[日本語] English
万見
- PDB-6u7v: xRRM structure of spPof8 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u7v
タイトルxRRM structure of spPof8
要素Protein pof8
キーワードGENE REGULATION / Telomere / Telomerase / RNA binding / TER1 / xRRM
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear RNA surveillance / telomerase catalytic core complex assembly / telomerase RNA stabilization / chromosome, telomeric repeat region / telomerase RNA binding / telomerase holoenzyme complex / telomere maintenance via telomerase / chromatin binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
La-related protein 7 homolog, xRRM domain / xRRM domain / xRRM domain profile. / La protein, xRRM domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / La-related protein 7 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Kim, J.-K. / Hu, X. / Yu, C. / Jun, H.-I. / Liu, J. / Sankaran, B. / Huang, L. / Qiao, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM098943 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Quality-Control Mechanism for Telomerase RNA Folding in the Cell.
著者: Hu, X. / Kim, J.K. / Yu, C. / Jun, H.I. / Liu, J. / Sankaran, B. / Huang, L. / Qiao, F.
履歴
登録2019年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein pof8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5512
ポリマ－15,4891
非ポリマー621
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.672, 57.672, 71.014
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Protein pof8


分子量: 15489.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: pof8, SPAC17G6.17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O13795
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.46 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 19-21.5% PEG3350, 50 mM Hepes pH 7.5, 90-110 mM Na Nitrate for Se-Met

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97932, 0.97600, 1.37755
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979321
20.9761
31.377551
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 27356 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.043 / Χ2: 1.843 / Net I/σ(I): 23.4 / Num. measured all: 237237
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.4-1.428.60.43213530.9260.1560.4591.428100
1.42-1.458.70.3613410.9540.1280.3821.41100
1.45-1.488.70.30913510.9670.110.3281.43100
1.48-1.518.80.24613380.9780.0880.2621.485100
1.51-1.548.80.20713490.9840.0740.221.451100
1.54-1.588.80.17413730.9880.0620.1851.456100
1.58-1.628.80.14313550.9930.0510.1521.525100
1.62-1.668.80.12813480.9940.0450.1361.503100
1.66-1.718.80.10813560.9950.0380.1151.515100
1.71-1.768.90.08713590.9970.0310.0931.507100
1.76-1.838.80.0713800.9990.0250.0741.531100
1.83-1.98.80.05913430.9980.0210.0631.639100
1.9-1.998.80.04913850.9990.0170.0521.675100
1.99-2.098.80.03913630.9990.0140.0421.62799.9
2.09-2.228.80.03513890.9990.0120.0371.631100
2.22-2.398.70.03513640.9990.0120.0372.062100
2.39-2.638.60.04214000.9990.0150.0443.074100
2.63-3.028.50.03513870.9990.0130.0383.06399.9
3.02-3.88.10.023141410.0090.0252.07799.7
3.8-507.90.02814080.9990.0110.033.95594

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.42→40.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 0.892 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.061
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1906 1331 5.1 %RANDOM
Rwork0.1699 ---
obs0.1709 24895 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 79.18 Å2 / Biso mean: 18.903 Å2 / Biso min: 7.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.42→40.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数974 0 4 180 1158
Biso mean--11.28 31.94 -
残基数----116
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0131078
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0491.6661464
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4531.5832339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3895132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.34920.92365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.41615205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.0731511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021229
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02240
LS精密化 シェル解像度: 1.42→1.457 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 99 -
Rwork0.211 1826 -
all-1925 -
obs--99.95 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る