.0519-0.2357-0.1094-0.04971.38830.6897-0.23620.6818-0.14930.509711.47862.76551.791
301.40060.96710.82170.8997-0.52885.65890.2058-0.4533-0.12240.3126-0.1833-0.0729-0.233-0.5158-0.03091.47160.57780.20791.22810.31130.62213.07264.248.913
312.6350.37770.84330.45540.71091.1349-0.1044-0.75860.23990.01520.07460.00390.0322-0.26790.04830.4627-0.105-0.40570.95330.25271.1822-8.39660.62140.973
324.14630.8089-2.58360.158-0.50381.61060.44540.5531.21690.2620.57490.6462-1.147-0.7338-0.84271.62220.4363-0.12660.76270.09420.8591.08878.9240.411
335.8127-4.1557-1.48186.92952.24210.73110.60560.15-1.5056-1.5514-0.22260.78681.68910.4241-0.47981.34310.4218-0.44050.81630.12861.01226.07768.49630.586
347.38055.9934-5.57655.9003-2.58587.8607-0.4572-0.55231.2195-1.5751-0.80351.1772-0.9985-1.61921.22341.46960.5692-0.30021.174-0.29250.6934-2.14652.30822.88
350.7165-0.0932-0.38822.19681.11050.7198-0.48270.46510.2696-0.5558-0.31110.2535-1.4592-0.14750.39922.1588-0.3682-0.06120.8277-0.1190.495812.52161.61725.619
364.2028-4.60684.85825.0496-5.32515.6150.54791.412-0.359-1.4724-0.7244-0.0232-0.41290.14770.18430.9423-0.25290.00140.9805-0.09510.325117.40754.73130.771
370.47630.1132-0.7221.1616-1.30064.09280.23780.2717-0.18920.0035-0.1219-0.02050.9359-0.4689-0.15851.28190.4925-0.10371.123-0.09120.36081.95168.47440.498
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481.0244-2.17580.33256.6208-1.76920.70690.0134-0.0397-0.32490.07230.19160.7544-0.1328-0.2329-0.16010.950.7195-0.18070.9878-0.15750.55041.20560.4171.127
490.2290.06850.09520.37170.32760.4449-0.088-0.19560.1375-0.17750.01770.0756-1.1999-0.7978-0.10130.70680.29690.00050.7072-0.0040.316416.77847.57962.674
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:234 )A3 - 234
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 235:440 )A235 - 440
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 441:672 )A441 - 672
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 3:234 )B3 - 234
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 235:440 )B235 - 440
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 441:671 )B441 - 671
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN C AND RESID 3:234 )C3 - 234
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND RESID 258:267 )C258 - 267
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID 279:288 )C279 - 288
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 298:312 )C298 - 312
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 323:330 )C323 - 330
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 362:371 )C362 - 371
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 375:394 )C375 - 394
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 408:414 )C408 - 414
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND ( RESID 248:252 OR RESID 271:276 OR RESID 293:295 OR RESID 315:320 ) )C248 - 252
16X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND ( RESID 248:252 OR RESID 271:276 OR RESID 293:295 OR RESID 315:320 ) )C271 - 276
17X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND ( RESID 248:252 OR RESID 271:276 OR RESID 293:295 OR RESID 315:320 ) )C293 - 295
18X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND ( RESID 248:252 OR RESID 271:276 OR RESID 293:295 OR RESID 315:320 ) )C315 - 320
19X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 253:257 )C253 - 257
20X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 268:270 )C268 - 270
21X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN C AND RESID 289:292 )C289 - 292
22X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN C AND RESID 296:297 )C296 - 297
23X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN C AND RESID 340:361 )C340 - 361
24X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN C AND RESID 372:374 )C372 - 374
25X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN C AND RESID 395:407 )C395 - 407
26X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN C AND RESID 415:421 )C415 - 421
27X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN C AND RESID 441:666 )C441 - 666
28X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN D AND RESID 8:16 )D8 - 16
29X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN D AND RESID 19:58 )D19 - 58
30X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN D AND RESID 60:73 )D60 - 73
31X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN D AND RESID 75:220 )D75 - 220
32X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN D AND RESID 221:237 )D221 - 237
33X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN D AND RESID 258:267 )D258 - 267
34X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN D AND RESID 279:288 )D279 - 288
35X-RAY DIFFRACTION32( CHAIN D AND RESID 298:312 )D298 - 312
36X-RAY DIFFRACTION33( CHAIN D AND RESID 323:328 )D323 - 328
37X-RAY DIFFRACTION34( CHAIN D AND RESID 362:371 )D362 - 371
38X-RAY DIFFRACTION35( CHAIN D AND RESID 375:393 )D375 - 393
39X-RAY DIFFRACTION36( CHAIN D AND RESID 408:414 )D408 - 414
40X-RAY DIFFRACTION37( CHAIN D AND ( RESID 248:252 OR RESID 271:276 OR RESID 295:295 OR RESID 315:320 ) )D248 - 252
41X-RAY DIFFRACTION37( CHAIN D AND ( RESID 248:252 OR RESID 271:276 OR RESID 295:295 OR RESID 315:320 ) )D271 - 276
42X-RAY DIFFRACTION37( CHAIN D AND ( RESID 248:252 OR RESID 271:276 OR RESID 295:295 OR RESID 315:320 ) )D295
43X-RAY DIFFRACTION37( CHAIN D AND ( RESID 248:252 OR RESID 271:276 OR RESID 295:295 OR RESID 315:320 ) )D315 - 320
44X-RAY DIFFRACTION38( CHAIN D AND RESID 238:247 )D238 - 247
45X-RAY DIFFRACTION39( CHAIN D AND RESID 253:257 )D253 - 257
46X-RAY DIFFRACTION40( CHAIN D AND RESID 268:270 )D268 - 270
47X-RAY DIFFRACTION41( CHAIN D AND RESID 289:292 )D289 - 292
48X-RAY DIFFRACTION42( CHAIN D AND RESID 296:297 )D296 - 297
49X-RAY DIFFRACTION43( CHAIN D AND RESID 338:361 )D338 - 361
50X-RAY DIFFRACTION44( CHAIN D AND RESID 372:374 )D372 - 374
51X-RAY DIFFRACTION45( CHAIN D AND RESID 400:407 )D400 - 407
52X-RAY DIFFRACTION46( CHAIN D AND RESID 415:440 )D415 - 440
53X-RAY DIFFRACTION47( CHAIN D AND RESID 441:457 )D441 - 457
54X-RAY DIFFRACTION48( CHAIN D AND RESID 462:474 )D462 - 474
55X-RAY DIFFRACTION49( CHAIN D AND RESID 489:667 )D489 - 667

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る