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- PDB-6u52: Anti-Sudan ebolavirus Nucleoprotein Single Domain Antibody Sudan ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u52
タイトルAnti-Sudan ebolavirus Nucleoprotein Single Domain Antibody Sudan B (SB) Complexed with Sudan ebolavirus Nucleoprotein C-terminal Domain 634-738
要素
  • Anti-Sudan ebolavirus Nucleoprotein Single Domain Antibody Sudan B (SB)
  • Nucleoprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / nanobody / Ebola / filovirus
機能・相同性Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein / viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding / Nucleoprotein
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
Sudan ebolavirus (エボラウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Taylor, A.B. / Sherwood, L.J. / Hart, P.J. / Hayhurst, A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI112851 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI105568 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)C06 RR012087 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Paratope Duality and Gullying are Among the Atypical Recognition Mechanisms Used by a Trio of Nanobodies to Differentiate Ebolavirus Nucleoproteins.
著者: Sherwood, L.J. / Taylor, A.B. / Hart, P.J. / Hayhurst, A.
履歴
登録2019年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-Sudan ebolavirus Nucleoprotein Single Domain Antibody Sudan B (SB)
B: Nucleoprotein
C: Anti-Sudan ebolavirus Nucleoprotein Single Domain Antibody Sudan B (SB)
D: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4669
ポリマ－53,2894
非ポリマー1775
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6320 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area20060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.977, 44.984, 66.438
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.937, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-932-

HOH

-
要素

#1: 抗体 Anti-Sudan ebolavirus Nucleoprotein Single Domain Antibody Sudan B (SB)


分子量: 13056.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Semi-synthetic single pot library Nomad 1 based upon Lama glama
由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pecan219 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 13588.128 Da / 分子数: 2 / Fragment: C-terminal domain (residues 634-738) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sudan ebolavirus (strain Boniface-76) (ウイルス)
株: Boniface-76 / 遺伝子: NP / プラスミド: pecan236/237 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9QP77
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.56 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% polyethylene glycol 6000, 1.0 M lithium chloride, 0.1 M 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.14 Å / Num. obs: 38124 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 34.25 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 5705 / CC1/2: 0.471 / Rpim(I) all: 0.849 / Rrim(I) all: 1.573 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6U51

6u51


解像度: 1.9→23.31 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.012
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2434 1996 5.25 %
Rwork0.1981 --
obs0.2004 38041 96.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→23.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3353 0 5 266 3624
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00783498
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9484752
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0836493
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059631
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.84291299
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.950.35211450.35032615X-RAY DIFFRACTION99.57
1.95-20.37351470.31982647X-RAY DIFFRACTION99.89
2-2.060.32681460.30832635X-RAY DIFFRACTION99.29
2.06-2.130.3352880.33431590X-RAY DIFFRACTION60.75
2.13-2.20.33141450.2722608X-RAY DIFFRACTION99.31
2.2-2.290.36911480.25142661X-RAY DIFFRACTION99.61
2.29-2.390.29831450.22532621X-RAY DIFFRACTION99.82
2.39-2.520.27261450.24062629X-RAY DIFFRACTION98.93
2.52-2.680.26871460.22662667X-RAY DIFFRACTION99.43
2.68-2.880.27531460.22262635X-RAY DIFFRACTION99.86
2.88-3.170.27451460.22472658X-RAY DIFFRACTION99.4
3.17-3.630.23391480.18082657X-RAY DIFFRACTION99.43
3.63-4.570.18451490.14542680X-RAY DIFFRACTION99.09
4.57-23.310.18521520.15152742X-RAY DIFFRACTION98.74
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.98912834191-0.990581565652-2.846121069461.845919690451.033172534063.925790105830.4751362927830.169607241557-0.0636248589184-0.276089407037-0.3099646254930.125915218886-0.685214548024-0.210175183813-0.1456363227130.4177271850090.0220824213560.006479141029270.6485866949070.0265924691810.34248028055414.02197766180.1781103974527.97594637774
25.68144120111-1.79869602581-2.20530212863.749313060661.546986912493.914553201480.2105852920920.209998208079-0.233186564729-0.321544419879-0.257278766778-0.0376375468699-0.2631918759890.200179252270.0891198675660.318021126558-0.007291201761980.01891817607150.4826159645770.01035338494580.30631321573127.5030693914-6.253702224083.93204438879
32.59601425539-1.90086136995-0.8699225202652.858567615860.2717165241792.322106028220.007910652651660.3173044209950.01914570834160.061518315024-0.0392000663176-0.0346107539355-0.171335369014-0.1132433928540.003988809468840.274244940422-0.017664655709-0.001915222766570.404389028594-0.007017909360180.25537954391316.0439054972-2.311326071116.9047749939
42.99193892515-2.335041383530.5267474089172.254346871040.4493302621713.739049497790.02039006746250.319242908854-1.13929974359-0.3909645037180.2648028956460.1501678485710.993756762727-0.00230476929537-0.426013939870.869529911838-0.2752592845010.2299911367420.553901921574-0.2819478189010.80895132334315.8401672815-20.33149722628.95481407328
52.709914023650.140511876883-1.054274971352.1664979112-0.9076352228762.44439951328-0.0443275656938-0.0692366004247-0.02535542265530.1882322849330.0362748473318-0.160537997579-0.01410547911350.1147025658610.02456982226640.252005410419-0.00306052101645-0.01624186157510.352017108803-0.03929849461590.273683569825.0771774322-4.3288292783117.6596660319
60.7480221150640.0678910854767-0.01735349614131.337202523110.9823467149012.63694275717-0.122177859590.1862597229910.0527286053780.02648977456290.08054834216420.06813074659790.0670718615302-0.1311072795740.08053600784940.289183876279-0.014187969354-0.001291522307770.320604984049-0.007266745392810.27426335301314.8049088243-7.7264274882614.6333401136
73.708822503090.5914697931161.940375087086.05976874165-0.687242926465.862150533580.3049170923590.164350226488-0.434134808968-0.853477349469-0.228671994497-0.3791574946410.343608116135-0.253903324476-0.02287682780780.4206559352230.07692984481420.005657350198920.477271581468-0.1154293370830.38053049628224.6715640181-13.04407850380.255963847863
85.05512562924-2.152865149440.6706693353693.42334088492-0.9910851958913.00736707928-0.0786325520076-0.561958589639-0.205018929446-0.0360184095860.3322604433410.1604205349180.184408188581-0.201688730416-0.2471803019810.2454169885010.0137048510216-0.01624303134690.41238945707-0.004894634814450.285407592895-4.11258263654-0.99170647587637.1806491642
92.31551753868-0.07264692167121.04005594721.57645093972-1.216983991842.04449396158-0.266571046531-0.2366302355170.3027147582410.3511691558820.194805099318-0.00722302762843-0.2416200673080.2012084081040.05982720559820.2694624799450.0326669817583-0.01512754838530.354779629821-0.04456781707790.3351685493391.616174738865.9266133396335.2345625425
104.634110668430.08829818634031.115263924693.147432658771.155877467683.50043364885-0.06448901323830.06547572035560.26388863957-0.333292060559-0.03648027375110.1177654418590.214974046449-0.05651425862390.1067039107130.3626230195030.01934781836320.002712467678850.2749379452960.03195576775280.306349244412.31897583644.0796672387624.5310555836
113.96758300179-0.242567885079-0.2274445096994.60700625490.2127984586944.35865603247-0.1111933984450.0802432324137-0.1180442438090.1869364147740.284773157144-0.388263614694-0.02360538606140.500454640341-0.1650508597110.3278312697670.02652334234283.42265171762E-50.28102234615-0.03086272959850.3663315503255.393596587858.4288089653823.244246115
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 9 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 10 through 23 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 24 through 39 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 40 through 45 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 46 through 82 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 83 through 113 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 114 through 120 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 645 through 658 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 659 through 672 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 673 through 684 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 685 through 692 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 693 through 697 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 698 through 702 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 703 through 709 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 710 through 714 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 719 through 726 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 727 through 738 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 2 through 39 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 40 through 63 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 64 through 82 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 83 through 113 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 114 through 120 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 643 through 684 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 685 through 738 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る