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- PDB-6u8k: Crystal structure of hepatitis C virus IRES junction IIIabc in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u8k
タイトルCrystal structure of hepatitis C virus IRES junction IIIabc in complex with Fab HCV3
要素
  • Heavy chain of Fab HCV3
  • JIIIabc RNA (68-MER)
  • Light chain of Fab HCV3
キーワードRNA/Immune System / Internal ribosome entry site (IRES) / hepatitis C virus / Junction IIIabc / Antibody-assisted RNA crystallography / Viral translation / Viral RNA domains / RNA / RNA-Immune System complex
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hepacivirus C (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Koirala, D. / Lewicka, A. / Koldobskaya, Y. / Huang, H. / Piccirilli, J.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01AI081987 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM102489 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Synthetic Antibody Binding to a Preorganized RNA Domain of Hepatitis C Virus Internal Ribosome Entry Site Inhibits Translation.
著者: Koirala, D. / Lewicka, A. / Koldobskaya, Y. / Huang, H. / Piccirilli, J.A.
履歴
登録2019年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: JIIIabc RNA (68-MER)
B: JIIIabc RNA (68-MER)
C: JIIIabc RNA (68-MER)
D: Heavy chain of Fab HCV3
E: Light chain of Fab HCV3
F: Heavy chain of Fab HCV3
G: Light chain of Fab HCV3
H: Heavy chain of Fab HCV3
L: Light chain of Fab HCV3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,3719
ポリマ－210,3719
非ポリマー00
水2,882160
1
A: JIIIabc RNA (68-MER)
H: Heavy chain of Fab HCV3
L: Light chain of Fab HCV3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1243
ポリマ－70,1243
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5650 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area29750 Å2
手法PISA
2
B: JIIIabc RNA (68-MER)
D: Heavy chain of Fab HCV3
E: Light chain of Fab HCV3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1243
ポリマ－70,1243
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5600 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area29890 Å2
手法PISA
3
C: JIIIabc RNA (68-MER)
F: Heavy chain of Fab HCV3
G: Light chain of Fab HCV3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1243
ポリマ－70,1243
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area29830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.289, 173.289, 140.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: -x,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
12chain D
22chain F
32chain H
13chain E
23chain G
33chain L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GGCCchain AAA143 - 2481 - 68
21GGCCchain BBB143 - 2481 - 68
31GGCCchain CCC143 - 2481 - 68
12GLUGLULYSLYSchain DDD4 - 2254 - 225
22GLUGLULYSLYSchain FFF4 - 2254 - 225
32GLUGLULYSLYSchain HHH4 - 2254 - 225
13SERSERCYSCYSchain EEE1 - 2151 - 215
23SERSERCYSCYSchain GGG1 - 2151 - 215
33SERSERCYSCYSchain LLI1 - 2151 - 215

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: RNA鎖 JIIIabc RNA (68-MER)


分子量: 22014.154 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: JIIIabc of hepatitis C virus IRES / 由来: (合成) Hepacivirus C (ウイルス)
#2: 抗体 Heavy chain of Fab HCV3


分子量: 24698.537 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Heavy chain of Fab HCV3 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Light chain of Fab HCV3


分子量: 23410.891 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Light chain of Fab HCV3 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.47 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.4 M sodium citrate tribasic dihydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→173.289 Å / Num. obs: 106558 / % possible obs: 98.54 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.965 / Rmerge(I) obs: 0.1475 / Rpim(I) all: 0.07262 / Rrim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 9.31
反射 シェル解像度: 2.75→2.848 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 1.072 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 10622 / CC1/2: 0.399 / Rpim(I) all: 0.5392 / % possible all: 99.03

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Fab HCV2, 6U8D

6u8d


解像度: 2.75→173.289 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2224 2006 1.89 %
Rwork0.1864 104167 -
obs0.1871 106173 98.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 247.54 Å2 / Biso mean: 76.2683 Å2 / Biso min: 26.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→173.289 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9915 4380 0 160 14455
Biso mean---62.93 -
残基数----1515
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2439X-RAY DIFFRACTION9.641TORSIONAL
12B2439X-RAY DIFFRACTION9.641TORSIONAL
13C2439X-RAY DIFFRACTION9.641TORSIONAL
21D3057X-RAY DIFFRACTION9.641TORSIONAL
22F3057X-RAY DIFFRACTION9.641TORSIONAL
23H3057X-RAY DIFFRACTION9.641TORSIONAL
31E3052X-RAY DIFFRACTION9.641TORSIONAL
32G3052X-RAY DIFFRACTION9.641TORSIONAL
33L3052X-RAY DIFFRACTION9.641TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7501-2.81890.3761143740999
2.8189-2.89510.3613143746599
2.8951-2.98030.37051427521100
2.9803-3.07650.29281437470100
3.0765-3.18640.2819145747799
3.1864-3.3140.26011467452100
3.314-3.46490.2505140754499
3.4649-3.64760.2127146742599
3.6476-3.87610.1984143736798
3.8761-4.17540.19411420.1594738198
4.1754-4.59560.191410.1462749499
4.5956-5.26070.17011430.1454745198
5.2607-6.6280.1976144730496
6.6280.2152145740796
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6888-0.08620.6052.0984-0.33210.46240.11840.029-0.21380.1369-0.1699-0.06460.0162-0.24240.02280.69920.0775-0.2910.6184-0.03450.721314.811637.5275-25.6243
22.53110.55631.1392.65881.12711.9476-0.20190.1740.1251-0.11980.0092-0.0704-0.2076-0.12490.21690.69240.05110.01170.6648-0.19260.59248.407972.437322.4864
32.76740.5933-0.04393.05651.26210.5479-0.5981-0.6211-0.12910.95530.24360.08030.46340.20990.2291.00040.37680.28870.92090.09120.883383.915945.339755.966
43.7861-0.733-0.82942.44621.37891.83770.0655-0.27270.0404-0.0812-0.0983-0.0505-0.17650.00010.04940.2972-0.04180.01380.3439-0.01040.346680.623740.03213.2706
54.3298-1.14190.1642.84490.71841.41390.0690.0749-0.3575-0.2659-0.05110.13540.06820.02530.00860.4125-0.0385-0.00340.3134-0.02840.398472.960129.51260.892
63.9159-1.1926-1.72322.8710.35542.3840.004-0.1707-0.2756-0.08370.0467-0.07910.22240.3057-0.04190.42230.01430.02240.3128-0.03230.42842.857767.71964.2129
73.7938-0.1723-2.00151.15610.3222.082-0.1849-0.2567-0.68680.0931-0.0135-0.16020.50550.18210.06510.57830.07270.08620.44120.08330.724133.956256.527475.4119
81.8418-0.39111.05622.296-0.75661.9177-0.0046-0.0464-0.0854-0.30140.03150.06180.0871-0.21270.00210.46720.0028-0.05080.3234-0.03090.45947.83765.5596-15.7026
92.6541-1.5241.00314.1892-0.40071.5802-0.0828-0.18340.21650.06680.0409-0.3484-0.0107-0.0070.05660.302-0.0247-0.02660.3274-0.00720.40757.431914.1827-2.9415
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1Chain AA143 - 248
2X-RAY DIFFRACTION2Chain BB143 - 248
3X-RAY DIFFRACTION3Chain CC143 - 248
4X-RAY DIFFRACTION4Chain DD4 - 225
5X-RAY DIFFRACTION5Chain EE1 - 215
6X-RAY DIFFRACTION6Chain FF4 - 225
7X-RAY DIFFRACTION7Chain GG1 - 215
8X-RAY DIFFRACTION8Chain HH4 - 225
9X-RAY DIFFRACTION9Chain LL1 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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