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- PDB-6udm: Structure of Human Cytochrome P450 1A1 with Duocarmycin Prodrug (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6udm
タイトルStructure of Human Cytochrome P450 1A1 with Duocarmycin Prodrug (S) ICT-2726
要素Cytochrome P450 1A1
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYP1A1 / P450 / Duocarmycin
機能・相同性
機能・相同性情報


arachidonic acid monooxygenase activity / ethylene metabolic process / flavonoid 3'-monooxygenase activity / insecticide metabolic process / dibenzo-p-dioxin catabolic process / long-chain fatty acid omega-hydroxylase activity / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors / long-chain fatty acid omega-1 hydroxylase activity / 9-cis-retinoic acid biosynthetic process / hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase ...arachidonic acid monooxygenase activity / ethylene metabolic process / flavonoid 3'-monooxygenase activity / insecticide metabolic process / dibenzo-p-dioxin catabolic process / long-chain fatty acid omega-hydroxylase activity / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors / long-chain fatty acid omega-1 hydroxylase activity / 9-cis-retinoic acid biosynthetic process / hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase / hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase activity / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / : / Synthesis of (16-20)-hydroxyeicosatetraenoic acids (HETE) / omega-hydroxylase P450 pathway / coumarin metabolic process / response to 3-methylcholanthrene / maternal process involved in parturition / flavonoid metabolic process / porphyrin-containing compound metabolic process / response to iron(III) ion / hormone biosynthetic process / long-chain fatty acid metabolic process / Biosynthesis of protectins / epoxygenase P450 pathway / tissue remodeling / response to nematode / vitamin D 24-hydroxylase activity / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / estrogen 2-hydroxylase activity / lipid hydroxylation / demethylase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / progesterone metabolic process / vitamin D metabolic process / hepatocyte differentiation / steroid biosynthetic process / Xenobiotics / amine metabolic process / response to arsenic-containing substance / camera-type eye development / digestive tract development / response to vitamin A / hydrogen peroxide biosynthetic process / long-chain fatty acid biosynthetic process / response to herbicide / estrogen metabolic process / retinol metabolic process / response to food / unspecific monooxygenase / aromatase activity / nitric oxide metabolic process / steroid metabolic process / cellular response to organic cyclic compound / response to immobilization stress / response to hyperoxia / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to copper ion / Hsp70 protein binding / monooxygenase activity / xenobiotic metabolic process / fatty acid metabolic process / Hsp90 protein binding / PPARA activates gene expression / oxygen binding / response to lipopolysaccharide / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / response to hypoxia / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I, CYP1 / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-Q4P / Cytochrome P450 1A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.075 Å
データ登録者Bart, A.G. / Scott, E.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM076343 米国
引用ジャーナル: Drug Metab.Dispos. / 年: 2021
タイトル: Cytochrome P450 binding and bioactivation of tumor-targeted duocarmycin agents
著者: Bart, A.G. / Morais, G. / Vangala, V.R. / Loadman, P.M. / Pors, K. / Scott, E.E.
履歴
登録2019年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 1A1
B: Cytochrome P450 1A1
C: Cytochrome P450 1A1
D: Cytochrome P450 1A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,33313
ポリマ－223,7774
非ポリマー4,5569
水00
1
A: Cytochrome P450 1A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5444
ポリマ－55,9441
非ポリマー1,6003
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450 1A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9293
ポリマ－55,9441
非ポリマー9852
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome P450 1A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9293
ポリマ－55,9441
非ポリマー9852
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome P450 1A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9293
ポリマ－55,9441
非ポリマー9852
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)241.281, 241.281, 125.298
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

-
要素

#1: タンパク質
Cytochrome P450 1A1 / CYPIA1 / Cytochrome P450 form 6 / Cytochrome P450-C / Cytochrome P450-P1 / Hydroperoxy ...CYPIA1 / Cytochrome P450 form 6 / Cytochrome P450-C / Cytochrome P450-P1 / Hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase


分子量: 55944.156 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 35-512 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP1A1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P04798, unspecific monooxygenase, hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-Q4P / [(8S)-8-(chloromethyl)-7,8-dihydro-6H-furo[3,2-e]indol-6-yl](5-fluoro-1H-indol-2-yl)methanone


分子量: 368.789 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H14ClFN2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.58 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.16 M sodium phosphate dibasic, 16% w/v PEG3350, 1.8 mM n-decyl-B-D-maltoside

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月8日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.07→39.64 Å / Num. obs: 77258 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.173 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.07-3.148.91.8411.639440.5180.6311.95285.6
15.37-39.649.90.06518.66470.9970.0220.06994.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4I8V

4i8v


解像度: 3.075→39.64 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2205 2000 2.6 %
Rwork0.2091 --
obs0.2094 76831 98.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 181.35 Å2 / Biso mean: 88.3601 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.075→39.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15026 0 552 0 15578
Biso mean--79.97 --
残基数----1876
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.075-3.15140.31991190.3204435682
3.1514-3.23660.31721450.28765424100
3.2366-3.33180.2951430.28345346100
3.3318-3.43920.29731440.2775400100
3.4392-3.56210.2941450.26695372100
3.5621-3.70460.27721420.24835404100
3.7046-3.87310.25351470.2408537399
3.8731-4.07710.22541430.21745407100
4.0771-4.33220.21011400.19775409100
4.3322-4.66620.18671450.18075415100
4.6662-5.13490.17261470.18195419100
5.1349-5.87590.20211480.19775454100
5.8759-7.39520.2371400.2085474100
7.3952-39.640.17581520.1592557899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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