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- PDB-6ue4: ShyA Endopeptidase from Vibrio cholerae (Closed form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ue4
タイトルShyA Endopeptidase from Vibrio cholerae (Closed form)
要素ShyA endopeptidase
キーワードHYDROLASE / Endopeptidase M23 / LytM
機能・相同性
機能・相同性情報


septum digestion after cytokinesis / peptidoglycan binding / metalloendopeptidase activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Opacity-associated protein A / Opacity-associated protein A LysM-like domain / Csd3-like, second N-terminal domain / Csd3 second domain / : / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell wall endopeptidase, family M23/M37
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Mao, Y. / Sulpizio, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM094347 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural basis of peptidoglycan endopeptidase regulation.
著者: Shin, J.H. / Sulpizio, A.G. / Kelley, A. / Alvarez, L. / Murphy, S.G. / Fan, L. / Cava, F. / Mao, Y. / Saper, M.A. / Dorr, T.
履歴
登録2019年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ShyA endopeptidase
B: ShyA endopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3795
ポリマ－90,1572
非ポリマー2233
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area31580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.115, 87.252, 74.973
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.370, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ShyA endopeptidase


分子量: 45078.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_A0079 / プラスミド: pET15b-6xHis-Thrombin / 詳細 (発現宿主): IPTG inducible promoter / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 pLysS / 参照: UniProt: Q9KN86
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.82 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2 M Malonic Acid pH 6.0, 14% PEG 3350 / PH範囲: 6.0-7.0 / Temp details: Ambient Temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9775 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 46469 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 2.08→2.12 Å / 冗長度: 6.6 % / Num. unique obs: 2295 / CC1/2: 0.948 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GU1

2gu1


解像度: 2.08→49.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 10.314 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.181
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2334 2297 5 %RANDOM
Rwork0.1779 ---
obs0.1807 43887 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 87.68 Å2 / Biso mean: 27.654 Å2 / Biso min: 13.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å20.76 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.08→49.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5632 0 8 227 5867
Biso mean--35.16 30.48 -
残基数----705
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0135752
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175410
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0071.6517757
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3941.58112520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3455702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.67821.084332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.849151028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1751554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.026438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021268
LS精密化 シェル解像度: 2.082→2.136 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 156 -
Rwork0.226 3223 -
all-3379 -
obs--98.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.18650.05140.10930.39580.00930.5046-0.0125-0.02630.0368-0.02120.00690.0136-0.05970.00690.00560.0082-0.0007-0.00070.0572-0.00420.00796.6541-0.09817.5226
20.40880.1605-0.03380.38860.06540.3569-0.02110.0117-0.0276-0.03020.012-0.03860.04410.02470.00910.01150.01360.00870.06120.01720.010110.7211-28.826218.1834
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A72 - 425
2X-RAY DIFFRACTION2B72 - 426

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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