PDB-6u5l: Structure of human ULK4 in complex with an inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u5l

タイトル

Structure of human ULK4 in complex with an inhibitor

要素

Serine/threonine-protein kinase ULK4

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE Inhibitor / kinase / pseudokinase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein kinase C signaling / regulation of p38MAPK cascade / regulation of neuron migration / regulation of neuron projection development / regulation of MAPK cascade / regulation of JNK cascade / microtubule cytoskeleton organization / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / protein serine kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Khamrui, S. / Lazarus, M.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: High-Resolution Structure and Inhibition of the Schizophrenia-Linked Pseudokinase ULK4.
著者: Khamrui, S. / Ung, P.M.U. / Secor, C. / Schlessinger, A. / Lazarus, M.B.

履歴

登録	2019年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6u5l.cif.gz	183.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6u5l.ent.gz	149.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6u5l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6u5l_validation.pdf.gz	358.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6u5l_full_validation.pdf.gz	361.2 KB	表示
XML形式データ	6u5l_validation.xml.gz	2.3 KB	表示
CIF形式データ	6u5l_validation.cif.gz	6.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/6u5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/6u5l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wnpS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3q96-3 1dtg-d 3qqu-2 6f3i-2 4xs2-2 3p86-1 1jqh-2 4deg-d 6sdd-d 5w7t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase ULK4

ヘテロ分子

33.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.421, 90.421, 188.956
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase ULK4 / Unc-51-like kinase 4 分子量: 32320.129 Da / 分子数: 1 / 変異: K172A, K173A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ULK4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q96C45, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-3RJ / N~2~-(1H-benzimidazol-6-yl)-N~4~-(5-cyclobutyl-1H-pyrazol-3-yl)quinazoline-2,4-diamine 分子量: 396.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₀N₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.34 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.25 / 詳細: PEG 6000, Imidazole

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0331 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月23日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0331 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→39.15 Å / Num. obs: 46829 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 15 % / B_iso Wilson estimate: 25.09 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.157 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 15.5 % / R_merge(I) obs: 3.065 / Num. unique obs: 2541 / CC_1/2: 0.6 / R_pim(I) all: 0.812 / R_rim(I) all: 3.173 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.55 Å	44.38 Å
Translation	2.55 Å	44.38 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.12	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WNP

4wnp

解像度: 1.75→39.15 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.27

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2165	2380	5.1 %
R_work	0.191	-	-
obs	0.1922	46667	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 159.98 Å² / B_iso mean: 45.8982 Å² / B_iso min: 18.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→39.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2205	0	123	156	2484
B_iso mean	-	-	55.09	44.72	-
残基数	-	-	-	-	276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2349
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.722	3175
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	346
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	396
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.931	1402

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.75-1.7857	0.4	146	0.3657	2538	100
1.7857-1.8246	0.364	161	0.3363	2526	100
1.8246-1.867	0.3251	144	0.3173	2556	100
1.867-1.9137	0.3278	121	0.2852	2578	100
1.9137-1.9654	0.3069	147	0.2721	2559	100
1.9654-2.0233	0.235	125	0.2383	2558	100
2.0233-2.0886	0.254	135	0.2268	2577	100
2.0886-2.1632	0.2348	137	0.2078	2584	100
2.1632-2.2498	0.2172	159	0.1828	2555	100
2.2498-2.3522	0.2094	114	0.1858	2572	99
2.3522-2.4762	0.2217	127	0.1849	2587	99
2.4762-2.6313	0.1947	133	0.1837	2628	100
2.6313-2.8344	0.2323	137	0.1874	2635	100
2.8344-3.1196	0.2142	163	0.1817	2619	100
3.1196-3.5707	0.1979	154	0.1747	2644	100
3.5707-4.4977	0.1755	121	0.1522	2699	99
4.4977-39.15	0.1832	156	0.173	2872	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0959	-2.3789	2.005	4.4227	-2.1738	6.252	-0.1149	0.1102	-0.2558	0.0648	-0.0017	0.0875	0.53	-0.0335	0.1124	0.3508	0.0085	0.0137	0.2759	0.0371	0.2405	26.8523	52.8367	81.2869
2	3.9544	2.4731	-4.5251	4.2012	-2.4783	6.2802	-0.0586	0.1879	-0.0774	0.019	0.0853	0.0653	0.5628	-0.2528	0.034	0.2596	-0.0163	-0.0275	0.2131	0.0566	0.1954	27.2074	52.758	85.9722
3	4.1198	-0.2529	0.6229	3.528	1.3546	5.4624	-0.0258	-0.1545	-0.202	0.0104	-0.0103	0.0918	0.1519	-0.6151	0.0212	0.2043	-0.0617	-0.0184	0.319	0.0908	0.212	15.1902	60.4523	92.0709
4	1.7595	-0.0818	0.4728	2.4964	-1.0982	2.9718	-0.0634	0.1975	0.2359	-0.2541	-0.0029	0.0779	0.1824	0.0517	0.1108	0.2047	-0.0366	0.0289	0.2481	0.0537	0.2164	22.7017	61.5252	90.0144
5	2.1643	0.6441	0.5613	1.8313	-1.9967	6.8008	-0.0619	0.1406	-0.1356	0.0142	-0.0913	-0.2153	1.026	0.5964	-0.0102	0.4419	0.0717	0.0258	0.2028	-0.0012	0.2757	28.4229	51.249	98.0705
6	7.2955	-2.9238	1.6088	2.8422	-2.6628	6.6389	0.1192	-0.0933	-0.2421	-0.0217	-0.2404	-0.5402	0.5227	0.9868	0.1699	0.2798	0.0353	-0.0207	0.3559	0.0388	0.29	33.3346	57.4401	111.8146
7	5.9247	-4.3185	-1.0339	3.5398	-0.6976	6.1139	0.1221	0.0613	-0.4374	-0.122	-0.167	0.3781	0.2022	-0.2878	0.1005	0.1838	-0.0313	-0.016	0.2277	0.0405	0.2103	21.1619	60.5944	106.2568
8	6.831	-3.7296	0.1607	6.6867	0.8008	5.4411	-0.0688	-0.1786	-0.2038	0.0476	0.0912	0.0577	0.2485	-0.0454	0.0098	0.204	-0.0306	0.0177	0.249	0.0557	0.1856	22.8565	60.464	102.4658
9	3.7903	-2.9379	1.9639	6.3184	-4.0871	3.5711	0.2512	-0.7083	-0.3362	-0.2319	0.21	1.1872	0.4098	-1.6992	-0.5245	0.2468	-0.1078	0.0119	0.7481	0.1478	0.4541	5.6691	59.5413	99.0526
10	4.1398	-2.261	0.1628	4.3302	-0.9499	4.096	0.0013	-0.1134	-0.2198	0.3485	0.0286	0.2527	0.3252	-0.3812	-0.0283	0.2937	-0.0577	0.0334	0.3059	0.0538	0.2582	18.895	56.683	116.2383
11	4.1809	1.6693	0.5175	3.5376	0.1426	4.4126	0.1577	-0.3262	-0.4796	0.6205	0.118	-0.0727	0.8719	-0.1676	-0.1694	0.5681	-0.0106	-0.0464	0.3429	0.1377	0.2926	23.1544	49.3976	122.7196
12	2.3444	1.2329	-1.3216	5.9979	-0.7232	5.1753	0.0441	-0.5193	0.3411	0.7986	0.0222	-0.2482	-0.3938	0.365	-0.0866	0.4001	-0.0399	-0.0555	0.3229	-0.0064	0.2439	27.0852	65.5997	121.9111

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid -1:12)	A	-1 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 13:34)	A	13 - 34
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 35:54)	A	35 - 54
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 55:73)	A	55 - 73
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 74:91)	A	74 - 91
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 92:114)	A	92 - 114
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 115:129)	A	115 - 129
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 130:151)	A	130 - 151
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 152:185)	A	152 - 185
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 186:218)	A	186 - 218
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 219:263)	A	219 - 263
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 264:285)	A	264 - 285

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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