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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5kn1 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Recombinant bovine skeletal calsequestrin, high-Ca2+ form | |||||||||
Components | Calsequestrin | |||||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / calsequestrin / polymer / calcium | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationStimuli-sensing channels / regulation of store-operated calcium entry / Ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum lumen / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / endoplasmic reticulum organization / sarcomere organization / protein polymerization / sarcoplasmic reticulum membrane / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol ...Stimuli-sensing channels / regulation of store-operated calcium entry / Ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum lumen / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / endoplasmic reticulum organization / sarcomere organization / protein polymerization / sarcoplasmic reticulum membrane / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Z disc / response to heat / mitochondrial matrix / calcium ion binding / identical protein binding Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.137 Å | |||||||||
Authors | Lewis, K.M. / Byrd, S. / Kang, C. | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Int J Mol Sci / Year: 2016Title: Characterization of Post-Translational Modifications to Calsequestrins of Cardiac and Skeletal Muscle. Authors: Lewis, K.M. / Munske, G.R. / Byrd, S.S. / Kang, J. / Cho, H.J. / Rios, E. / Kang, C. #1: Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2015Title: Characterization of Two Human Skeletal Calsequestrin Mutants Implicated in Malignant Hyperthermia and Vacuolar Aggregate Myopathy. Authors: Lewis, K.M. / Ronish, L.A. / Rios, E. / Kang, C. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 5kn1.cif.gz | 631.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5kn1.ent.gz | 534.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5kn1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5kn1_validation.pdf.gz | 459.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5kn1_full_validation.pdf.gz | 465.7 KB | Display | |
| Data in XML | 5kn1_validation.xml.gz | 41.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 5kn1_validation.cif.gz | 60 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/5kn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/5kn1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5kn0C ![]() 5kn2C ![]() 5kn3C ![]() 3trpS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Symmetry | Point symmetry: (Schoenflies symbol: C2 (2 fold cyclic)) / Helical symmetry: (Rotation per n subunits: 120 °) | |||||||||
| Components on special symmetry positions |
|
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Components
| #1: Protein | Mass: 41554.277 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 35-395 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | ChemComp-MPD / ( #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.67 Å3/Da / Density % sol: 66.46 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.1 M HEPES, 27.5 % (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.2 M NaCl |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 80 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 17, 2014 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.137→43.626 Å / Num. obs: 96658 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.0922 / Net I/σ(I): 13.4 |
| Reflection shell | Resolution: 2.137→2.213 Å / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.8878 / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / Num. measured obs: 9078 / % possible all: 94 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3trp Resolution: 2.137→43.626 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 21.99
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.137→43.626 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi





X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
Citation













PDBj






