[日本語] English
万見
- PDB-6u43: Crystal structure of Methanoperedens nitroreducens elongation fac... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u43
タイトルCrystal structure of Methanoperedens nitroreducens elongation factor 2 H595N bound to GMPPCP and magnesium (triclinic crystal form)
要素Elongation factor 2
キーワードTRANSLATION / GTPase / ribosomal translocase / elongation
機能・相同性
機能・相同性情報


translation elongation factor activity / cytosolic ribosome assembly / ribosome binding / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EFG/EF2, archaeal / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like ...Translation elongation factor EFG/EF2, archaeal / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / Elongation factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Methanoperedens nitroreducens (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Fenwick, M.K. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Structural basis of elongation factor 2 switching
著者: Fenwick, M.K. / Ealick, S.E.
履歴
登録2019年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Elongation factor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,0776
ポリマ－83,3041
非ポリマー7735
水14,538807
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.195, 62.524, 63.396
Angle α, β, γ (deg.)64.210, 69.680, 80.510
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Elongation factor 2 / EF-2


分子量: 83304.219 Da / 分子数: 1 / 変異: H595N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Methanoperedens nitroreducens (古細菌)
遺伝子: fusA, ANME2D_00299 / プラスミド: pETDUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A062V290

-
非ポリマー , 5種, 812分子

#2: 化合物 ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸


分子量: 521.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 807 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.64 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES, pH 7.1-7.6, 200 mM ammonium sulfate, 5-15 % (v/v) isopropanol, 16.5-20 % (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000, 9 mM GppCp, and 15 mM MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→56.3 Å / Num. obs: 131884 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 2.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.545 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 17221 / CC1/2: 0.72

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3211精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Saccharomyces cerevisiae EF-2 (PDB entry 1N0V)

1n0v


解像度: 1.4→54.264 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1916 6514 4.94 %
Rwork0.1652 125346 -
obs0.1665 131860 90.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.47 Å2 / Biso mean: 37.3984 Å2 / Biso min: 16.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→54.264 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5549 0 44 807 6400
Biso mean--45.71 49.61 -
残基数----723
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.41590.42931640.43273000X-RAY DIFFRACTION65
1.4159-1.43260.4291810.38783500X-RAY DIFFRACTION75
1.4326-1.450.36692210.34294066X-RAY DIFFRACTION89
1.45-1.46840.34162120.31394164X-RAY DIFFRACTION90
1.4684-1.48770.28872460.29214185X-RAY DIFFRACTION91
1.4877-1.50810.33112510.26344194X-RAY DIFFRACTION91
1.5081-1.52970.29172100.24084239X-RAY DIFFRACTION91
1.5297-1.55250.26412140.23944262X-RAY DIFFRACTION92
1.5525-1.57670.27082070.2254217X-RAY DIFFRACTION91
1.5767-1.60260.26632120.2124196X-RAY DIFFRACTION91
1.6026-1.63020.25972000.21024168X-RAY DIFFRACTION89
1.6302-1.65990.22142340.1974246X-RAY DIFFRACTION93
1.6599-1.69180.23852100.20424331X-RAY DIFFRACTION93
1.6918-1.72630.24342260.2144275X-RAY DIFFRACTION93
1.7263-1.76390.21752240.19424292X-RAY DIFFRACTION92
1.7639-1.80490.21172080.18194263X-RAY DIFFRACTION92
1.8049-1.85010.21421950.16484240X-RAY DIFFRACTION91
1.8501-1.90010.19422070.15564228X-RAY DIFFRACTION90
1.9001-1.9560.17871950.15754098X-RAY DIFFRACTION89
1.956-2.01910.18662560.15784288X-RAY DIFFRACTION94
2.0191-2.09130.18722330.16564356X-RAY DIFFRACTION94
2.0913-2.1750.1942400.14724307X-RAY DIFFRACTION94
2.175-2.2740.18122090.14574295X-RAY DIFFRACTION93
2.274-2.39390.17882330.14854234X-RAY DIFFRACTION91
2.3939-2.54390.18752060.15584105X-RAY DIFFRACTION89
2.5439-2.74030.20052420.16234401X-RAY DIFFRACTION95
2.7403-3.01610.21072600.16424309X-RAY DIFFRACTION94
3.0161-3.45240.1752100.15454223X-RAY DIFFRACTION91
3.4524-4.34940.14652150.1394316X-RAY DIFFRACTION93
4.3494-54.2640.1671930.15684348X-RAY DIFFRACTION93

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る