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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6uc7 | ||||||
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タイトル | Structure of guanine riboswitch bound to N2-acetyl guanine | ||||||
要素 | guanine riboswitch | ||||||
キーワード | RNA (リボ核酸) / riboswitch aptamer / guanine purine nucleobase / N2-acetyl guanine | ||||||
機能・相同性 | COBALT HEXAMMINE(III) / N-(6-oxo-6,9-dihydro-3H-purin-2-yl)acetamide / リボ核酸 / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.798 Å | ||||||
データ登録者 | Matyjasik, M.M. / Batey, R.T. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Molecules / 年: 2020 タイトル: High Affinity Binding of N2-Modified Guanine Derivatives Significantly Disrupts the Ligand Binding Pocket of the Guanine Riboswitch. 著者: Matyjasik, M.M. / Hall, S.D. / Batey, R.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6uc7.cif.gz | 56.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6uc7.ent.gz | 37.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6uc7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/6uc7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/6uc7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 21506.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-NCO / #3: 化合物 | ChemComp-Q44 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.12 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 10 mM potassium HEPES pH 7.5, 20% v/v PEG 3000 MW, 30 mM cobalt hexamine, 600 mM ammonium acetate. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5406 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月3日 |
放射 | モノクロメーター: Cu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5406 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.798→19.74 Å / Num. obs: 16940 / % possible obs: 93.83 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 19.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Χ2: 1.488 / Net I/σ(I): 19.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.798→1.862 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Mean I/σ(I) obs: 3.05 / Num. unique obs: 1007 / CC1/2: 0.903 / Rpim(I) all: 0.142 / Rrim(I) all: 0.232 / Rsym value: 0.182 / Χ2: 0.711 / % possible all: 56.89 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4FE5 解像度: 1.798→19.74 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 22.15
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.17 Å | |||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.798→19.74 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7981→1.8261 Å /
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