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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6uc5 | ||||||
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タイトル | Fab397 in complex with NPNA peptide | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Antibody / Malaria / Circumsporozoite protein / CSP / NANP / NANP repeats / Plasmodium / Plasmodium falciparum | ||||||
機能・相同性 | ![]() entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / immune response / cell surface ...entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / immune response / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pholcharee, T. / Oyen, D. / Wilson, I.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Diverse Antibody Responses to Conserved Structural Motifs in Plasmodium falciparum Circumsporozoite Protein. 著者: Tossapol Pholcharee / David Oyen / Jonathan L Torres / Yevel Flores-Garcia / Gregory M Martin / Gonzalo E González-Páez / Daniel Emerling / Wayne Volkmuth / Emily Locke / C Richter King / ...著者: Tossapol Pholcharee / David Oyen / Jonathan L Torres / Yevel Flores-Garcia / Gregory M Martin / Gonzalo E González-Páez / Daniel Emerling / Wayne Volkmuth / Emily Locke / C Richter King / Fidel Zavala / Andrew B Ward / Ian A Wilson / ![]() 要旨: Malaria vaccine candidate RTS,S/AS01 is based on the central and C-terminal regions of the circumsporozoite protein (CSP) of P. falciparum. mAb397 was isolated from a volunteer in an RTS,S/AS01 ...Malaria vaccine candidate RTS,S/AS01 is based on the central and C-terminal regions of the circumsporozoite protein (CSP) of P. falciparum. mAb397 was isolated from a volunteer in an RTS,S/AS01 clinical trial, and it protects mice from infection by malaria sporozoites. However, mAb397 originates from the less commonly used VH3-15 germline gene compared to the VH3-30/33 antibodies generally elicited by RTS,S to the central NANP repeat region of CSP. The crystal structure of mAb397 with an NPNA peptide shows that the central NPNA forms a type I β-turn and is the main recognition motif. In most anti-NANP antibodies studied to date, a germline-encoded Trp is used to engage the Pro in NPNA β-turns, but here the Trp interacts with the first Asn. This "conserved" Trp, however, can arise from different germline genes and be located in the heavy or the light chain. Variation in the terminal ψ angles of the NPNA β-turns results in different dispositions of the subsequent NPNA and, hence, different stoichiometries and modes of antibody binding to rsCSP. Diverse protective antibodies against NANP repeats are therefore not limited to a single germline gene response or mode of binding. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 251.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 203.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 435.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23489.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A8K008 |
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#2: 抗体 | 分子量: 23939.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8TCD0 |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1136.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: UniProt: P02893*PLUS |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 6.62, 22% w/v PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月24日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03317 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 41579 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / CC1/2: 0.969 / Rpim(I) all: 0.031 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 24.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1315 / CC1/2: 0.823 / Rpim(I) all: 0.339 / Rsym value: 0.76 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: homology model 解像度: 1.75→35.66 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→35.66 Å
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