[日本語] English
万見
- PDB-6uad: Ketosteroid isomerase (C. testosteroni) with truncated & designed... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uad
タイトルKetosteroid isomerase (C. testosteroni) with truncated & designed loop for precise positioning of a catalytic E38
要素Ketosteroid isomerase with truncated and designed loop
キーワードISOMERASE / computational protein design / Rosetta / kinematic closure
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid Delta-isomerase / steroid Delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Steroid delta5-4-isomerase / Ketosteroid isomerase / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / NTF2-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Steroid Delta-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Comamonas testosteroni (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Kundert, K. / Thompson, M.C. / Liu, L. / Fraser, J.S. / Kortemme, T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM110089 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1564692 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ketosteroid isomerase (C. testosteroni) with truncated & designed loop for precise positioning of a catalytic E38
著者: Kundert, K. / Thompson, M.C. / Liu, L. / Fraser, J.S. / Kortemme, T.
履歴
登録2019年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ketosteroid isomerase with truncated and designed loop
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4135
ポリマ－13,4381
非ポリマー9754
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.150, 53.150, 178.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-413-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ketosteroid isomerase with truncated and designed loop


分子量: 13438.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00947*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-DXC / (3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID / DEOXYCHOLIC ACID / デオキシコ-ル酸


分子量: 392.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O4 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 1.0M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月20日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→46.03 Å / Num. obs: 15833 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 19.39 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.013 / Net I/σ(I): 34.2
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.255 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 1048 / CC1/2: 0.939 / Rpim(I) all: 0.159 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
xia2データ削減
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→46.03 Å / SU ML: 0.1592 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.4302
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2095 1577 10.01 %
Rwork0.1742 --
obs0.1778 15756 99.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→46.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数932 0 66 163 1161
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01421114
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22961540
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0787176
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.6288633
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.810.28521300.20831172X-RAY DIFFRACTION92.21
1.81-1.870.23351380.21041233X-RAY DIFFRACTION97.86
1.87-1.950.28021410.19551256X-RAY DIFFRACTION99.86
1.95-2.040.23631400.19171268X-RAY DIFFRACTION99.86
2.04-2.140.21271410.16561266X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.280.20261390.16261280X-RAY DIFFRACTION99.86
2.28-2.450.21421440.17291288X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.70.24091470.17321299X-RAY DIFFRACTION99.93
2.7-3.090.20661430.18171311X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.890.1961510.15951338X-RAY DIFFRACTION99.93
3.89-46.030.17791630.17141468X-RAY DIFFRACTION99.94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.178575532060.4156549113152.144403547450.8511227845321.381124434232.995733600140.09023645670340.1711139667510.320613642185-0.638456574527-0.169012570410.175289008085-0.2553122402810.08916889338870.0474940289640.429851025007-0.0173978924095-0.02879077200780.1114210823280.01675278523630.215374355162-21.793124450123.5852523353.0313583678
20.598480544902-0.1430927024840.07859083100061.382813671541.011025196171.66711272613-0.0174063200430.0263659471522-0.0389843871014-0.584677288144-0.03489005642080.00289482503066-0.4537063597590.002780721667310.02777590128170.314131960755-0.01610853582430.00156909629780.0986174104302-0.004442409875920.1607262402-23.746266716212.35530761670.716947643396
32.871319500561.818293308631.969464413721.34081058361.719789763152.523548660850.02547377586730.162166970237-0.387059984749-0.275379804231-0.4004265351790.513157760181-0.113878670334-0.453680156779-0.2627706820060.2293549445050.0798621661339-0.1619730480830.298531060037-0.1612804738140.403000964401-41.74919800987.26870767713-0.768174803527
45.283425876031.80272974348-0.6323145329051.81626413827-0.05176184799371.46204105118-0.3072387006710.0429866116243-0.19012293623-0.5278154638840.130149127882-0.215241781359-0.1847292087820.1784347603490.06648824702310.21956915285-0.03645905780780.03707283062820.092667353813-0.01223129979850.16699505753-18.257392880413.75669069358.09226157179
57.774517388510.5762430256183.549506005925.27970042806-2.875724447628.01268604817-0.306331318109-0.258466488712-0.149936254766-0.2056006417840.08563583954810.60938157133-0.0885623643886-1.077397028570.06726483286920.13282390428-0.00512169986762-0.04819426284230.197740058627-0.06929646003730.231460003315-36.71883152085.998670221889.86341637066
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 20 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 87 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 88 through 94 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 95 through 114 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 115 through 122 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る