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- PDB-6tzl: The structure of the Streptococcus gordonii surface protein SspB ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tzl
タイトルThe structure of the Streptococcus gordonii surface protein SspB in complex with TEV peptide provides clues to the adherence of oral streptococcal adherence to salivary agglutinin
要素Surface protein adhesin
キーワードCELL ADHESION / Streptococcus mutans / AgI/II / spaP (variable domain)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Major cell-surface adhesin PAc / Major cell-surface adhesin PAc / Cell surface antigen I/II A repeat / Streptococcal surface antigen repeat / Streptococcus antigen I/II alanine-rich (Ag I/II A) repeat profile. / Antigen I/II, N-terminal / Adhesin P1 N-terminal domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain superfamily / Glucan-binding protein C ...Major cell-surface adhesin PAc / Major cell-surface adhesin PAc / Cell surface antigen I/II A repeat / Streptococcal surface antigen repeat / Streptococcus antigen I/II alanine-rich (Ag I/II A) repeat profile. / Antigen I/II, N-terminal / Adhesin P1 N-terminal domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain superfamily / Glucan-binding protein C / Cross-wall-targeting lipoprotein motif / Adhesin isopeptide-forming adherence domain / Cell surface antigen, C-terminal / Cell surface antigen C-terminus / Cell surface antigen I/II C2 terminal domain / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Surface protein adhesin / Major cell-surface adhesin PAc
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Schormann, N. / Deivanayagam, C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of the Streptococcus gordonii surface protein SspB in complex with TEV peptide provides clues to the adherence of oral streptococcal adherence to salivary agglutinin
著者: Schormann, N. / Deivanayagam, C.
履歴
登録2019年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Surface protein adhesin
B: Surface protein adhesin
C: Surface protein adhesin
D: Surface protein adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,44810
ポリマ－186,8724
非ポリマー5766
水34,4811914
1
B: Surface protein adhesin
C: Surface protein adhesin
D: Surface protein adhesin
ヘテロ分子

A: Surface protein adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,44810
ポリマ－186,8724
非ポリマー5766
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area6140 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area66270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.965, 133.331, 246.072
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPLYSLYSAA459 - 84127 - 409
21ASPASPLYSLYSBB459 - 84127 - 409
12TYRTYRPROPROAA456 - 84224 - 410
22TYRTYRPROPROCC456 - 84224 - 410
13TYRTYRPROPROAA456 - 84224 - 410
23TYRTYRPROPRODD456 - 84224 - 410
14ASPASPLYSLYSBB459 - 84127 - 409
24ASPASPLYSLYSCC459 - 84127 - 409
15ASPASPLYSLYSBB459 - 84127 - 409
25ASPASPLYSLYSDD459 - 84127 - 409
16ALAALAALAALACC447 - 84415 - 412
26ALAALAALAALADD447 - 84415 - 412

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Surface protein adhesin


分子量: 46717.969 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
遺伝子: spaP / プラスミド: pET-23d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C9E3B4, UniProt: P11657*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1914 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 4000, 650mM lithium sulfate, 50mM Tris, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 285302 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 0.912 / Net I/av σ(I): 24.3 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.702 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 14076 / Χ2: 0.708 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IPK

3ipk


解像度: 1.6→34.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 3.064 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.072
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1933 14429 5.1 %RANDOM
Rwork0.1796 ---
obs0.1803 270668 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 93.46 Å2 / Biso mean: 24.105 Å2 / Biso min: 11.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.95 Å20 Å2
3---1.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→34.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12163 0 30 1914 14107
Biso mean--70.81 36.12 -
残基数----1575
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01312559
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711267
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3341.64417042
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3881.58526455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.02951601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.35525.94564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.197152168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.7681517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21647
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214135
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022348
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A126460.07
12B126460.07
21A125680.09
22C125680.09
31A125980.08
32D125980.08
41B124450.09
42C124450.09
51B124770.08
52D124770.08
61C129410.07
62D129410.07
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 1053 -
Rwork0.268 19654 -
all-20707 -
obs--99.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2390.01150.0310.2243-0.14970.3028-0.0670.0457-0.063-0.00960.0328-0.0066-0.04790.01320.03420.0801-0.0184-0.00290.0201-0.01750.0584-8.19120.8227-28.6363
20.5153-0.3222-0.05380.32720.13450.0944-0.04730.04780.02780.03610.00340.01440.00540.01260.04380.06210.00450.01810.02-0.00630.0726-0.5488-43.1697-27.6892
30.02530.0208-0.05060.45040.12920.19410.01820.01020.00250.0017-0.0099-0.02540.0026-0.0343-0.00830.06990.0002-0.00870.026-0.00660.073518.7216-74.9894-24.1266
40.38140.3789-0.08510.4649-0.15650.078-0.03040.05720.0202-0.00440.05560.0534-0.0134-0.0101-0.02530.0504-0.0197-0.00780.01610.02220.1031-27.04-100.4236-28.2568
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A456 - 517
2X-RAY DIFFRACTION1A518 - 611
3X-RAY DIFFRACTION1A612 - 679
4X-RAY DIFFRACTION1A680 - 843
5X-RAY DIFFRACTION2B459 - 494
6X-RAY DIFFRACTION2B495 - 517
7X-RAY DIFFRACTION2B518 - 611
8X-RAY DIFFRACTION2B612 - 679
9X-RAY DIFFRACTION2B680 - 842
10X-RAY DIFFRACTION3C444 - 517
11X-RAY DIFFRACTION3C518 - 611
12X-RAY DIFFRACTION3C612 - 668
13X-RAY DIFFRACTION3C669 - 847
14X-RAY DIFFRACTION4D447 - 517
15X-RAY DIFFRACTION4D518 - 611
16X-RAY DIFFRACTION4D612 - 668
17X-RAY DIFFRACTION4D669 - 690
18X-RAY DIFFRACTION4D691 - 780
19X-RAY DIFFRACTION4D781 - 845

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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