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- PDB-6uct: Crystal structure of Mal de Rio Cuarto virus P9-1 viroplasm prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uct
タイトルCrystal structure of Mal de Rio Cuarto virus P9-1 viroplasm protein (C-arm deletion mutant)
要素p9-1
キーワードVIRAL PROTEIN / Fijivirus / MRCV / Wheat / Maize / Reoviridae / viroplasm
機能・相同性Reovirus P9-like / Reovirus P9-like family / p9-1
機能・相同性情報
生物種Mal de Rio Cuarto virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.47 Å
データ登録者Llauger, G. / Klinke, S. / Monti, D. / Sycz, G. / Cerutti, M.L. / Goldbaum, F.A. / del Vas, M. / Otero, L.H.
資金援助 アルゼンチン, 4件
組織認可番号国
National Research Council (NRC, Argentina)PICT 2015-0621 アルゼンチン
National Research Council (NRC, Argentina)PICT 2016-1425 アルゼンチン
National Research Council (NRC, Argentina)PICT-2014-3754 アルゼンチン
National Research Council (NRC, Argentina)PICT-2017-2537 アルゼンチン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Mal de Rio Cuarto virus P9-1 viroplasm protein (C-arm deletion mutant)
著者: Llauger, G. / Klinke, S. / Monti, D. / Sycz, G. / Cerutti, M.L. / Goldbaum, F.A. / del Vas, M. / Otero, L.H.
履歴
登録2019年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: p9-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2571
ポリマ－37,2571
非ポリマー00
水00
1
A: p9-1

A: p9-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5142
ポリマ－74,5142
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.557, 86.557, 95.598
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 p9-1


分子量: 37256.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mal de Rio Cuarto virus (ウイルス)
プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D9U542

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.81 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 13% (w/v) PEG 8000, 0.2 M calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月17日
放射モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED CHANNEL CUT SI[111] CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.47→47.8 Å / Num. obs: 5035 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 24.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 3.47→3.8 Å / 冗長度: 25.6 % / Rmerge(I) obs: 2.912 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1138 / CC1/2: 0.548 / Rpim(I) all: 0.582 / Rrim(I) all: 3.013 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VJJ

3vjj


解像度: 3.47→43.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.613
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 276 5.52 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.223 5004 99 %-
原子変位パラメータBiso max: 281.62 Å2 / Biso mean: 185.21 Å2 / Biso min: 112.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9738 Å20 Å20 Å2
2---0.9738 Å20 Å2
3---1.9476 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.47→43.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2013 0 0 0 2013
残基数----243
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d731SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes57HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes284HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2049HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion269SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2354SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2049HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2759HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.13
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.71
LS精密化 シェル解像度: 3.47→3.88 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2735 89 6.64 %
Rwork0.2372 1252 -
all0.2395 1341 -
obs--96.54 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.2924 Å / Origin y: -15.2388 Å / Origin z: -0.4668 Å
111213212223313233
T-0.0684 Å20.152 Å2-0.0123 Å2--0.0304 Å20.0741 Å2---0.1798 Å2
L7.9271 °2-2.9104 °2-1.3329 °2-5.7471 °20.5047 °2--5.7914 °2
S-0.1243 Å °-0.541 Å °-0.5442 Å °0.1089 Å °0.1491 Å °-0.3931 Å °0.5442 Å °0.5442 Å °-0.0249 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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