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- PDB-6ubv: The structure of the Streptococcus gordonii surface protein SspB ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ubv
タイトルThe structure of the Streptococcus gordonii surface protein SspB in complex with TEV peptide provides clues to the adherence of oral streptococcal adherence to salivary agglutinin
要素Surface protein adhesin
キーワードCELL ADHESION / Streptococcus mutans / AgI/II / spaP (variable domain)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Major cell-surface adhesin PAc / Major cell-surface adhesin PAc / Cell surface antigen I/II A repeat / Streptococcal surface antigen repeat / Streptococcus antigen I/II alanine-rich (Ag I/II A) repeat profile. / Antigen I/II, N-terminal / Adhesin P1 N-terminal domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain superfamily / Glucan-binding protein C ...Major cell-surface adhesin PAc / Major cell-surface adhesin PAc / Cell surface antigen I/II A repeat / Streptococcal surface antigen repeat / Streptococcus antigen I/II alanine-rich (Ag I/II A) repeat profile. / Antigen I/II, N-terminal / Adhesin P1 N-terminal domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain superfamily / Glucan-binding protein C / Cross-wall-targeting lipoprotein motif / Adhesin isopeptide-forming adherence domain / Cell surface antigen, C-terminal / Cell surface antigen C-terminus / Cell surface antigen I/II C2 terminal domain / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SNZ / Surface protein adhesin / Major cell-surface adhesin PAc
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Schormann, N. / Deivanayagam, C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of the Streptococcus gordonii surface protein SspB in complex with TEV peptide provides clues to the adherence of oral streptococcal adherence to salivary agglutinin
著者: Schormann, N. / Deivanayagam, C.
履歴
登録2019年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Surface protein adhesin
B: Surface protein adhesin
C: Surface protein adhesin
D: Surface protein adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,69720
ポリマ－186,8724
非ポリマー1,82516
水6,846380
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.810, 132.697, 243.819
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 457 through 843)
21(chain B and (resid 457 through 459 or (resid 460...
31(chain C and (resid 457 through 459 or (resid 460...
41(chain D and (resid 457 through 459 or (resid 460...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNTHRTHR(chain A and resid 457 through 843)AA457 - 84325 - 411
21GLNGLNASPASP(chain B and (resid 457 through 459 or (resid 460...BB457 - 45925 - 27
22LEULEUALAALA(chain B and (resid 457 through 459 or (resid 460...BB460 - 46128 - 29
23GLUGLUTHRTHR(chain B and (resid 457 through 459 or (resid 460...BB450 - 84318 - 411
24GLUGLUTHRTHR(chain B and (resid 457 through 459 or (resid 460...BB450 - 84318 - 411
25GLUGLUTHRTHR(chain B and (resid 457 through 459 or (resid 460...BB450 - 84318 - 411
26GLUGLUTHRTHR(chain B and (resid 457 through 459 or (resid 460...BB450 - 84318 - 411
31GLNGLNASPASP(chain C and (resid 457 through 459 or (resid 460...CC457 - 45925 - 27
32LEULEUALAALA(chain C and (resid 457 through 459 or (resid 460...CC460 - 46128 - 29
33ALAALAPROPRO(chain C and (resid 457 through 459 or (resid 460...CC447 - 84515 - 413
34ALAALAPROPRO(chain C and (resid 457 through 459 or (resid 460...CC447 - 84515 - 413
35ALAALAPROPRO(chain C and (resid 457 through 459 or (resid 460...CC447 - 84515 - 413
36ALAALAPROPRO(chain C and (resid 457 through 459 or (resid 460...CC447 - 84515 - 413
41GLNGLNASPASP(chain D and (resid 457 through 459 or (resid 460...DD457 - 45925 - 27
42LEULEUALAALA(chain D and (resid 457 through 459 or (resid 460...DD460 - 46128 - 29
43GLNGLNALAALA(chain D and (resid 457 through 459 or (resid 460...DD457 - 84425 - 412
44GLNGLNALAALA(chain D and (resid 457 through 459 or (resid 460...DD457 - 84425 - 412
45GLNGLNALAALA(chain D and (resid 457 through 459 or (resid 460...DD457 - 84425 - 412
46GLNGLNALAALA(chain D and (resid 457 through 459 or (resid 460...DD457 - 84425 - 412

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Surface protein adhesin


分子量: 46717.969 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
遺伝子: spaP / プラスミド: pET23-d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C9E3B4, UniProt: P11657*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 396分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SNZ / N-(3,4-dihydroxyphenyl)-N'-[2-(3,4-dihydroxyphenyl)ethyl]urea


分子量: 304.298 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H16N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 4000, 650 mM lithium sulfate, 50 mM Tris pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU R-AXIS IV / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年7月5日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→29.725 Å / Num. obs: 56119 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.78 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3400 / CC1/2: 0.816 / Rpim(I) all: 0.321 / Rrim(I) all: 0.53 / % possible all: 71.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALS1.10.0データ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TZL

6tzl


解像度: 2.7→29.72 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2497 2738 4.89 %
Rwork0.2065 --
obs0.2086 56040 93.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 97.79 Å2 / Biso mean: 26.2718 Å2 / Biso min: 6.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→29.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12122 0 117 380 12619
Biso mean--51.07 21.1 -
残基数----1573
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4648X-RAY DIFFRACTION3.18TORSIONAL
12B4648X-RAY DIFFRACTION3.18TORSIONAL
13C4648X-RAY DIFFRACTION3.18TORSIONAL
14D4648X-RAY DIFFRACTION3.18TORSIONAL
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.7465 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3188 117 -
Rwork0.2537 1897 -
obs--68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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